Η κυτταροπλασματική χρώση συμβαίνει όταν το υγρό που περιέχεται μέσα σε ένα κύτταρο έχει αποχρωματιστεί. Αυτό συμβαίνει για έναν από τους δύο λόγους: είτε επειδή το κύτταρο έχει μειωθεί με κάποιο τρόπο είτε επειδή έχει λεκιάσει για σκοπούς επιστημονικής ανάλυσης. Ιοί όπως ο κυτταρομεγαλοϊός και καρκίνοι όπως το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα μπορεί να προκαλέσουν κοκκώδη χρώση του κυτταροπλάσματος. Οι επιστήμονες λεκιάζουν τα κυτταροπλάσματα προκειμένου να δημιουργήσουν μια χρωματική αντίθεση όταν μελετούν συγκεκριμένα στοιχεία ενός κυττάρου.
Το κυτταρόπλασμα είναι ένα παχύρρευστο υγρό που περιέχεται στη μεμβράνη ενός κυττάρου. Είναι χαρακτηριστικό τόσο των προκαρυωτικών όσο και των ευκαρυωτικών κυττάρων. Το κυτταρόπλασμα σε ένα προκαρυωτικό κύτταρο περιέχει όλο το γενετικό υλικό του κυττάρου, πρωτεΐνες και άλλα υλικά. Σε ένα ευκαρυωτικό κύτταρο, πολλές από τις λειτουργίες του κυττάρου εκτελούνται μέσα σε αυτόνομα οργανίδια. Σχεδόν το 70 τοις εκατό του κυτταροπλάσματος ενός ευκαρυωτικού κυττάρου αποτελείται από κυτοσόλη, το πραγματικό υγρό, το οποίο περιέχει ως επί το πλείστον νερό, αλάτι και διαλυτά μόρια όπως πρωτεΐνες, λιπίδια και υδατάνθρακες.
Ο κυτταρομεγαλοϊός (CMV) είναι ένας τύπος ιού έρπητα που μπορεί να μολύνει ανθρώπους καθώς και άλλους οργανισμούς και είναι ένα παράδειγμα κατάστασης που μπορεί να προκαλέσει κυτταροπλασματική χρώση. Η ανθρώπινη παραλλαγή, HCMV, προκαλεί τεράστια βλάβη μόνο σε ασθενείς με κατασταλμένο ανοσοποιητικό σύστημα, όπως εκείνους με ιό ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας (HIV). Η κυτταροπλασματική χρώση συμβαίνει σε έναν λεπτό αριθμό κυττάρων που επηρεάζονται από τον CMV. Μελέτες έχουν αποδείξει ότι η κυτταροπλασματική χρώση των κυττάρων που έχουν μολυνθεί από CMV είναι τυχαία και όχι διαγνωστική.
Η επιστημονική κυτταροπλασματική χρώση συμβαίνει όταν προστίθεται στο κυτταρόπλασμα μια βαφή συγκεκριμένη για την κατηγορία. Αντί να χρωματίζει ολόκληρο το κυτταρόπλασμα ή το κυτοσόλιο, η βαφή στοχεύει σε συγκεκριμένα στοιχεία της όπως οργανίδια, πρωτεΐνες ή δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (DNA). Η βαφή εφαρμόζεται είτε όταν το κύτταρο είναι ζωντανό (in vivo) είτε όταν το κύτταρο είναι νεκρό (in vitro). Τα δείγματα, μετά τη βαφή, μελετώνται χρησιμοποιώντας μικροσκόπια.
Η διαδικασία χρώσης ποικίλλει ανάλογα με το τι στοχεύεται και γιατί. Τα ερευνητικά εργαστήρια τείνουν να διαθέτουν πρωτόκολλα για τη χρώση κάθε τύπου κυττάρου. Για παράδειγμα, η έρευνα για τη χρώση των κυττάρων κατά το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα απαιτεί ανοσοχημική χρώση ως την προτιμώμενη μέθοδο κυτταροπλασματικής χρώσης προκειμένου να μελετηθεί η ανταπόκριση του σώματος στο καρκίνωμα. Αυτή η διαδικασία περιλαμβάνει αποπαραφινοποίηση, πλύση με υπεροξείδιο του υδρογόνου και θέρμανση του δείγματος σε διάλυμα ανάκτησης αντιγόνου.
Το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα είναι μια σχετικά συχνή μορφή κακοήθους καρκίνου στους ανθρώπους. Είναι ένας καρκίνος που επηρεάζει κυρίως το συκώτι και υπάρχουν περίπου 16,000 νέες περιπτώσεις καρκίνου κάθε χρόνο στις Ηνωμένες Πολιτείες. Μια βαφή ή παρασκευαστής, που ονομάζεται Thyroid Transcription Factor-1 (TTF), έχει αναπτυχθεί από επιστήμονες για να διακρίνει τα κύρια κύτταρα του καρκίνου από τα πιο επικίνδυνα μεταστατικά καρκινικά κύτταρα.