Termenul „metazoare bazale” se referă la animalele de la baza arborelui evolutiv al metazoarelor (animal multicelular). Termenul nu este foarte bine definit și se poate referi la cnidari (meduze și rude), porifere (bureți), ctenofori (jeleuri de pieptene), placozoare (singurul phyla de animale cu o singură specie, Trichoplax adhaerens) și specii dispărute. care poate fi mai primitiv decât strămoșul comun al tuturor metzoanelor vii (numit și metazoare tulpină, mai ales fauna ediacarană).
Cel mai bazal dintre toate metazoarele vii poate fi Trichoplax adhaerens, un animal simplu, foarte mic (0.5 mm), asemănător unui balon, numit pentru tendința sa de a se lipi de părțile laterale ale unui acvariu de sticlă. Trichoplax are cel mai mic genom dintre orice animal cunoscut, cu doar 50 de megabaze de ADN și 6 cromozomi. Secvențierea genomului Trichoplax este în prezent în curs de desfășurare. Se suspectează că ar putea fi înrudit cu cnidarii și ctenofori. Unele studii moleculare recente au sugerat că Trichoplax s-ar fi putut despărți de restul animalelor după bureți și cnidari.
Deși s-a bănuit mult timp că bureții sunt cele mai bazale dintre toate grupurile majore de metazoare, un studiu genetic din 2007 a stabilit că, de fapt, cnidarii s-au despărțit de alte metazoare mai devreme decât bureții. Aceasta este o surpriză, deoarece cnidarii sunt în mod clar mai complexi decât bureții. Descoperirea demonstrează că morfologia (aspectul) nu poate fi folosită ca un etalon pentru cât de devreme un organism se desparte de celelalte, deoarece unele animale devin mai puțin complexe în timp, nu mai mult. Acest lucru contrazice multe presupuneri populare despre evoluție.
Un alt grup interesant de metazoare bazale sunt mezozoarele, considerate cândva a fi intermediari între protozoare (organisme unicelulare) și mezozoare (organisme multicelulare), acum considerate a fi fie o formă simplificată de metazoare, fie un adevărat metazoar bazal. Cele două grupuri majore de mezozoare sunt Rhombozoa și Orthonectida, organisme simple despre care se cunosc puține. Sunt mici paraziți ai nevertebratelor marine, iar unele au doar câteva zeci de celule. Pentru a afla mai multe despre aceste animale, genomurile lor vor trebui secvențiate.
Un grup de metazoare dispărute, probabil cel mai bazal dintre toate metazoarele, posibil nu, sunt fauna ediacarană, un grup de organisme matlasate și asemănătoare pungilor care au trăit foarte mult timp în trecut, în perioada ediacarană, între aproximativ 600. și acum 542 de milioane de ani. Aceste animale au fost clasificate de unii lucrători din propriul lor grup, Vendobiota, pe baza aspectului lor similar „matlasat”, deși există o mare controversă în acest sens. Fauna Ediacaran a fost descrisă ca un „experiment timpuriu eșuat pe animale”. Deoarece acest grup este de mult dispărut, nu vom pune niciodată mâna pe materialul său genetic și ne vom limita la a face presupuneri bazate exclusiv pe morfologia brută.