Mezodermul este unul dintre cele trei straturi majore dintr-un embrion în curs de dezvoltare, denumite straturi de celule germinale. Alte straturi de celule germinale sunt endodermul și ectodermul. Când embrionul se dezvoltă, din aceste straturi de celule germinale se dezvoltă diferite organe și părți ale corpului. Din mezoderm se dezvoltă mușchii, oasele, unele țesuturi ale pielii, țesuturile conjunctive, sistemul reproducător și urinar și alte organe interne. Embrionii tuturor animalelor complexe, inclusiv a oamenilor, conțin straturi mezodermice în dezvoltarea lor timpurie.
Modul în care mezodermul funcționează în dezvoltarea unui embrion este reprezentativ pentru procesul complex prin care oamenii și alte vertebrate se dezvoltă în uter. Fiecare dintre diferitele straturi din embrionul timpuriu începe ca structuri relativ simple, apoi se schimbă și crește pentru a forma numeroasele părți care interacționează necesare pentru a crea o creatură vie funcțională. Fiecare strat devine organe și țesuturi care depind de țesuturile și organele create în alte straturi, astfel încât dezvoltarea fiecărui strat trebuie să aibă loc în mod corespunzător pentru a se dezvolta într-un făt viabil.
În interiorul mezodermului însuși există straturi suplimentare care se diferențiază în diferite organe și părți ale corpului în timpul gestației. Fiecare dintre aceste subdiviziuni se dezvoltă într-un set diferit de organe și alte țesuturi ale corpului. Celelalte două straturi, ectodermul și endodermul, devin în cele din urmă țesut extern, cum ar fi pielea și dinții (ectodermul) și țesutul intern care căptușește majoritatea organelor interne (endodermul). Acest proces de dezvoltare este similar la majoritatea vertebratelor.
Unul dintre straturile mezodermului este mezodermul plăcii laterale. Această porțiune a țesutului embrionar se împarte în straturi care se dezvoltă în peretele corpului, precum și în peretele intestinelor și în sistemul circulator. Un alt strat, mezodermul intermediar, devine sistemul urinar și reproductiv. Mezodermul paraxial devine mușchi faciali, vertebre, mușchi scheletici și stratul dermic al pielii. Chordamesodermul sau mezodermul axial se dezvoltă în diferite părți ale coloanei vertebrale.
Un alt beneficiu al acestui mijloc de dezvoltare este că un celom sau cavitatea corpului se formează la începutul procesului. În această cavitate, există loc pentru dezvoltarea diferitelor organe interne. Când animalul este matur, cavitatea corpului, situată în abdomen, adăpostește majoritatea organelor vitale, oferind protecție unor părți atât de delicate și importante ale corpului precum inima, plămânii și intestinele. Căptușeala cavității abdominale, numită peritoneu, este, de asemenea, derivată din mezoderm în timpul dezvoltării timpurii.