Dieta Atkins a primit atât sprijin puternic, cât și opoziție puternică de-a lungul anilor. O parte din opoziție rezultă din efectele secundare neplăcute experimentate de persoanele care au încercat dieta. Câteva dintre cele mai frecvente efecte secundare ale dietei Atkins includ dureri de cap, oboseală și crampe la picioare. Susținătorii dietei susțin că aceste efecte secundare negative ale dietei, în general, nu durează foarte mult și uneori sunt depășite de efectele secundare pozitive ale dietei Atkins, cum ar fi creșterea energiei.
Dezvoltatorii dietei Atkins admit că, de obicei, în timpul fazei de inducție a dietei, care este celebra faza de început restrictivă, unii oameni au dureri de cap, mușchi și oboseală. Ei atribuie aceste efecte secundare temporare ale dietei Atkins unui fenomen cunoscut sub numele de „retragerea carbohidraților”. Constipația este, de asemenea, o preocupare comună, probabil din cauza lipsei aportului de legume fibroase. Ei recomandă utilizarea înlocuitorilor de fibre în timpul fazei de inducție dacă constipația devine deranjantă.
Efectele secundare pe termen scurt ale dietei Atkins care sunt cel mai frecvent plânse de cei care fac dietă înșiși includ toate cele recunoscute oficial de Atkins, cu adaos de respirație urât mirositoare, lipsă de energie și rezistență fizică și mentală și pierderea musculară. Crampele la picioare și amețelile sunt, de asemenea, preocupări destul de frecvente care pot fi suficient de îngrijorătoare încât unii cei care fac dietă ajung să oprească dieta. Respirația urât mirositoare este adesea atribuită excreției de cetone, care au un miros neplăcut, iar energia fizică și psihică redusă se explică prin faptul că organismul, și mai ales creierul, preferă să ardă carbohidrații pentru ca combustibilul să funcționeze cât mai eficient. În ciuda faptului că Atkins susține că cele mai multe dintre aceste efecte secundare dispar după faza inițială de inducție, mulți dintre cei care fac dietă fie constată că unele efecte secundare neplăcute persistă pe parcursul întregului curs al dietei, fie nu pot suporta efectele secundare suficient de mult pentru a testa dacă problemele vor dispărea în cele din urmă.
Unii cei care fac dietă țin totuși o dietă pe termen lung și experimentează mai multe efecte secundare pozitive decât cele negative. Efectele pozitive citate în mod regulat includ creșterea mai degrabă decât scăderea energiei și scăderea tensiunii arteriale. Efectele secundare negative pe termen lung pot apărea pentru unii oameni din cauza vitaminelor și mineralelor limitate furnizate în alimentele prietenoase cu Atkins. În plus, mulți critici ai dietei își exprimă îngrijorarea cu privire la câte grăsimi și proteine animale sunt consumate din surse animale în această dietă, mai degrabă decât surse vegetale, care sunt considerate mai sănătoase pentru inima. Dovezile științifice privind beneficiile sau riscurile pe termen lung ale dietei Atkins pentru sănătate sunt oarecum contradictorii și pot include orice, de la creșterea sănătății și a calității vieții până la un risc mult mai mare de boli de inimă.