Η αλληλουχία RNA είναι η διαδικασία προσδιορισμού της αλληλουχίας των νουκλεοτιδίων σε έναν κλώνο ριβονουκλεϊκού οξέος ή RNA. Το RNA αποτελείται από τέσσερα νουκλεοτίδια που ονομάζονται αδενίνη (A), γουανίνη (G), κυτοσίνη (S) και ουρακίλη (S). Η συγκεκριμένη αλληλουχία των νουκλεοτιδίων είναι ένας «κώδικας» που περιέχει γενετικές πληροφορίες που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή διαφορετικών τύπων πρωτεϊνών ή για την εξυπηρέτηση κάποιας συγκεκριμένης λειτουργίας από μόνη της. Οι γενετικοί κώδικες με τη μορφή αλληλουχιών νουκλεοτιδίων ορίζουν σχεδόν κάθε βιολογική διαδικασία που περιλαμβάνει την ανάπτυξη και τη λειτουργία ενός οργανισμού. Η αλληλουχία RNA, λοιπόν, είναι ένας τύπος έρευνας που στοχεύει στην ανακάλυψη της ακριβούς φύσης αυτού του γενετικού κώδικα και στη σύνδεση του κώδικα με συγκεκριμένες δομές και λειτουργίες μέσα σε έναν οργανισμό.
Οι επιστήμονες αλληλουχούν το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ, ή το DNA, πολύ πιο συχνά από ό,τι αναλύουν την αλληλουχία του RNA. Το DNA αποτελείται ομοίως από νουκλεοτίδια, αλλά είναι διατεταγμένα σε διπλή έλικα. Οι «μεταγραφές» του RNA γίνονται στην πραγματικότητα με βάση την αλληλουχία των νουκλεοτιδίων σε έναν κλώνο DNA — το DNA τείνει να είναι πιο ισχυρό από το RNA επειδή πολλοί κλώνοι RNA πρέπει να γίνονται από μία μόνο αλληλουχία DNA. Επιπλέον, το DNA περιέχει «εσώνια» ή μη κωδικοποιητικά τμήματα του DNA, τα οποία επεξεργάζονται κατά τη διάρκεια της διαδικασίας μεταγραφής και, επομένως, δεν ανιχνεύονται με αλληλουχία RNA. Ο προσδιορισμός της αλληλουχίας του RNA εξακολουθεί να είναι σημαντικός, αν και σε πολλές περιπτώσεις είναι απαραίτητο πρώτα να «αντιστροφική μεταγραφή» του RNA πίσω στο DNA πριν από τον προσδιορισμό της αλληλουχίας του.
Το γεγονός ότι μια αλληλουχία RNA δεν είναι απαραίτητα η ίδια με την αλληλουχία DNA από την οποία μεταγράφηκε είναι ένας από τους κύριους λόγους που οι επιστήμονες διεξάγουν πραγματικά πειράματα αλληλουχίας RNA. Η αλληλουχία RNA επιτρέπει στους επιστήμονες να ανακαλύψουν ποια μέρη ενός προτύπου DNA επεξεργάστηκαν κατά τη διάρκεια της μεταγραφής. Γνωρίζοντας αυτό, μπορούν στη συνέχεια να εξετάσουν πώς και γιατί έγινε η επεξεργασία της σειράς. Ένα από τα ενδιαφέροντα προβλήματα στη βιολογία είναι το γεγονός ότι μεγάλο μέρος του γονιδιώματος, ή το άθροισμα των γενετικών πληροφοριών μέσα σε έναν οργανισμό, φαίνεται να είναι αχρησιμοποίητο. Το να μάθετε ακριβώς ποιες ακολουθίες χρησιμοποιούνται και ποιες όχι είναι ένα σημαντικό βήμα για τη διερεύνηση των περιπλοκών αυτών των αχρησιμοποίητων τμημάτων γενετικής πληροφορίας.
Η ανάπτυξη πιο αποτελεσματικών και αποτελεσματικών μεθόδων προσδιορισμού αλληλουχίας RNA αποτελεί σημαντικό επίκεντρο πολλών ερευνητών στη βιοτεχνολογία. Οι ερευνητές πρέπει γενικά να αντιστρέφουν το RNA σε DNA πριν λάβουν πραγματικά την αλληλουχία. Οι ερευνητές θέλουν να αναπτύξουν μεθόδους που επιτρέπουν αποτελεσματική άμεση αλληλούχιση του RNA χωρίς να καταστρέφουν τους κλώνους RNA. Επιπλέον, οι ερευνητές θέλουν να βρουν μεθόδους υψηλής απόδοσης που τους επιτρέπουν να αλληλουχούν πολλούς κλώνους RNA κατά τη διάρκεια μιας διαδικασίας προσδιορισμού αλληλουχίας RNA.