Ο όρος «εμβρυϊκή κυκλοφορία» χρησιμοποιείται για να αναφέρεται στην κίνηση του αίματος μέσω ενός αναπτυσσόμενου εμβρύου. Επειδή το αναπτυσσόμενο έμβρυο λαμβάνει οξυγόνο μέσω της παροχής αίματος της μητέρας και όχι με την αναπνοή, υπάρχουν πολλά πράγματα σχετικά με την κυκλοφορία του εμβρύου που είναι ιδιαίτερα, για να επιτρέψουν στο έμβρυο να πάρει το οξυγόνο που χρειάζεται για να ευδοκιμήσει, ενώ παράλληλα θέτει τις βάσεις για την ημέρα που το μωρο θα γεννηθει. Μόλις γεννηθεί, το μωρό πρέπει να προσαρμοστεί αμέσως για να πάρει οξυγόνο μέσω των πνευμόνων, απαιτώντας μια ριζική αλλαγή στο κυκλοφορικό σύστημα.
Τα εμβρυϊκά και τα μητρικά αποθέματα αίματος είναι εντελώς ξεχωριστά. Το έμβρυο τροφοδοτείται με οξυγόνο και θρεπτικά συστατικά μέσω του πλακούντα, με το έμβρυο να ανταλλάσσει τα απόβλητα για έκφραση μέσω της κυκλοφορίας του αίματος της μητέρας σε αντάλλαγμα για το απαραίτητο οξυγόνο και τη διατροφή. Η οξυγόνωση του αίματος συμβαίνει καθώς το αίμα που έχει εξαντληθεί από οξυγόνο κινείται μέσω του πλακούντα, συλλέγοντας οξυγόνο από την παροχή αίματος της μητέρας. Το οξυγονωμένο αίμα κινείται μέσω του ήπατος και της καρδιάς του εμβρύου, ταξιδεύοντας μέσω του συστήματος κυκλοφορίας του εμβρύου και ξαναεμφανιζόμενο για να συλλέξει περισσότερο οξυγόνο από τον πλακούντα ενώ παράγει απορρίμματα.
Αρκετές διακλαδώσεις, ο πόρος φλεβός, ο αρτηριακός πόρος και ο ωοειδής πόρος, χρησιμοποιούνται για τη μεταφορά αίματος γύρω από το έμβρυο, παρακάμπτοντας ορισμένα μέρη του κυκλοφορικού συστήματος, επειδή δεν έχουν αναπτυχθεί ακόμη. Συγκεκριμένα, η πνευμονική κυκλοφορία διατηρείται χαμηλή για την προστασία των πνευμόνων. Όταν το βρέφος βγαίνει και παίρνει την πρώτη του πνοή, το κυκλοφορικό σύστημα προσαρμόζεται στην αλλαγή του περιβάλλοντος, με αλλαγές στην πίεση να συμβαίνουν στο κυκλοφορικό σύστημα για να κλείσουν τα παράθυρα που χρησιμοποιούνται για την αναδρομολόγηση του αίματος.
Τις εβδομάδες μετά τον τοκετό, οι προσαρμογές στο κυκλοφορικό σύστημα που σχεδιάστηκαν για την εμβρυϊκή κυκλοφορία σταδιακά κλείνουν. Σε ορισμένες περιπτώσεις, αυτό αποτυγχάνει να συμβεί και το μωρό αντιμετωπίζει προβλήματα υγείας. Στην επίμονη εμβρυϊκή κυκλοφορία, γνωστή και ως επίμονη πνευμονική υπέρταση, η παράκαμψη που κρατά το αίμα έξω από τους πνεύμονες παραμένει ανοιχτή και οι πνεύμονες δεν λαμβάνουν αρκετό αίμα. Συμπληρωματικό οξυγόνο χρησιμοποιείται σε αυτές τις περιπτώσεις για την πρόληψη βλαβών που προκαλούνται από χαμηλή οξυγόνωση ενώ το μωρό έχει την ευκαιρία να αναπτυχθεί έτσι ώστε το κυκλοφορικό σύστημα να μπορεί να κάνει τη δουλειά χωρίς βοήθεια.
Μερικές φορές μπορεί να συμβούν επιπλοκές με το κυκλοφορικό σύστημα σε νεογέννητο ως αποτέλεσμα παρατεταμένου τοκετού, συγγενών ανωμαλιών ή δυσκολίας στην αναπνοή αμέσως μετά τη γέννηση. Αυτά τα προβλήματα είναι συνήθως εμφανή επειδή το μωρό μπορεί να γίνει κυανωτικό, με γαλάζια δάχτυλα, χείλη και δάχτυλα των ποδιών, ως αποτέλεσμα της κακής κυκλοφορίας.