Η μικροβιακή παθογένεση είναι η διαδικασία με την οποία ένας μικροοργανισμός προκαλεί μια ασθένεια. Οι μικροοργανισμοί που είναι ικανοί για μικροβιακή παθογένεση περιλαμβάνουν βακτήρια, μύκητες και ιούς. Οι μορφές αυτών των οργανισμών που προκαλούν ασθένειες ονομάζονται παθογόνα. Η μικροβιακή παθογένεση παρακολουθεί την προέλευση και την αιτία της νόσου, πώς εκδηλώνεται στο σώμα και πώς αντιδρά το σώμα σε αυτήν.
Υπάρχουν τέσσερις κύριοι τύποι παθογένειας στο ανθρώπινο σώμα. Η φλεγμονή είναι η διόγκωση του ιστού στο σώμα καθώς αντιμετωπίζεται ένα πρόβλημα και αντικαθίσταται ο μολυσμένος ιστός. Η κακοήθεια είναι η ανώμαλη ανάπτυξη της κυτταρικής αναπαραγωγής όπως συχνά εντοπίζεται σε καρκίνους. Η διάσπαση ή η νέκρωση των ιστών είναι ο θάνατος κυττάρων εκτός του φυσιολογικού κυτταρικού κύκλου. Η μόλυνση εμφανίζεται όταν τα κύτταρα μολύνονται από βακτήρια, ιούς σπόρων μυκήτων.
Οι λοιμώξεις είναι η πιο πιθανή μορφή μικροβιακής παθογένεσης, αν και οι φλεγμονές μπορεί να εμφανιστούν ως υποπροϊόν της λοίμωξης. Οποιαδήποτε τέτοια μόλυνση μπορεί να χωριστεί σε τρεις μεγάλες κατηγορίες. Μια οξεία λοίμωξη είναι σχετικά σύντομη, πεπερασμένη και με ταχεία έναρξη. Μια χρόνια λοίμωξη είναι μεγαλύτερης διάρκειας και είναι δύσκολο να αντιμετωπιστεί. Μια υποτροπιάζουσα λοίμωξη μπορεί να έχει ταχεία ή αργή έναρξη, αλλά θα εξαφανιστεί σαν να επουλώθηκε για να επανέλθει αργότερα.
Κάθε μόλυνση μέσω μικροβιακής παθογένεσης λαμβάνει χώρα σε τρία μεγάλα στάδια. Αυτά είναι η αρχική μόλυνση, η αναπαραγωγή και η συνέχεια του είδους. Τα δύο τελευταία είναι οι κύριοι λόγοι για οποιαδήποτε μόλυνση. Ο μικροοργανισμός απαιτεί έναν μεγαλύτερο οργανισμό όπως ο άνθρωπος για να πολλαπλασιαστεί και να εξαπλωθεί. Ο πολλαπλασιασμός ή η αναπαραγωγή λαμβάνει χώρα συχνά μέσα σε ένα κελί.
Ο στόχος για τον μικροοργανισμό μόλις αρχίσει να αναπαράγεται είναι να βγάλει εκδοχές του εαυτού του έξω από το σώμα πριν τον καταστρέψουν οι δυνάμεις αυτοάμυνας του σώματος. Το σώμα συνήθως ανταποκρίνεται χρησιμοποιώντας ένα μείγμα λευκών αιμοσφαιρίων, που ονομάζονται επίσης μακροφάγα, και αντισωμάτων. Ο μικροοργανισμός, επομένως, θα προσπαθήσει να βγει από το σώμα για να μολύνει κάποιον του οποίου το ανοσοποιητικό σύστημα δεν είναι ρυθμισμένο για να τον απωθεί αμέσως.
Αυτό σημαίνει ότι η αρχική φάση της μόλυνσης και η τελική φάση της μετάδοσης συνδέονται ανεξίτηλα — υπάρχουν τέσσερις κύριοι τρόποι μετάδοσης της μικροβιακής παθογένεσης από το ένα άτομο στο άλλο. Το πρώτο είναι μέσω αερολυμάτων όπως σταγονίδια νερού στον βήχα και το φτάρνισμα. Το δεύτερο είναι μέσω κατάποσης ή μέσω κοπράνων. Το τρίτο μεταδίδεται από φορείς, όπως μεταφέρεται από άλλα ζώα όπως τα κουνούπια και τα τσιμπούρια. Η τέταρτη κύρια οδός είναι μέσω της ανταλλαγής σωματικών υγρών κατά τη διάρκεια του σεξ, των μεταγγίσεων αίματος και του φιλιού.
Η επιτυχία της λοίμωξης εξαρτάται επίσης από πολλούς παράγοντες. Η φύση του μικροοργανισμού και ο τρόπος με τον οποίο αναπαράγεται είναι ένας παράγοντας. Ένα άλλο είναι η ανοσολογική κατάσταση του ατόμου που έχει μολυνθεί. Εάν το άτομο είχε επαφή με τον μικροοργανισμό στο παρελθόν, το πιθανότερο είναι ότι το σώμα θα είναι καλά προετοιμασμένο να τον απωθήσει.