Η διατήρηση νυχτερίδων είναι ένας όρος που περιγράφει τις προσπάθειες των ενδιαφερόμενων ατόμων να βοηθήσουν στην ενίσχυση των απειλούμενων πληθυσμών νυχτερίδων παγκοσμίως. Σύμφωνα με τους ειδικούς, οι νυχτερίδες έχουν απειληθεί για πολλούς λόγους, όπως η καταστροφή των οικοτόπων, η χρήση φυτοφαρμάκων και οι ασθένειες. Προκειμένου να προστατευτούν οι νυχτερίδες, οι άνθρωποι έκαναν τα πάντα, από τη ψήφιση νόμων για την προστασία των οικοτόπων τους, την έρευνα για απειλές για τον πληθυσμό των νυχτερίδων, μέχρι τη διδασκαλία των ανθρώπων για τις νυχτερίδες σε μια προσπάθεια να παράγουν δημόσια υποστήριξη για τη διατήρηση.
Υπάρχουν πολλά διαφορετικά είδη νυχτερίδων σε όλο τον κόσμο, και πολλά από αυτά έχουν εντελώς διαφορετικές δίαιτες, με αποτέλεσμα πολύ διαφορετικούς ρόλους οικοσυστήματος. Για παράδειγμα, πολλές νυχτερίδες χρησιμεύουν πρωτίστως ως αρπακτικά εντόμων, ενώ άλλες μπορεί να τρώνε φρούτα, εξυπηρετώντας το οικοσύστημα απλώνοντας σπόρους και διατηρώντας τα δάση υγιή. Στις περισσότερες περιπτώσεις, οι ειδικοί πιστεύουν ότι πολλοί από αυτούς τους ρόλους δεν θα μπορούσαν απαραίτητα να αναληφθούν από άλλα ζώα εάν οι νυχτερίδες θα εξαφανιστούν και ορισμένοι ειδικοί πιστεύουν ότι οι πιθανές συνέπειες ενός τέτοιου γεγονότος μπορεί να είναι εξαιρετικά σοβαρές. Οι ανησυχίες για αυτούς τους κινδύνους είναι μία από τις κύριες κινητήριες δυνάμεις πίσω από πολλές προσπάθειες διατήρησης νυχτερίδων.
Μερικές νυχτερίδες ζουν σε δέντρα ενώ άλλες σε σπηλιές, και η μεγαλύτερη απειλή για τις νυχτερίδες είναι γενικά η καταστροφή των οικοτόπων. Μερικές φορές η καταστροφή των οικοτόπων βλάπτει τις νυχτερίδες, καταστρέφοντας τα μέρη όπου ζουν, ενώ σε άλλες περιπτώσεις, μπορεί να είναι πιο έμμεση. Για παράδειγμα, όταν οι άνθρωποι καταστρέφουν βάλτους και άλλες περιοχές όπου τα έντομα αναπαράγονται σε μεγάλο αριθμό, η μείωση του πληθυσμού εντόμων μπορεί να οδηγήσει σε έλλειψη τροφής για τις νυχτερίδες. Ένα άλλο πρόβλημα είναι ότι μερικές νυχτερίδες που κατοικούν σπήλαια ζουν επίσης μέσα σε παλιά κτίρια και όταν αυτά τα κτίρια γκρεμίζονται, οι νυχτερίδες χάνουν τα σπίτια τους. Σε ορισμένες περιοχές έχουν ψηφιστεί ακόμη και νόμοι για τη διατήρηση των νυχτερίδων, οι οποίοι θέτουν περιορισμούς στην καταστροφή οποιουδήποτε κτιρίου που χρησιμοποιούν οι νυχτερίδες ως καταφύγιο και ορισμένοι άνθρωποι έχουν δημιουργήσει μικρά καταφύγια νυχτερίδων στις προσωπικές τους ιδιότητες για να καλύψουν αυτές τις απώλειες οικοτόπων.
Μια άλλη σημαντική απειλή για τις νυχτερίδες είναι μια μυκητιακή λοίμωξη γνωστή ως σύνδρομο λευκής μύτης και πολλές προσπάθειες διατήρησης νυχτερίδων αφιερώνονται στην καλύτερη κατανόηση της νόσου. Το σύνδρομο της λευκής μύτης οδηγεί σε ανάπτυξη μυκήτων σε διάφορες περιοχές του σώματος, συμπεριλαμβανομένου του στόματος, και μπορεί να προκαλέσει στις νυχτερίδες να εγκαταλείψουν τις φωλιές τους κατά την περίοδο της χειμερίας νάρκης, οδηγώντας τελικά σε πείνα και θάνατο. Ορισμένοι ειδικοί πιστεύουν ότι οι άνθρωποι σπηλαιολόγοι μπορεί να είναι πρωτίστως υπεύθυνοι για την ταχεία εξάπλωση αυτού του μύκητα, αν και αυτό δεν είναι απαραίτητα σίγουρο. Ορισμένοι ειδικοί πρότειναν ότι οι άνθρωποι πρέπει να αποφεύγουν τις σπηλιές μέχρι να γίνει καλύτερα κατανοητή η ασθένεια, ενώ άλλοι απλώς προέτρεψαν τους ανθρώπους να μην φορούν ποτέ τα ίδια ρούχα σε δύο διαφορετικές σπηλιές.