De obicei, efectele metadonei asupra bebelușilor sunt clasificate în funcție de faptul dacă medicamentele au fost utilizate pentru o perioadă scurtă de timp sau au fost abuzate în mod cronic. Pe termen scurt, metadona la copii poate provoca o serie de probleme grave de sănătate, cum ar fi scăderea tensiunii arteriale și a ritmului cardiac. Abuzul pe termen lung de metadonă, în schimb, afectează mai des greutatea și dimensiunea sugarilor. În multe cazuri, copiii născuți dintr-o mamă care a abuzat de metadonă vor suferi ei înșiși de sevraj de metadonă după naștere. Studiile sugerează, totuși, că aceste simptome pot fi inversate prin alăptare.
În multe cazuri, utilizarea metadonei chiar și o dată poate duce la efecte foarte grave asupra unui copil nenăscut. Efectele imediate ale metadonei asupra bebelușilor pot include tensiune arterială foarte scăzută; o scădere substanțială a ritmului cardiac; uscăciune la nivelul ochilor, gurii și nasului; creșterea presiunii intracraniene; și alte simptome similare. În cele mai multe cazuri, aceste efecte secundare ale utilizării metadonei la copii pot pune viața în pericol și necesită tratament medical imediat. În plus, femeile care folosesc metadonă chiar și pentru o perioadă scurtă de timp pot suferi un avort spontan din cauza consumului de droguri.
Pe termen lung, utilizarea metadonei la bebeluși poate duce la afecțiuni la fel de grave. Utilizarea pe termen lung a metadonei poate duce la o rată scăzută de creștere a sugarului, atât în înălțime, cât și în greutate. În plus, bebelușii care sunt născuți din mame cu o istorie lungă de consum de metadonă au adesea o circumferință a capului mai mică decât în mod normal. Din fericire, aceste efecte dispar pe măsură ce copilul îmbătrânește și se maturizează în copilărie. Copiii născuți din femei care abuzează de metadonă au, în general, o capacitate mentală substanțial mai mică decât cei născuți din mame care nu consumă droguri și pot avea un scor mai mic atât la testele comportamentale, cât și la cele psihologice.
Bebelușii care au fost expuși la cantități mari de metadonă dezvoltă, de asemenea, în mod obișnuit sevraj de metadonă, altfel cunoscut sub numele de sindromul de abstinență neonatal la opiacee. Aceasta este o afecțiune care afectează o serie de sisteme din organism, inclusiv sistemul respirator și sistemul nervos central și autonom, printre altele. Bebelușii care se nasc cu această afecțiune prezintă un risc crescut de a dezvolta sindromul morții subite a sugarului, sau SIDS, în comparație cu alți copii mai sănătoși. Studiile au descoperit, totuși, că simptomele acestei afecțiuni pot fi atenuate prin alăptare de către mamă sau un alt surogat. În multe cazuri, însă, alăptarea poate fi dificilă sau chiar imposibilă.