Οι περισσότερες κύστεις των ωοθηκών υποχωρούν από μόνες τους και επομένως δεν χρειάζονται χειρουργική επέμβαση. Αυτά που απαιτούν χειρουργική αφαίρεση είναι συνήθως μεγάλα, καρκινικά, εξαιρετικά επώδυνα ή συμπαγή. Κατά τη διάρκεια της χειρουργικής επέμβασης θα γίνει τομή, θα αφαιρεθεί η κύστη και ο ιστός θα εξεταστεί εάν υπάρχει υποψία καρκίνου. Θα χρησιμοποιηθούν είτε συνδετήρες είτε ράμματα για το κλείσιμο της περιοχής και θα προσφερθεί παυσίπονα για τη θεραπεία της κοιλιακής δυσφορίας που συνήθως συνοδεύεται από αυτήν τη θεραπεία. Ενώ η χειρουργική επέμβαση κύστης ωοθηκών συνήθως διαρκεί μόνο μερικές ώρες, η παραμονή στο νοσοκομείο είναι συνήθως τουλάχιστον τρεις ημέρες, ακολουθούμενη από περίοδο ανάρρωσης έως και τέσσερις εβδομάδες.
Αυτό το είδος θεραπείας για τις κύστεις των ωοθηκών είναι συνήθως η τελευταία λύση, καθώς υπάρχουν κίνδυνοι που συνοδεύουν οποιαδήποτε χειρουργική επέμβαση, αν και εξακολουθούν να είναι αρκετά σπάνιοι. Είναι πιθανό οι ασθενείς να εμφανίσουν επιπλοκές όπως υπερβολική αιμορραγία, λοίμωξη, στειρότητα, θρόμβους αίματος και ανάγκη αφαίρεσης των ωοθηκών, γι’ αυτό η επέμβαση κύστης ωοθηκών δεν είναι συνήθως η πρώτη θεραπεία που προσφέρεται. Πριν προγραμματιστεί η χειρουργική επέμβαση, οι περισσότεροι γιατροί πραγματοποιούν φυσική εξέταση, υπερηχογράφημα, αξονική τομογραφία και εξετάσεις ούρων και αίματος, για να αναφέρουν μερικές από τις συνήθεις προβολές που απαιτούνται. Επιπλέον, τα αραιωτικά του αίματος και τα αντιφλεγμονώδη φάρμακα όπως η ασπιρίνη θα πρέπει να διακόπτονται προσωρινά, καθώς μπορεί να προκαλέσουν ανεπιθύμητες ενέργειες μετά από χειρουργική επέμβαση κύστης ωοθηκών.
Οι περισσότεροι γιατροί χρησιμοποιούν γενική αναισθησία για να μπλοκάρουν τον πόνο της επέμβασης και στη συνέχεια προχωρούν κόβοντας την κοιλιά. Οι μύες στην περιοχή αρχικά διαχωρίζονται και τα αιμοφόρα αγγεία απομακρύνονται στη συνέχεια έτσι ώστε ο γιατρός να αφαιρέσει την κύστη. Εάν υπάρχει υποψία καρκίνου, μπορεί επίσης να αφαιρεθεί κάποιος ιστός αυτή τη στιγμή, ώστε να μπορεί να ελεγχθεί. Οι κοιλιακοί μύες συνήθως ράβονται και η αρχική τομή συνήθως κλείνεται είτε με συνδετήρες είτε με ράμματα. Τέλος, υγρά και φάρμακα χορηγούνται ενδοφλεβίως αμέσως μετά την επέμβαση κύστης ωοθηκών.
Αν και ο κοιλιακός πόνος πρέπει να εξαφανιστεί μέσα σε περίπου δέκα ημέρες, η περίοδος ανάρρωσης μπορεί να διαρκέσει έως και τέσσερις εβδομάδες. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, η τομή θα πρέπει να καθαρίζεται τακτικά με σαπούνι και νερό και τα πόδια θα πρέπει να κινούνται προσεκτικά ως συνήθως για να αποτραπούν οι θρόμβοι αίματος. Στις περισσότερες περιπτώσεις, οι ασθενείς μπορούν να επιστρέψουν στην τυπική ρουτίνα τους όταν αισθάνονται ότι το κάνουν, αν και η έντονη δραστηριότητα θα πρέπει να αποφεύγεται για έως και έξι εβδομάδες. Οι περισσότεροι γιατροί ενημερώνουν τους ασθενείς τους όταν επουλωθούν πλήρως από τη χειρουργική επέμβαση κύστης ωοθηκών και μπορούν να επιστρέψουν στις συνήθεις δραστηριότητές τους.