Η μέθοδος του κυνηγετικού όπλου χρησιμοποιείται για την αλληλουχία μακριών κλώνων ενός μορίου δεοξυριβονουκλεϊκού οξέος (DNA). Βασίζεται σε μια άλλη μέθοδο προσδιορισμού αλληλουχίας DNA που ονομάζεται μέθοδος τερματισμού αλυσίδας. Με τη μέθοδο του κυνηγετικού όπλου, οι επιστήμονες ταξινομούν τμήματα του κλώνου του DNA και χρησιμοποιούν τα αποτελέσματα για να δημιουργήσουν μια συνεχή αλληλουχία.
Η αλληλουχία είναι η διαδικασία εύρεσης της ατομικής σύστασης ενός μορίου και διερεύνησης των χημικών δεσμών που ενώνουν αυτά τα άτομα. Στο DNA, η αλληλουχία χρησιμοποιείται για να βρεθεί η σειρά με την οποία εμφανίζονται ορισμένα μόρια. Αυτά τα μόρια ονομάζονται νουκλεοτίδια. Οι τέσσερις νουκλεοτιδικές βάσεις είναι η αδενίνη, η γουανίνη, η κυτοσίνη και η θυμίνη.
Ένας τρόπος προσδιορισμού αλληλουχίας μακριών κλώνων DNA είναι η χρήση της μεθόδου του κυνηγετικού όπλου. Σε αυτή τη μέθοδο, το DNA διασπάται σε τυχαία θραύσματα. Τα τμήματα που προκύπτουν αναλύονται στη συνέχεια χρησιμοποιώντας μια μέθοδο που ονομάζεται μέθοδος τερματισμού αλυσίδας. Ο τερματισμός της αλυσίδας είναι η μέθοδος επιλογής για σύντομες αλληλουχίες DNA. Χρησιμοποιεί λίγες σκληρές χημικές ουσίες και χαμηλότερες ποσότητες ραδιενέργειας από άλλες μεθόδους σύντομης αλληλουχίας.
Στη μέθοδο τερματισμού αλυσίδας, ένας κλώνος DNA χωρίζεται σε τέσσερις αντιδράσεις αλληλούχισης. Καθένα περιέχει και τα τέσσερα νουκλεοτίδια και ένα ένζυμο που δρα ως καταλύτης, που ονομάζεται πολυμεράση DNA. Ένα διδεοξυνουκλεοτίδιο, το οποίο είναι βασικά ένα νουκλεοτίδιο που λείπει μέρος της αλληλουχίας σακχάρου του, προστίθεται στη συνέχεια σε κάθε αντίδραση προσδιορισμού αλληλουχίας. Μετά την επεξεργασία αυτών των αντιδράσεων, οι επιστήμονες είναι σε θέση να τις απεικονίσουν και να διαβάσουν την αλληλουχία του DNA.
Κατά τη διάρκεια της μεθόδου προσδιορισμού αλληλουχίας του DNA με κυνηγετικό όπλο, όλα αυτά συμβαίνουν πολλές φορές χρησιμοποιώντας διαφορετικά τυχαία θραύσματα DNA. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα πολλαπλά επικαλυπτόμενα τμήματα DNA αλληλουχίας. Ένα πρόγραμμα υπολογιστή χρησιμοποιεί στη συνέχεια τα επικαλυπτόμενα τμήματα για να δημιουργήσει μια συνεχή αλληλουχία DNA.
Το πρόβλημα με τη μέθοδο του κυνηγετικού όπλου είναι ότι το DNA είναι απίστευτα πολύπλοκο. Συχνά, περιέχει επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες που φαίνονται ίδιες αλλά σχηματίζουν διαφορετικά μέρη του DNA. Το πλήρες σύνολο του ανθρώπινου DNA, που ονομάζεται ανθρώπινο γονιδίωμα, έχει περισσότερα από τρία δισεκατομμύρια ζεύγη βάσεων. Ο μόνος τρόπος για να βεβαιωθείτε ότι η τοποθέτηση των επαναλαμβανόμενων ακολουθιών είναι σωστή είναι να κάνετε περισσότερες τυχαίες αναγνώσεις έτσι ώστε κάθε μέρος να αλληλουχείται πολλές φορές. Ακόμα κι έτσι, συμβαίνουν λάθη.
Η μέθοδος προσδιορισμού της αλληλουχίας του κυνηγετικού όπλου ήταν η αιχμή της αλληλουχίας DNA μέχρι το 2005 περίπου. Από τότε, οι επιστήμονες δημιούργησαν αλληλουχία επόμενης γενιάς, η οποία λειτουργεί πολύ πιο γρήγορα. Η ακρίβεια των μεμονωμένων μετρήσεων είναι μικρότερη από ό,τι με την αλληλουχία κυνηγετικών όπλων, αλλά οι επιστήμονες αντισταθμίζονται για αυτό με το να μπορούν να κάνουν περισσότερες αναγνώσεις σε λιγότερο χρόνο.