Η διαχείριση των υπόγειων υδάτων αναφέρεται στην ανάπτυξη και εφαρμογή πρωτοκόλλων για τη διατήρηση και προστασία των υπόγειων υδάτινων πόρων. Αυτή η μελέτη περιλαμβάνει αρκετούς βασικούς τομείς ανησυχίας, αντιμετωπίζοντας ζητήματα όπως η αποκατάσταση των υπόγειων υδάτων και ο έλεγχος της ρύπανσης, η παρακολούθηση της χρήσης του νερού και η πρόβλεψη μελλοντικών προβλημάτων με τους τοπικούς ταμιευτήρες νερού μέσω μιας διαδικασίας που ονομάζεται παρακολούθηση των υπόγειων υδάτων. Ενώ η χρήση σχεδίων διαχείρισης των υπόγειων υδάτων είναι ιδιαίτερης σημασίας σε μέρη με περιορισμένες προμήθειες διαθέσιμου πόσιμου νερού, όπως οι άνυδρες και έρημες περιοχές, αυτά τα πρωτόκολλα είναι επίσης σημαντικά για περιοχές πλούσιες σε νερό για την πρόληψη της ρύπανσης και της υποβάθμισης της τοπικής παροχής νερού. περιορίζοντας την υπερχείλιση σε αυτές τις περιοχές.
Τα υπόγεια ύδατα ορίζονται ως το νερό που συγκρατείται κάτω από το επιφανειακό στρώμα της γης. Αυτές οι υπόγειες δεξαμενές συχνά τροφοδοτούνται από υπόγειες πηγές ή νερό που έχει εισχωρήσει στο έδαφος και τα βράχια από το νερό της βροχής ή τα υπέργεια υδάτινα σώματα. Τα υπόγεια ύδατα συλλέγονται από τη γη από πηγάδια.
Το υπόγειο σύστημα υδροφορέων είναι ένα απαλά ισορροπημένο οικοσύστημα που μπορεί να επηρεαστεί από μεγάλο αριθμό εξωτερικών επιρροών. Σε περιόδους τοπικής ξηρασίας, η παροχή υπόγειων υδάτων μιας περιοχής μπορεί να μειωθεί δραστικά. Η ρύπανση που προκαλείται από τη γεωργία ή άλλες πηγές μπορεί να εισχωρήσει στην τοπική παροχή υπόγειων υδάτων, μολύνοντάς τα και καθιστώντας τα μη ασφαλή για κατανάλωση ή χρήση. Οι περίοδοι έντονων βροχοπτώσεων μπορεί να οδηγήσουν σε υπεραφθονία υπόγειων υδάτων, δημιουργώντας μια κατάσταση γνωστή ως υπερχείλιση, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε πλημμύρες. Ο σκοπός της διαχείρισης των υπόγειων υδάτων και της μοντελοποίησης των υπόγειων υδάτων είναι να μελετήσει αυτές τις επιπτώσεις στον τοπικό υδροφόρο ορίζοντα και να μεσολαβήσει πριν προκύψουν προβληματικές καταστάσεις.
Τα πρωτόκολλα που χρησιμοποιούνται για τη διαχείριση των υπόγειων υδάτων ποικίλλουν από τη μια τοποθεσία στην άλλη με βάση τις ιδιαίτερες ανάγκες του τοπικού υδροφορέα. Σε ξηρές περιοχές ή περιοχές που πλήττονται από τοπική ξηρασία, μερικές φορές εφαρμόζεται η δέσμευση του νερού. Σε περιοχές όπου οι έντονες βροχοπτώσεις έχουν δημιουργήσει τη δυνατότητα για υπερχείλιση και πλημμύρες, το άνοιγμα κατάντη πυλώνων φραγμάτων κατά μήκος ποταμών και ρεμάτων μπορεί να εξαλείψει μέρος του νερού που διαφορετικά θα μπορούσε να βρει το δρόμο του στο υπόγειο σύστημα υδροφορέων. Σε περιοχές όπου η γεωργία ή οι κατασκευές δημιουργούν τη δυνατότητα ρύπανσης της υπόγειας παροχής νερού, ενδέχεται να επιβληθούν περιορισμοί στους τύπους χημικών ή λιπασμάτων που μπορούν να χρησιμοποιηθούν ή να υιοθετηθούν εξειδικευμένες μέθοδοι ελέγχου της ρύπανσης.
Είναι δυνατό να διατηρηθεί ο υδροφόρος ορίζοντας σε μια χρήσιμη κατάσταση χρησιμοποιώντας τεχνικές διαχείρισης των υπόγειων υδάτων για την προστασία των τοπικών αποθεμάτων νερού. Όταν αυτά τα πρωτόκολλα δεν χρησιμοποιούνται ή χρησιμοποιούνται εσφαλμένα, μπορεί να προκληθεί ζημιά στον τοπικό υδροφόρο ορίζοντα με τη μορφή ρύπανσης, έλλειψης νερού ή άλλων προβλημάτων. Όταν αυτή η ζημιά γίνει σοβαρή, μπορεί να χρειαστεί να διακοπεί η χρήση τοπικών γεωτρήσεων ή να χρησιμοποιηθούν άλλες πρακτικές αποκατάστασης των υπόγειων υδάτων για να επανέλθει η τοπική παροχή νερού σε υγιή κατάσταση λειτουργίας.