Cărbunele activat a fost folosit pentru tratarea afecțiunilor medicale de secole. În prezent, utilizările cărbunelui activat diferă în funcție de faptul că sunt aprobate de medici sau practicieni de medicină alternativă. Au fost efectuate studii privind eficacitatea tratamentelor cu cărbune activat, iar dozele au fost standardizate pentru unele boli. Medicii spun că ar trebui făcute mai multe cercetări, totuși, pentru a confirma dovezile eficacității sale în alte boli. Cele mai acceptate utilizări ale cărbunelui activat sunt ca tratamente pentru otrăvire și supradoze.
Unii medici tratează adulții cu doze orale de laxative de cărbune activat pentru a curăța rapid otrăvurile din organism; pacienții care primesc acest tratament trebuie monitorizați cu atenție pentru diaree. Majoritatea medicilor nu folosesc preparate laxative de cărbune cu copiii din cauza riscului de dezechilibru electrolitic. Cărbunele activat nu este un antidot pentru toate supradozele de medicamente, dar este eficient pentru chinină, carbamazepină și fenobarbital, printre alte medicamente enumerate în fișele medicale. Folosit ca antidot, cărbunele activat absoarbe substanțele chimice organice din stomac înainte ca substanțele chimice să se răspândească prin corp. Cu toate acestea, eficacitatea ca antidot depinde de cantitatea de otravă ingerată și de cât de repede este primită asistența medicală.
Practicienii medicinei alternative au alte utilizări pentru cărbunele activat; unii îl folosesc ca agent general de detoxifiere atunci când tratează consumul recreațional de amfetamine și cocaină, sau chiar ca remediu pentru mahmureala pentru consumul de alcool. În plus, pentru cei cu acumulări de toxine în sistemele lor din cauza expunerii la substanțe chimice și toxice la locul de muncă, practicienii folosesc cărbune activat împreună cu diete speciale și saune pentru a trata sistemele imunitare compromise. Alte utilizări ale cărbunelui activat includ combaterea agenților patogeni din sânge, cum ar fi virușii, bacteriile dăunătoare și infecțiile sistemice.
Mai mult, utilizările medicale mai experimentale ale cărbunelui activat rămân controversate. Una dintre aceste utilizări are ca scop reducerea fluxului biliar la femeile însărcinate. Unii farmaciști și tehnologi clinici recomandă utilizarea acestuia pentru reducerea gazelor intestinale. Alții profesioniști din domeniul sănătății chiar cred că cărbunele activat poate fi eficient în curățarea sângelui de colesterol; dovezile au fost neconcludente în testele timpurii ale acestei utilizări a unui preparat oral al compusului.