Intestinul mijlociu se referă la secțiunea intermediară a tractului digestiv, care se întinde de la vârful intestinului subțire până la mijlocul aproximativ al intestinului gros. Este precedat de intestinul anterior, care include gura, esofagul, stomacul, ficatul, pancreasul, vezica biliară și porțiunea cea mai superioară a duodenului, prima secțiune a intestinului subțire. După intestinul mediu vine intestinul posterior, care constă dintr-un segment al colonului transvers, colonul descendent și sigmoid și rectul – toate părțile intestinului gros. În intestinul mediu sunt incluse ultimele două dintre cele patru secțiuni ale duodenului. Acestea sunt jejunul și ileonul, care sunt, de asemenea, secțiuni ale intestinului subțire, iar în intestinul gros, cecumul, colonul ascendent și cele două treimi superioare ale colonului transvers.
Se consideră că intestinul mediu începe în al doilea segment al duodenului, unde se găsesc canalul pancreatic și canalul biliar și unde are loc o mare parte din descompunerea chimică a alimentelor. Situate la doar câțiva centimetri sub pilor, intrarea din stomac în intestinul subțire, aceste canale sunt situate în ceea ce este cunoscut sub numele de partea descendentă a duodenului. Acestea furnizează enzimele prin sucul pancreatic și bilă, fabricate în ficat și stocate în vezica biliară din apropiere, care descompun alimentele în părțile sale macronutriente: carbohidrați, grăsimi și proteine.
De aici, intestinul mijlociu șerpuiește prin cele două părți distale sau inferioare ale duodenului și intră în jejun în mijlocul intestinului subțire. Jejunul este locul în care mulți dintre nutrienții eliberați în duoden sunt absorbiți prin celulele epiteliale din peretele intestinului, inclusiv zaharurile, glucoza și fructoza din carbohidrați, aminoacizii din proteine și câteva vitamine și minerale. Nutrienții neabsorbiți și apa continuă prin ileon, următoarea secțiune a intestinului subțire. Aici sunt absorbiți nutrienți suplimentari nedigerați, inclusiv vitamina B12, acizii grași și glicerolul din descompunerea grăsimilor, precum și produsele secundare ale digestiei, cum ar fi sărurile biliare.
Sub jejunul din intestinul mijlociu se află cecumul, care semnalează începutul intestinului gros, porțiunea tractului digestiv responsabilă de absorbția apei, a sării și a câtorva vitamine rămase, precum și pentru eliminarea deșeurilor din organism. Curbându-se brusc în sus de la cecum este colonul ascendent, care apoi face o întoarcere bruscă de 90 de grade pentru a forma colonul transvers. Colonul transvers este mai mult sau mai puțin la nivelul limitelor superioare ale intestinului mediu. Primele două treimi din lungimea sa sunt incluse în intestinul mijlociu, în timp ce lungimea rămasă formează începutul intestinului posterior chiar adiacent splinei.