Το 2005, το Εκπαιδευτικό Συμβούλιο της Πολιτείας του Κάνσας ψήφισε να απαιτήσει από τα δημόσια σχολεία να συμπεριλάβουν τη θεωρία του «ευφυούς σχεδιασμού» ως βιώσιμη εναλλακτική λύση στη δαρβινική θεωρία της εξέλιξης. Αυτή η απόφαση ώθησε έναν πτυχιούχο φοιτητή φυσικής ονόματι Μπόμπι Χέντερσον να συντάξει μια κάπως σατιρική επιστολή διαμαρτυρίας. Ο Χέντερσον υποστήριξε ότι οποιαδήποτε θεμιτή θεωρία «ευφυούς σχεδιασμού» δεν θα μπορούσε να παρουσιαστεί ως επιστημονικό γεγονός χωρίς την αναγνώριση ενός Θεού, κάτι που θα παραβίαζε τον διαχωρισμό θρησκείας και επιστήμης στα δημόσια σχολεία. Παρουσίασε ένα επιχείρημα στο οποίο ένα παντοδύναμο Ιπτάμενο Τέρας Σπαγγέτι θα μπορούσε λογικά να πιστωθεί ότι δημιούργησε το γνωστό σύμπαν.
Αυτό το γράμμα έγινε η βάση μιας θρησκείας παρωδίας γνωστής ως Εκκλησία του Ιπτάμενου Τέρατος Σπαγγέτι. Οι οπαδοί της «πίστης» ισχυρίζονται μια «σπαγγαδειότητα», το Ιπτάμενο Τέρας Σπαγγέτι, στην πραγματικότητα χρησιμοποίησε το Noodly Appendage Του και άλλες δυνάμεις για να δημιουργήσει τα πάντα στον πλανήτη αφού είχαν πιει πολύ. Εάν ένας επιστήμονας χρησιμοποιήσει τεχνικές όπως η χρονολόγηση με άνθρακα-14 για να διαψεύσει αυτή τη θεωρία, το αόρατο Τέρας θα στρέβλωνε ενεργά τα αποτελέσματα υπέρ Του.
Ο Χέντερσον συνέχισε δημιουργώντας ένα σε μεγάλο βαθμό σατιρικό «Ιερό κείμενο» το οποίο σκιαγράφησε περαιτέρω τις αρχές της Εκκλησίας του Ιπτάμενου Τέρατος Σπαγγέτι. Πολλές από αυτές τις αρχές βασίζονται χαλαρά σε, ή προτείνονται από, ιουδαιοχριστιανικές γραφές, όπως οι Δέκα Εντολές. Η έκδοση των Εντολών του Χέντερσον αποδίδεται ως το “Οκτώ θα προτιμούσα πραγματικά να μην το έκανες”, για παράδειγμα. Οι οπαδοί της Εκκλησίας αυτοαποκαλούνται Πασταφαριανοί, ένα έργο για τη θρησκεία Ρασταφαριανισμού με βάση την Τζαμάικα.
Αν και πολλά από τα κείμενα και τις πεποιθήσεις της Εκκλησίας του Ιπτάμενου Τέρατος Σπαγγέτι είναι κάτι περισσότερο από ασκήσεις στη σάτιρα του κολεγίου, υπάρχει ένα βαθύ σημείο στο κίνημα. Η θεωρία του ευφυούς σχεδιασμού είναι πολύ δύσκολο να εξηγηθεί σε καθαρά επιστημονικό επίπεδο, αφού η θεωρία οδηγεί αναπόφευκτα σε ερωτήματα σχετικά με τον «ευφυή σχεδιαστή» που είναι υπεύθυνος για τη δημιουργία. Ενώ η πιο καθιερωμένη θεωρία της βιολογικής εξέλιξης χρησιμοποιεί αυστηρά επιστημονικά δεδομένα για να αποδείξει την υπόθεσή της, η θεωρία του ευφυούς σχεδιασμού συχνά παρεμποδίζεται χωρίς την προσθήκη αποδεικτικών στοιχείων που βασίζονται στη θρησκεία. Ο Χέντερσον χρησιμοποίησε ένα θεωρητικό τέρας των ιπτάμενων σπαγγέτι για να επισημάνει τη δυσκολία παρουσίασης της θεωρίας του Δημιουργισμού που βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στην πίστη σε ένα επιστημονικό περιβάλλον.
Η Εκκλησία του Ιπτάμενου Τέρατος Σπαγγέτι θα μπορούσε καλύτερα να περιγραφεί ως μια θρησκεία παρωδίας, σύμφωνα με τις γραμμές της Εκκλησίας του Υπογένιου του «Bob» Dobbs, ή μια αντιθρησκεία, κάπως παρόμοια με τη Σαηεντολογία ή τον επιστημονικό αγνωστικισμό. Εξακολουθεί να είναι δημοφιλές σε πολλές πανεπιστημιουπόλεις κολεγίων, ειδικά σε όσους αισθάνονται αποστερημένοι από τις κυρίαρχες θρησκείες ή έλκονται από αντιπολιτισμικούς τρόπους ζωής γενικά. Το Church of the Flying Spaghetti Monster έχει τη δική του ιστοσελίδα και η βιβλιογραφία του είναι διαθέσιμη σε πολλά βιβλιοπωλεία και βιβλιοθήκες.