Teologia prezbiteriană derivă din protestantism și își are originile în învățăturile lui Ioan Calvin. Principiul principal care guvernează teologia prezbiteriană este că mântuirea vine numai prin credință, nu prin venerarea imaginilor și sfinților sau rugăciunea pentru morți. Unii dintre liderii de seamă ai Bisericii Presbiteriane au fost John Knox în Scoția și Ulrich Zwingli și Heinrich Bullinger în Elveția.
Termenul „presbiterian” derivă de la presbyteros, care este cuvântul grecesc pentru „bătrân”. Organizarea Bisericii Presbiteriane este similară cu cea a bisericilor protestante care au adoptat ideile Reformei protestante din Elveția. Preoții, care sunt aleși în mod democratic de comunitățile creștine locale atât din bărbați, cât și din femei, administrează Biserica Presbiteriană. De asemenea, sunt membri ai consiliilor Bisericii, presbiteriilor, sinoadelor, Consiliului Național și Consiliului Suprem.
Teologia Bisericii Presbiteriane acceptă atât Crezul Apostolilor, cât și Crezul Niceean. Printre accentulurile acestui tip de teologie se numără alegerea divină, suveranitatea lui Dumnezeu, importanța sacramentelor și echilibrul perfect al evlaviei și culturii intelectuale. Chiar dacă această teologie este derivată din învățăturile lui Calvin, ea nu învață că Dumnezeu i-a predestinat pe unii oameni la mântuire și pe alții la osândire. Presbiterianii consideră că, deși toate ființele umane merită pedepsite pentru natura lor păcătoasă, Dumnezeu a decis să aleagă un număr pentru mântuire și să-i lase pe ceilalți să urmeze propria lor cale.
Doar două sacramente instituite de Isus sunt acceptate în teologia prezbiteriană: botezul și Cina Domnului. Presbiterianii cred că botezul este un sacrament instituit de Isus, în care unei persoane care intră în biserică i se oferă o nouă naștere și iertarea păcatelor. Botezul se face în numele Tatălui, al Fiului și al Sfântului Duh și se poate face o singură dată în viață. Apa este folosită ca element exterior al botezului, dar scufundarea nu este necesară. Cina Domnului comemorează jertfa făcută de Isus pe cruce, iar elementele exterioare — pâinea și vinul — simbolizează trupul și, respectiv, sângele lui Isus.
În teologia prezbiteriană, Biblia este mijlocul prin care creștinii învață despre prezența lui Dumnezeu în toate aspectele vieții umane, de la începuturile timpurilor până în zilele noastre. Presbiterianii cred că bunătatea veșnică a lui Dumnezeu și dragostea constantă pentru creația sa pot fi înțelese studiind Biblia. Vechiul și Noul Testament sunt ambele folosite de prezbiteriani.
Colegii prezbiteriane există în toate țările în care această biserică este prezentă. Mulți dintre ei oferă copiilor o educație tradițională conform principiilor morale ale prezbiterianismului. Pentru persoanele care sunt interesate să obțină o diplomă de teologie, colegiile prezbiteriane oferă cursuri legate de teologia prezbiteriană, munca de misiune și consiliere pastorală.