Τα αντισώματα Western blot είναι μεγάλες πρωτεΐνες σχήματος Υ ή ανοσοσφαιρίνες, που παράγονται για χρήση στην ανοσοδοκιμασία Western blot, μια δοκιμή για την ανίχνευση μιας σχετικής πρωτεΐνης σε μια καλλιέργεια ιστού. Πολλές εταιρείες ειδικεύονται στην παραγωγή και παροχή αντισωμάτων σε εργαστήρια που χρησιμοποιούν τη μέθοδο Western blot. Υπάρχουν δύο τύποι αντισωμάτων Western blot που μπορούν να παραχθούν στο εργαστήριο: μονοκλωνικά και διακλωνικά. Η μέθοδος και ο τύπος του παραγόμενου αντισώματος εξαρτώνται από το πώς το αντίσωμα αναπαράγεται φυσικά μέσα στο σώμα του ξενιστή. Κατά τη διάρκεια της δοκιμής Western blot, μια διαδικασία που ονομάζεται ηλεκτροφόρηση γέλης χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό πρωτεϊνών που είναι εγγενείς στο δείγμα ιστού από στοχευμένα αντισώματα Western blot, οδηγώντας σε θετική ταυτοποίηση.
Σχεδόν οποιαδήποτε ουσία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την παραγωγή ενός μονοκλωνικού αντισώματος που θα συνδεθεί με τη σχετική πρωτεΐνη σε μια καλλιέργεια Western blot. Τα πολυκλωνικά αντισώματα παράγονται με τον ίδιο σχεδόν τρόπο, αλλά η διαδικασία είναι πιο περίπλοκη στο ότι τα αντισώματα πρέπει να συλλέγονται από πόρους ανοσοκυττάρων Β αντί απλώς να κλωνοποιούνται από ένα γονικό κύτταρο. Η αυξανόμενη τεχνολογία παραγωγής ανοσοσφαιρίνης από ποικίλες ουσίες θεωρείται ένα ανεκτίμητο εργαλείο στη βιοχημεία, τη μοριακή βιολογία και την ιατρική. Η ανάλυση Western blot μπορεί να ανιχνεύσει τις πρωτεΐνες που σχετίζονται με τον HIV, τη νόσο του Lyme και τη νόσο Creutzfeldt-Jakob—Νόσος της Τρελής Αγελάδας—, γεγονός που οδηγεί στο να μπορούν οι γιατροί να κάνουν μια οριστική διάγνωση νωρίτερα κατά την εξέλιξη της νόσου. Εκτός από αυτές τις εφαρμογές, η ιατροδικαστική επιστήμη μπορεί επίσης να χρησιμοποιήσει την τεχνολογία αντισωμάτων Western blot για την αναγνώριση δειγμάτων αίματος ή άλλης ουσίας σε έναν τόπο εγκλήματος.
Ανεξάρτητα από την εφαρμογή της, η διαδικασία ταυτοποίησης μιας στοχευμένης πρωτεΐνης σε ένα δείγμα ιστού ξεκινά με την αναπαραγωγή μιας ποσότητας του αντισώματος από μια γνωστή πηγή. Τα μονοκλωνικά αντισώματα μπορούν να παραχθούν από υπάρχουσα καλλιέργεια, αλλά η διαδικασία παραγωγής πολυκλωνικών αντισωμάτων είναι σημαντικά πιο χρονοβόρα. Η διαδικασία τυπικά περιλαμβάνει την έγχυση ενός ζώου-ξενιστή, όπως ένα ποντίκι ή μια κατσίκα, είτε με ανενεργό είτε με ζωντανό σωματίδιο, οπότε τα Β-λεμφοκύτταρα του ζώου παράγουν ανοσοσφαιρίνες που είναι ειδικές για το αντιγόνο. Στη συνέχεια, απορρυπαντικά και ρυθμιστικά διαλύματα προστίθενται στο δείγμα που θα αποτρέψουν την πέψη των ανοσοσφαιρινών από οποιαδήποτε φυσικά ένζυμα, και η ηλεκτροφόρηση γέλης χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό των πρωτεϊνών κατά μοριακό βάρος ή ισοηλεκτρικό φορτίο. Τα αντισώματα Western blot είναι τώρα έτοιμα να υποβληθούν στη διαδικασία «blotting», που είναι η μεταφορά των αντισωμάτων σε μια μεμβράνη, ενώ λαμβάνουν υπόψη τα συγκεκριμένα μοτίβα στυπώματος που παράγονται κατά τη μεταφορά που είναι μοναδικά για την πρωτεΐνη που αναγνωρίζεται.