Με την πιο γενική της έννοια, η βιοτεχνολογία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να αναφέρεται σε κάθε είδους τεχνολογία που χρησιμοποιεί τη βιολογία για να επιτύχει το τέλος της. Αυτό περιλαμβάνει μεθόδους «χαμηλής τεχνολογίας», όπως ο εμβολιασμός διαφορετικών φυτών μαζί, η προσθήκη ζυμομυκήτων σε ένα ποτό για τη ζύμωση σε μπύρα ή η συμπλήρωση του εδάφους με οργανισμούς για τη διαχείριση προβλημάτων παρασίτων. Με μια πιο συγκεκριμένη έννοια, ο όρος χρησιμοποιείται συνήθως για να αναφέρεται σε ένα υψηλότερο επίπεδο τεχνολογικής μεσολάβησης, ειδικά στον τομέα της γεωργίας.
Υπάρχουν τέσσερα κύρια υποπεδία της βιοτεχνολογίας στα οποία ταιριάζουν οι περισσότερες εφαρμογές: πράσινο, μπλε, λευκό και κόκκινο. Η πράσινη βιοτεχνολογία έχει να κάνει με τα φυτά και την καλλιέργεια, το μπλε έχει να κάνει με τις υδάτινες χρήσεις της βιολογικής τεχνολογίας, το λευκό χρησιμοποιείται στη βιομηχανία και το κόκκινο χρησιμοποιείται για ιατρικούς σκοπούς. Ενώ και τα τέσσερα υποπεδία έχουν συμβάλει σε μια σειρά από πολύτιμες διαδικασίες, η πράσινη βιοτεχνολογία είναι ίσως η πιο ευρέως χρησιμοποιούμενη, ενώ το μπλε εξακολουθεί να είναι σχετικά σπάνιο.
Η λευκή βιοτεχνολογία, η οποία μερικές φορές αναφέρεται και ως γκρίζα βιοτεχνολογία, εστιάζει κυρίως στη χρήση βιολογικών οργανισμών για την παραγωγή ή τον χειρισμό πραγμάτων με τρόπο που είναι επωφελής για τη βιομηχανία. Ορισμένα βακτήρια μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την επεξεργασία μετάλλων ή πλαστικών, για παράδειγμα, με τρόπο που μπορεί να είναι πιο αποτελεσματικός ή πιο οικονομικός από τις πιο παραδοσιακές μεθόδους. Άλλα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ενεργή παραγωγή μιας χημικής ουσίας ή μιας ένωσης που θα χρησιμοποιηθεί στη βιομηχανική διαδικασία. Μια συναρπαστική χρήση της λευκής βιοτεχνολογίας είναι ένας τρόπος καθαρισμού ενός μολυσμένου περιβάλλοντος απελευθερώνοντας βακτήρια που βοηθούν στη διάσπαση ή την υποβάθμιση της ανεπιθύμητης χημικής ουσίας. Τα βακτήρια που καταναλώνουν πετρέλαιο από πετρελαιοκηλίδες είναι ένα παράδειγμα αυτού.
Η κόκκινη βιοτεχνολογία χρησιμοποιείται για τη δημιουργία ουσιών για ιατρική χρήση ή για την άμεση βοήθεια του οργανισμού στην καταπολέμηση μιας ασθένειας ή ασθένειας. Η πρακτική της γενετικής τροποποίησης ζυμομυκήτων και βακτηρίων για την παραγωγή φαρμάκων είναι μια ευρέως διαδεδομένη χρήση, που συχνά επιτρέπει τη δημιουργία φαρμάκων που διαφορετικά θα ήταν αδύνατο να παρασκευαστούν. Ο χειρισμός του γονιδιώματος ενός ασθενούς για τη θεραπεία μιας ασθένειας είναι μια άλλη, σχετικά νέα χρήση της κόκκινης βιοτεχνολογίας.
Η πράσινη βιοτεχνολογία είναι εύκολα η παλαιότερη χρήση της βιοτεχνολογίας από τον άνθρωπο, που χρονολογείται από τις πρώτες χρήσεις της επιλεκτικής αναπαραγωγής στα φυτά, και στη σύγχρονη εποχή, είναι επίσης ο πιο έντονα αμφισβητούμενος τομέας βιοτεχνολογικής ανάπτυξης. Η γενετική τροποποίηση των φυτών για να παράγει τα επιθυμητά αποτελέσματα – όπως αντοχή σε ένα συγκεκριμένο χημικό ή παράσιτο ή αυξημένη απόδοση καλλιέργειας – χρησιμοποιείται ευρέως σε όλο τον κόσμο σε διάφορες καλλιέργειες, ιδιαίτερα σε καλλιέργειες βασικών τροφίμων όπως καλαμπόκι, ρύζι και σόγια. Πολλοί υποστηρικτές πιστεύουν ότι οι γενετικά τροποποιημένοι οργανισμοί (ΓΤΟ) έχουν τη δυνατότητα να είναι πολύ πιο φιλικοί προς το περιβάλλον και να βοηθήσουν στην επίλυση διατροφικών κρίσεων σε όλο τον κόσμο. Οι αντίπαλοι πιστεύουν ότι αυτές οι διαγονιδιακές καλλιέργειες τροφίμων αποτελούν απειλή για τη βιοποικιλότητα και μπορεί επίσης να θέτουν κινδύνους για την υγεία.