Οι ναυτικές σημαίες είναι ειδικά σχεδιασμένες σημαίες σε ευδιάκριτα χρώματα που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για σήμα από πλοίο σε πλοίο ή πλοίο σε ακτή. Εκτός από έναν διεθνώς αναγνωρισμένο κωδικό σηματοδότησης, πολλά έθνη έχουν συγκεκριμένες δικές τους ναυτικές σημαίες, αλλά τα πλοία είναι σε θέση να επικοινωνούν μέσω του διεθνούς κώδικα με πλοία από άλλα έθνη. Αυτές οι επικοινωνίες χρησιμοποιούνται για την ανταλλαγή πληροφοριών όπως ειδήσεις, πληροφορίες σχετικά με κινδύνους ή αιτήματα για βοήθεια. Οι ναυτικές σημαίες είναι επίσης γνωστές ως σημαίες σηματοδότησης, λόγω της χρήσης τους σε πληροφορίες σηματοδότησης.
Εκτός από τη χρήση για επικοινωνίες, οι ναυτικές σημαίες χρησιμοποιούνται επίσης για να ντύνουν το πλοίο για ειδικές περιστάσεις. Συνήθως, οι σημαίες είναι αναρτημένες σε ένα μοτίβο που γράφει ένα μήνυμα, για όσους μπορούν να το διαβάσουν. Ορισμένα πλοία χρησιμοποιούν επίσης σηματοδότηση σηματοφόρου για επικοινωνίες. Οι σηματοφόροι λειτουργούν πολύ διαφορετικά από τις ναυτικές σημαίες. Στο σημαφόρο, ένα μήνυμα γράφεται με σημαίες που κρατούνται σε συγκεκριμένες θέσεις σε σχέση με ένα ανθρώπινο σώμα.
Για να αυξηθεί η ορατότητα, οι ναυτικές σημαίες κατασκευάζονται σε κόκκινο, μπλε, κίτρινο, μαύρο ή λευκό, επειδή αυτά τα χρώματα φαίνονται καθαρά και διακρίνονται. Τα χρώματα που μπορεί να προκαλούν σύγχυση μεταξύ τους, όπως το μπλε και το μαύρο, δεν θα εμφανίζονται στην ίδια σημαία. Τα έντονα μοτίβα μπλοκ σε συνδυασμό με την υψηλή χρωματική ορατότητα κάνουν τις ναυτικές σημαίες εύκολα ορατές, ακόμη και σε μεγάλη απόσταση.
Ένα σύνολο ναυτικών σημαιών περιλαμβάνει 26 σημαίες που αντιπροσωπεύουν τα 26 γράμματα του ρωμαϊκού αλφαβήτου, μαζί με 10 αριθμούς, μία σημαία απάντησης και τρεις σημαίες αντικατάστασης ή επαναλήπτες. Μία σημαία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να σηματοδοτήσει ένα επείγον ή βασικό μήνυμα, δύο σημαίες χρησιμοποιούνται για την επικοινωνία σχετικά με τη ναυσιπλοΐα ή την κατάσταση κινδύνου, τρεις μπορούν να υποδείξουν σημεία σε μια πυξίδα μαζί με βασικές, σύντομες λέξεις και τέσσερις χρησιμοποιούνται για να υποδείξουν το όνομα ενός πλοίου, τα ρουλεμάν του, ή να σηματοδοτούν πληροφορίες σχετικά με τη γεωγραφία. Για τους δείκτες χρόνου και θέσης, χρησιμοποιούνται πέντε σημαίες, ενώ έξι μπορούν να υποδείξουν κατεύθυνση, γεωγραφικό πλάτος και γεωγραφικό μήκος. Εάν το γεωγραφικό μήκος είναι πάνω από 100 μοίρες, χρησιμοποιούνται επτά σημαίες.
Εκτός από την ορθογραφία των γραμμάτων του αλφαβήτου, οι 26 τετράγωνες σημαίες αλφαβήτου περιέχουν επίσης στενογραφικά μηνύματα. Για παράδειγμα, το γράμμα G/Golf hang μόνο δείχνει ότι το πλοίο θέλει πιλότο, ενώ το F/Foxtrot σημαίνει ότι το πλοίο είναι απενεργοποιημένο και το Z/Zulu σημαίνει ότι χρειάζεται ρυμουλκό. Η σημαία απάντηση χρησιμοποιείται για να υποδείξει ότι ένα μήνυμα ελήφθη ή έγινε κατανοητό, καθώς και ως υποδιαστολή, και οι σημαίες επαναλήπτη χρησιμοποιούνται ως υποκατάστατα, ζητώντας από τον αναγνώστη, για παράδειγμα, να διαβάσει την τρίτη σημαία στο σήμα στη θέση του σημαία επαναλήπτη. Υπάρχει επίσης ένας αριθμός κωδικών δύο γραμμάτων, όπως PP, για διατήρηση καθαρού, και CD, που υποδηλώνουν την ανάγκη για άμεση βοήθεια.