Η μυδοκαλλιέργεια είναι μια μορφή υδατοκαλλιέργειας που περιλαμβάνει την εκτροφή και τη συγκομιδή αυτών των μαλακίων είτε σε φυσικά είτε σε ανθρωπογενή περιβάλλοντα. Τα θαλάσσια και τα είδη των μυδιών του γλυκού νερού εκτρέφονται και τα δύο, αν και συνήθως για διαφορετικούς σκοπούς. Τα μύδια που καλλιεργούνται ειδικά για τρόφιμα καλλιεργούνται κυρίως σε θαλάσσια περιβάλλοντα και τα είδη του γλυκού νερού χρησιμοποιούνται συνήθως για τη δημιουργία καλλιεργημένων μαργαριταριών. Σχεδόν το ήμισυ του συνόλου της καλλιέργειας μυδιών πραγματοποιείται στην Κίνα, η οποία είναι ο κορυφαίος παραγωγός μαργαριταριών γλυκού νερού στον κόσμο, αν και τα μύδια καλλιεργούνται επίσης εκτενώς για φαγητό στη Νέα Ζηλανδία και σε άλλες περιοχές. Η κύρια πηγή καλλιέργειας μυδιών στη Βόρεια Αμερική είναι το νησί του Πρίγκηπα Εδουάρδου του Καναδά, αλλά οι Ηνωμένες Πολιτείες καλλιεργούν επίσης αυτά τα μαλάκια στο Μέιν και στην πολιτεία της Ουάσιγκτον.
Υπάρχουν πολλά είδη δίθυρων μαλακίων που αναφέρονται ως μύδια, όλα τα οποία μπορούν να χαρακτηριστούν από επιμήκη κοχύλια που τείνουν να είναι λιγότερο συμμετρικά από άλλους τύπους μύδια. Τα κελύφη των μυδιών έχουν επίσης σκούρο χρώμα, και πολλά είδη μυδιών είναι μπλε, καφέ ή μαύρα. Δεν είναι όλα τα μύδια εύγευστα, αλλά αυτά που είναι μπορούν να εκτραφούν για ανθρώπινη κατανάλωση ως μορφή υδατοκαλλιέργειας. Όπως όλα τα μαλάκια, τα μύδια είναι επίσης ικανά να δημιουργούν μαργαριτάρια με την εναπόθεση ομόκεντρων στρωμάτων ανθρακικού ασβεστίου γύρω από ένα ξένο σώμα.
Όταν τα μύδια εκτρέφονται για φαγητό, συνήθως γίνεται σε θαλάσσιο περιβάλλον. Αυτοί οι τροφοδότες φίλτρων ζουν φυσικά σε παλιρροϊκές περιοχές, επομένως οι περισσότερες τοποθεσίες αγροκτημάτων βρίσκονται επίσης σε παλιρροϊκές ζώνες. Τα εκτρεφόμενα μύδια μπορούν να αναπτυχθούν σε σχοινιά που κρέμονται από σημαδούρες, αν και μια άλλη μέθοδος είναι η εγκατάσταση πυλώνων σε μια παλιρροϊκή ζώνη. Στη συνέχεια τυλίγονται σχοινιά γύρω από τους πυλώνες σε ένα σπειροειδές σχέδιο και τοποθετείται δίχτυ γύρω από τα σχοινιά. Τα σχοινιά παρέχουν ένα μέρος για να προσκολλώνται τα μύδια μέσω των νημάτων τους και τα δίχτυα τα εμποδίζουν να πέσουν ή να δεχθούν επίθεση από ορισμένους θηρευτές.
Η εκτροφή μυδιών γλυκού νερού μπορεί να πραγματοποιηθεί σε λίμνες ή τεχνητές δεξαμενές, όπου συνήθως χρησιμοποιούνται οι ίδιες μέθοδοι σχοινιού και σημαδούρας που απαντώνται στη θαλάσσια υδατοκαλλιέργεια. Αφού τα μύδια φτάσουν σε ένα ορισμένο μέγεθος, μπορούν να ανοίξουν απαλά και να εμφυτευθούν με μοσχεύματα ιστού. Για να μεγιστοποιηθεί η παραγωγή, συνήθως εισάγονται πολλά μοσχεύματα σε κάθε μύδι. Στη συνέχεια, τα μύδια επικαλύπτουν αυτά τα ξένα σώματα με ανθρακικό ασβέστιο, η οποία είναι μια διαδικασία που μπορεί να δημιουργήσει ένα μαργαριτάρι κατά τη διάρκεια αρκετών μηνών ή ετών, ανάλογα με το πόσο χρόνο μπορεί να αντέξει μια συγκεκριμένη επιχείρηση εκτροφής μυδιών για να επενδύσει. Τα μαργαριτάρια καλλιεργούνται επίσης στη θαλάσσια υδατοκαλλιέργεια, αν και αυτές οι διαδικασίες χρησιμοποιούν στρείδια αντί για μύδια.