Freud și Jung au împărtășit o relație de multe decenii, în timp ce Jung, partenerul junior, a aflat mai multe despre teoriile lui Freud despre inconștient. Poate din fericire, în psihologia modernă, Jung a ajuns mai târziu să respingă unele dintre teoriile lui Freud și s-a înclinat către propria sa metodă de psihologie pe care a numit-o analitică. Ambii bărbați s-au bazat pe conceptul inconștientului ca o modalitate de a explica visele, dar Jung s-a inspirat mai mult pe un concept cu mai multe straturi de subconștient. Diferențele primare dintre Freud și Jung sunt interesante de observat.
O schismă principală care îi separă pe cei doi psihiatri ține de religie. Freud a simțit că religia este o evadare și o eroare, care nu ar trebui să fie propagată. Relația lui cu religia seamănă cu cea a lui Karl Marx. Religia era „opiacee” a maselor. Credința lui era pe deplin în capacitatea minții de a-și accesa gândurile inconștiente, vindecând astfel orice nevroză.
Jung, dimpotrivă, credea că religia este un loc important de siguranță pentru individ, deoarece el sau ea a început procesul de individuare, explorând și acceptând toate părțile sinelui. Mai departe, religia a fost un mijloc de comunicare între toate tipurile de oameni, deoarece deși religiile diferă, arhetipurile și simbolurile au rămas aceleași.
Jung nu a practicat o religie creștină tradițională, ci s-a înclinat mai degrabă spre explorarea ocultului. În unele dintre scrisorile lui Freud, el îl acuză pe Jung de antisemitism, bazat nu atât pe acceptarea iudaismului ca religie, cât mai degrabă pe discriminarea evreilor în general. Totuși, respectul lui Jung pentru aspectele religioase ale vieții evreiești a fost mai mare decât al lui Freud.
Freud și Jung nu au fost de acord cu privire la ceea ce constituie inconștientul. Freud a văzut inconștientul ca pe o colecție de imagini, gânduri și experiențe pe care individul a refuzat să le proceseze, ceea ce duce la nevroze. Jung a adăugat la această definiție afirmând că fiecare individ poseda și un inconștient colectiv, un grup de imagini și arhetipuri comune tuturor oamenilor. Acestea s-au năpustit adesea la suprafața inconștientului personal. Visele ar putea fi interpretate mai bine prin înțelegerea punctelor de referință simbolice ale simbolurilor partajate universal.
Freud credea că principala forță motrice din spatele activităților bărbaților și femeilor era sexualitatea reprimată sau exprimată. Sexualitatea neîmplinită a dus la stări patologice. Jung credea că sexul constituie doar unul dintre multele lucruri care îi conduc pe oameni. Mai important, oamenii sunt conduși de nevoia lor de a atinge individualizarea, integralitatea sau cunoașterea deplină a sinelui. Multe emoții îi determină pe oameni să acționeze în moduri nesănătoase din punct de vedere psihologic, dar toate aceste moduri au fost un dor după dorința de a se simți complet.
Inconștientul pentru Freud era depozitul pentru toate dorințele sexuale reprimate, ducând astfel la boli patologice sau psihice. Numai prin dezgolirea inconștientului o persoană ar putea descoperi cum să trăiască fericit și să se recupereze după o boală mintală. Jung, dimpotrivă, a simțit că inconștientul se străduia adesea de unul singur pentru totalitate și că boala mintală nu era o patologie, ci o reglare inconștientă a emoțiilor și a experienței stocate care tinde spre individuare.
Scopul terapeutului, potrivit lui Jung, a fost să ajute persoana să recunoască munca inconștientului și, astfel, să-l ajute pe pacient să înțeleagă cum să lupte mai bine pentru individuare, care ar produce o persoană „întreaga”.
În timp ce Freud tinde spre o modalitate foarte magistrală de a asalta inconștientul pentru a-l dezlipi de sentimente reprimate, drumul lui Jung este mai potrivit cu psihologii umaniști de mai târziu. Ea inspiră școala holistică Gestalt, iar mai târziu școlile terapeutice.
Ideea de inconștient este în general acceptată aproape universal, dar nici Freud, nici Jung nu au considerat că, după o explicație, este necesară continuarea activității terapeutice. Școlile psihanalitice ulterioare, precum cele care presupun schimbări comportamentale, s-au dovedit mai de succes în tratarea bolilor mintale. Odată ce sentimentele de bază sunt înțelese, munca constă în a ajuta la negarea acestor sentimente și înlocuirea lor cu gânduri mai pozitive. Această lucrare este ceva ignorat atât de Freud, cât și de Jung. Cu toate acestea, suntem datori ambilor teoreticieni pentru contribuțiile lor la psihiatrie. De fapt, ei sunt creditați cu începutul domeniului psihiatriei.