În timp ce un fișier codificat MHTML conține porțiuni care sunt cod HTML pur, pot apărea complicații atunci când încercați să convertiți MHTML în HTML. Mai multe programe sunt capabile să citească fișiere și formate derivate MHTML – sau Extensii Multipurpose Internet Mail (MIME) HyperText Markup Language (HTML) –, dar este necesar un tip special de program pentru a converti și a scrie conținutul fișierului în HTML. Pot apărea probleme, deoarece datele digitale de pe site-ul web sunt codificate în fișier și reconstruirea site-ului web cu link-urile corecte către toate informațiile la nivel local poate fi o sarcină descurajantă. Există programe pentru majoritatea sistemelor de operare care permit conversiile MHTML în HTML, deși ar putea fi necesară muncă suplimentară din partea utilizatorului.
Problema principală pentru conversia fișierelor din MHTML în HTML sunt datele binare care sunt scrise în fișier. Datele sunt salvate într-un mod care permite ca fișierul MHTML să fie citit și afișat de către un browser web, dar nu facilitează conversia aceluiași fișier. MHTML este stocat ca un fel de cod încorporat care utilizează diferite variabile pentru a menține organizate locațiile fișierelor digitale. Informațiile binare, cum ar fi o imagine online, sunt stocate pe site-ul original cu link-uri către locațiile online. Aceste informații sunt eliminate și traduse în variabile locale cu fișiere MHTML, ceea ce face dificilă potrivirea efectivă a suportului binar cu locația și formatarea corectă în documentul HTML.
Sunt disponibile puține programe care pot converti MHTML în HTML. Există plug-in-uri și alte suplimente care pot permite unui program să încarce, să editeze și apoi să salveze din nou fișierul în MHTML, dar există doar o mână de programe independente care vor încerca să-l convertească în HTML. Frecvent, aceste programe solicită utilizatorului să se uite la cod pentru a sorta unde ar trebui să fie plasate fișierele binare în cod, permițându-le să reconstruiască pagina din arhivă.
Nu toate paginile web pot fi salvate cu precizie ca fișier MHTML. O varietate de formate complexe care pot fi încorporate ca media pe un site web nu se vor salva în mod corespunzător, dacă este deloc. Aceasta include applet-uri Java®, streaming media și multe scripturi care se bazează pe alte fișiere de pe server la care computerul de navigare nu are acces.
Cea mai eficientă modalitate de a converti MHTML în HTML este să găsești programe autonome și plug-in-uri care vor converti progresiv fișierele dintr-un format în altul și, în sfârșit, eventual în HTML. Anumite sisteme de operare nici măcar nu au suport pentru fișierele MHTML în propriile lor browsere. În lipsa tuturor celorlalte, este posibil să decodați manual informațiile binare MIME din fișier cu un decodor de bază 64, să extrageți numai HTML și să încercați să reconstruiți manual site-ul web deținut în arhivă, dar acest proces ar necesita foarte multă muncă.