Ο αποτεφρωτής ιατρικών αποβλήτων είναι ένας κλίβανος που φτάνει σε πολύ υψηλές θερμοκρασίες και χρησιμοποιείται για την καταστροφή των προϊόντων ιατρικών αποβλήτων. Αυτό μπορεί να περιλαμβάνει συσκευές και προμήθειες που χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία ασθενών καθώς και βιολογικά απόβλητα όπως αίμα ή ιστός. Υπάρχουν γενικά αυστηρές οδηγίες που υπαγορεύουν ποια αντικείμενα πρέπει να καούν και ποια μπορούν να περιέχονται σε έναν χώρο απόρριψης. Ορισμένοι αποτεφρωτήρες βρίσκονται σε εγκαταστάσεις νοσοκομείων ή ιατρικών κέντρων, ενώ άλλοι βρίσκονται σε ξεχωριστές τοποθεσίες.
Όταν βρίσκεται σε ένα ιατρικό κέντρο, ο αποτεφρωτής ιατρικών απορριμμάτων συχνά τοποθετείται κάπου στο υπόγειο ή στον κάτω όροφο του κτιρίου. Το κύριο όφελος από τη χρήση ενός αποτεφρωτήρα για την εξάλειψη των υποπροϊόντων ιατρικής θεραπείας είναι ότι η θερμότητα σκοτώνει κάθε δυνητικά επιβλαβή και μολυσματική ασθένεια που μπορεί να υπάρχει σε τέτοια απόβλητα. Αυτό μετατρέπει τα άχρηστα υλικά σε τέφρα, η οποία είναι πλήρως απολυμασμένη και ασφαλής για απομάκρυνση εάν χρειαστεί.
Όταν η χρήση ενός αποτεφρωτή ιατρικών απορριμμάτων πραγματοποιείται εκτός ιατρικής εγκατάστασης, πρέπει να λαμβάνεται ιδιαίτερη μέριμνα για την πρόληψη της εξάπλωσης ασθένειας κατά τη μεταφορά. Τα απόβλητα τοποθετούνται γενικά σε χοντρές σακούλες βιολογικού κινδύνου και σφραγίζονται αεροστεγώς για την αποφυγή διαρροών. Τα απόβλητα συχνά επισημαίνονται έτσι ώστε οι εργολάβοι αργότερα να γνωρίζουν ακριβώς τι έχουν να κάνουν. Υπάρχουν εξειδικευμένοι επαγγελματίες που μαζεύουν τα απορρίμματα και τα μεταφέρουν στον αποτεφρωτήρα. Αυτά τα άτομα είναι γενικά ειδικά εκπαιδευμένα για να χειρίζονται τέτοια απόβλητα χωρίς να μεταδίδουν ασθένειες.
Τα νοσοκομεία ζώων και τα ιατρικά κέντρα πρέπει επίσης να χρησιμοποιούν αποτεφρωτή ιατρικών απορριμμάτων, επειδή πολλές ασθένειες που μολύνουν κατοικίδια και άλλα ζώα μπορούν να μολύνουν τον άνθρωπο είτε άμεσα είτε έμμεσα. Πολλά κτηνιατρικά νοσοκομεία τα διαθέτουν επί τόπου, αν και μερικές φορές αποτεφρωτήρες κατοικίδιων ζώων βρίσκονται σε ρείθρα και άλλες παρόμοιες τοποθεσίες. Αυτές οι τοποθεσίες μπορεί να αποτεφρώσουν τα απόβλητα, αλλά και ολόκληρα κατοικίδια για σκοπούς αποτέφρωσης. Οι ιδιοκτήτες μπορούν στη συνέχεια να αποθηκεύσουν τη στάχτη σε μια τεφροδόχο, όπως και στη διαδικασία αποτέφρωσης των ανθρώπων.
Η αποτυχία σωστής απόρριψης ή καταστροφής ιατρικών απορριμμάτων μπορεί να είναι επιζήμια για τη δημόσια υγεία. Το αίμα, ο ιστός, οι βελόνες, τα λερωμένα υλικά και άλλα αντικείμενα μπορούν εύκολα να καταλήξουν στο έδαφος ή στο νερό και να μολύνουν τις γύρω περιοχές. Τα απόβλητα, πριν από την επιβολή των αυστηρών νόμων για τη διάθεσή τους, ήταν γνωστό ότι ξεβράζονται σε παραλίες και άλλες τοποθεσίες όπου η παρουσία τους θα μπορούσε να είναι απειλή για την άγρια ζωή και τον άνθρωπο.