Tranzacțiile de comerț electronic pot fi gestionate în mai multe moduri diferite. Unele opțiuni sunt identice cu cele folosite de magazinele obișnuite de vânzare cu amănuntul, iar unele sunt unice pentru achizițiile online. Modul în care comerciantul online alege să gestioneze tranzacțiile este la discreția sa, deși nevoile și preferințele clienților joacă, în mod normal, un rol major în opțiunile de tranzacție oferite. Opțiunile populare de tranzacție de comerț electronic includ carduri de credit, carduri de debit, cecuri electronice, carduri cadou, servicii de plată online și planuri de plată amânată. Unele companii online acceptă în continuare cecurile personale și cecurile de casierie, dar aceste opțiuni sunt în scădere, deoarece costă vânzătorul cu amănuntul timp și bani pentru procesare și au mai multe șanse de eșec decât alte opțiuni de plată.
Lipsa unei persoane reale care să fie implicată în tranzacțiile de comerț electronic îi face pe mulți oameni să fie îngrijorați de această formă de comerț. În primele zile ale comerțului electronic, povestirile de groază abundeau despre numerele de carduri de credit furate, furtul de identitate și furtul total de către comercianții online fără scrupule și adesea total fraudulenți. Deoarece vânzările online erau atât de noi, opțiunile de securitate erau limitate și încrederea oarbă era adesea singura opțiune oferită consumatorilor care doresc să cumpere de pe un site web.
Comunitatea de afaceri online de astăzi oferă tranzacții de comerț electronic cu o multitudine de funcții de securitate încorporate. Numerele cardurilor bancare sunt criptate pentru a preveni furtul, iar informațiile personale sunt stocate în siguranță prin tehnici similare. Un număr semnificativ de companii oferă securitate de la terți site-urilor web de vânzare cu amănuntul și garantează rambursarea comercianților cu amănuntul și consumatorilor în cazul în care sistemele lor eșuează.
Pe lângă faptul că acceptă carduri de credit și de debit majore, multe site-uri de comerț pe Internet oferă și alte opțiuni de tranzacție pentru clienții lor. Cecurile electronice sunt populare pe unele site-uri de afaceri de comerț electronic, deși costă comerciantului costuri suplimentare de procesare pe lângă taxele pe care trebuie să le plătească pentru a procesa vânzările cu carduri de credit și de debit. Pentru a plăti prin cec electronic, un cec fizic este generat de vânzător folosind informațiile bancare furnizate de cumpărător, iar cecul este depus în contul bancar al vânzătorului ca un cont obișnuit.
Plățile întârziate sunt o altă opțiune preferată de unii consumatori. Această opțiune permite cumpărătorului să primească un serviciu sau un produs înainte de a plăti pentru acesta, furnizând vânzătorului informații despre contul bancar sau un număr de cont de card de credit sau de debit care să fie facturat la o dată sau la date ulterioare, dacă termenii prevăd plăți multiple. Această metodă implică de obicei o taxă de serviciu plătibilă vânzătorului la începutul tranzacției.
Unele site-uri de comerț electronic vând carduri cadou sau certificate cadou sau oferă consumatorilor coduri de cupon de reducere. Acești comercianți online acceptă aceste metode de plată pentru tranzacțiile de comerț electronic. Aceste metode de plată sunt procesate la fel ca plățile efectuate cu carduri de credit sau de debit.