Η στοματική μικροβιολογία είναι η μελέτη των βακτηρίων, των μυκήτων και των ιών που αποικίζουν το στόμα. Αυτή η μικροσκοπική ανθρώπινη χλωρίδα συχνά ζει στενά συσκευασμένη σε ζελατινώδεις μάζες γνωστές ως βιοφίλμ. Αν και συγκεκριμένα στελέχη βακτηρίων θεωρούνται παραδοσιακά υπεύθυνα για την παθολογία του στόματος, που προκαλούν ασθένειες των ούλων και τερηδόνα, η μικροβιολογία του στόματος είναι πολύπλοκη. Οι δράσεις και τα αποτελέσματα ενός μικροοργανισμού μπορούν να επηρεάσουν εκείνα ενός άλλου και ολόκληρη η αποικία σχηματίζει το δικό της μικρό οικοσύστημα μέσα στη στοματική κοιλότητα. Οι επιστήμονες συνεχίζουν να μαθαίνουν περισσότερα για τη σημασία των διαφορετικών τύπων μικροβίων που βρίσκονται στο υγιές και ανθυγιεινό στόμα.
Η μελέτη της στοματικής μικροβιολογίας γίνεται πιο δύσκολη επειδή πολλοί από τους μικροοργανισμούς που αποικίζουν το στόμα δεν θα αναπτυχθούν σε εργαστηριακές συνθήκες. Τον τελευταίο καιρό, η πρόοδος στον εντοπισμό βακτηρίων επέτρεψε τη συλλογή και την ταυτοποίηση μικροοργανισμών από το DNA τους. Αυτή η τεχνική έχει χρησιμοποιηθεί στο έργο του ανθρώπινου μικροβιώματος, το οποίο στοχεύει στη χαρτογράφηση όλων των βακτηρίων που κανονικά υπάρχουν στο σώμα. Έχει διαπιστωθεί ότι ο αριθμός των διαφορετικών μικροοργανισμών στο στόμα ανέρχεται σε περισσότερους από 700.
Οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ των διαφορετικών μικροοργανισμών μπορεί να σημαίνουν ότι ορισμένα μικρόβια παράγουν παράγοντες που αναστέλλουν ή προάγουν την ανάπτυξη άλλων. Το βακτήριο γνωστό ως S. mutans, το οποίο είναι γνωστό ότι παράγει οξύ που προκαλεί τερηδόνα, μπορεί να είναι λιγότερο απειλητικό για την υγεία εάν κατοικεί κοντά σε ένα διαφορετικό βακτήριο που παράγει μια αλκαλική ουσία. Αυτά τα βακτήρια που τείνουν να είναι οι πρώτοι αποικιστές του στόματος έχουν ειδικές ικανότητες που τους επιτρέπουν να κολλάνε στα δόντια και τα ούλα, ενώ οι μεταγενέστερες αφίξεις βασίζονται στην προσκόλληση στους πρώτους αποίκους.
Καθώς οι ερευνητές συνεχίζουν να μαθαίνουν περισσότερα για τη μικροβιολογία του στόματος, φαίνεται ότι η απλή αφαίρεση της πλάκας, η οποία είναι η ουσία που περιέχει μικροοργανισμούς, μπορεί να μην είναι η καλύτερη απάντηση στην ασθένεια των ούλων και των δοντιών. Η απομάκρυνση όλων των μικροβίων αφήνει ένα χώρο που μπορεί στη συνέχεια να αποικιστεί από περισσότερους επιβλαβείς μικροοργανισμούς. Αυτό θα μπορούσε να αντικαταστήσει ένα ισορροπημένο μείγμα βακτηρίων που μπορεί να μην αποτελούσαν απειλή για την υγεία, καθώς οι δυνητικά επιβλαβείς επιπτώσεις ορισμένων μικροβίων εξουδετερώθηκαν ή αναστέλλονταν από άλλα γύρω τους.
Ορισμένοι ερευνητές στοματικής μικροβιολογίας έχουν προτείνει ότι χρήσιμα βακτήρια θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για να αλλάξουν την ισορροπία των μικροβίων στο εσωτερικό του στόματος. Εάν μπορούσαν να εισαχθούν ζωντανά βακτήρια στη στοματική κοιλότητα, τα οποία θα ανέστειλαν την ανάπτυξη των μικροβίων που παράγουν οξύ και θα τα αντικαθιστούσαν ακίνδυνα, αυτό θα μπορούσε να βοηθήσει στη μείωση της οδοντικής τερηδόνας. Μια άλλη μέθοδος απομάκρυνσης επιβλαβών βακτηρίων θα περιλαμβάνει την επίθεση με αντιμικροβιακές ουσίες. Αυτά θα συνδέονται με μόρια που συνδέονται μόνο με τα επιβλαβή είδη.