Ένα μικροσκόπιο σύγκρισης αποτελείται από δύο ξεχωριστά μικροσκόπια συνδεδεμένα μεταξύ τους και χρησιμοποιείται για τη σύγκριση δύο αντικειμένων ή δειγμάτων. Ένας τύπος συσκευής που ονομάζεται οπτική γέφυρα επιτρέπει στο χρήστη να βλέπει και τα δύο δείγματα ταυτόχρονα. Αυτός ο τύπος μικροσκοπίου είναι σημαντικός για την επιβολή του νόμου — στους τομείς της εγκληματολογίας και της βαλλιστικής ανάλυσης. Επιτρέπει τη σύγκριση μεταξύ σφαιρών και θραυσμάτων σφαίρας καθώς και άλλων ιατροδικαστικών αποδεικτικών στοιχείων, τα οποία μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την απόδειξη της ενοχής ή για την απαλλαγή ενός υπόπτου για ορισμένα εγκλήματα.
Το μικροσκόπιο είναι μια από τις πιο σημαντικές εφευρέσεις στην ιστορία της ανθρωπότητας. Έχει επιτρέψει την πρόοδο πολλών επιστημών και έφερε επανάσταση σε πολλές από τις ιδέες μας για σχεδόν κάθε φυσική επιστήμη και υποκίνησε ακόμη και τη δημιουργία νέων επιστημών. Η ιδέα του συνδυασμού δύο μικροσκοπίων για να επιτραπεί η μελέτη δύο δειγμάτων ταυτόχρονα ήταν απλώς μια επέκταση των ήδη καλά αναπτυγμένων τεχνολογιών που χρησιμοποιούνται για την κατασκευή τυπικών μικροσκοπίων. Η οπτική γέφυρα ενός πρώιμου μικροσκοπίου σύγκρισης δεν ήταν τίποτα περισσότερο από δύο ζεύγη κατόπτρων, ένα για κάθε μικροσκόπιο, που κατεύθυναν τις μεμονωμένες εικόνες σε ένα μόνο θεατή, παράγοντας σε μια πλάι όψη και των δύο δειγμάτων σε μια εικόνα.
Η εφεύρεση αυτού του νέου τύπου μικροσκοπίου είχε ως αποτέλεσμα την πρόοδο πολλών επιστημονικών κλάδων, ιδίως της βαλλιστικής και της εγκληματολογίας. Η δυνατότητα εξέτασης και σύγκρισης δύο δειγμάτων δίπλα-δίπλα κατέστησε δυνατό να καθοριστεί θετικά εάν δύο σφαίρες είχαν εκτοξευθεί από ένα όπλο ή από διαφορετικά όπλα. Χρησιμοποιώντας μια δοκιμαστική σφαίρα ως έλεγχο, κατέστησε επίσης δυνατό να προσδιοριστεί εάν μια συγκεκριμένη σφαίρα εκτοξεύτηκε από ένα συγκεκριμένο όπλο ή όχι.
Πολλές άλλες χρήσεις του μικροσκοπίου σύγκρισης στην εγκληματολογία ακολούθησαν την εφεύρεση του. Δείγματα σχεδόν οποιουδήποτε υλικού μπορούν να συγκριθούν για την τεκμηρίωση μεταφοράς ή εντοπισμού στοιχείων. Τα δείγματα μαλλιών και τα δακτυλικά αποτυπώματα μπορούν επίσης να συγκριθούν με αυτόν τον τρόπο. Μπορούν επίσης να συγκριθούν δείγματα χειρογράφου και βιολογικά δείγματα, όπως βακτήρια και φύκια. Τα σήματα εργαλείων μπορούν να συγκριθούν για να προσδιορίσουν ποια εργαλεία χρησιμοποιήθηκαν σε ένα αντικείμενο ή για να αντιστοιχίσουν ένα εργαλείο αναφοράς με ένα γνωστό ότι χρησιμοποιήθηκε σε ένα έγκλημα.
Οι σύγχρονες τεχνολογίες έχουν κάνει πολλές βελτιώσεις στο βασικό μικροσκόπιο σύγκρισης. Οι υπολογιστές και οι οπτικές ίνες επιτρέπουν την εμφάνιση των εικόνων σε οθόνες ή οθόνες προβολής και την υπέρθεση η μία πάνω στην άλλη. Πολλές επιλογές, όπως ο φωτισμός, οι βαθμοί μεγέθυνσης και η δυνατότητα λήψης φωτογραφιών συγκρίσεων δειγμάτων μπορεί να είναι διαθέσιμες σε ένα μικροσκόπιο σύγκρισης.