Τα παθογόνα βακτήρια είναι βακτήρια που είναι ικανά να προκαλέσουν ασθένειες. Οι άνθρωποι γενικά ενδιαφέρονται περισσότερο για τα είδη βακτηρίων που μπορούν να προκαλέσουν ασθένειες στον άνθρωπο, αν και αυτά τα βακτήρια μπορούν επίσης να μολύνουν άλλα ζώα και φυτά. Μερικά αξιοσημείωτα παθογόνα βακτήρια περιλαμβάνουν τον στρεπτόκοκκο, τον σταφυλόκοκκο, τη φυματίωση και την Escherichia coli, μεταξύ πολλών άλλων. Σε όλο τον κόσμο, αυτά τα βακτήρια ευθύνονται για πολλές ασθένειες και επιδημίες ασθενειών.
Τα ενδοκυτταρικά βακτήρια είναι παθογόνα βακτήρια που προκαλούν πάντα ασθένειες όταν εισέρχονται στο ανθρώπινο σώμα, σε αντίθεση με τα υπό όρους βακτήρια, τα οποία μπορούν να προκαλέσουν λοιμώξεις και ασθένειες σε ορισμένες περιπτώσεις. Πολλά βακτήρια είναι υπό όρους, εκμεταλλευόμενοι το περιστατικό σαν μια ανοιχτή πληγή για να διπλασιαστούν και να εξαπλώσουν ασθένεια. Τα ευκαιριακά βακτήρια είναι βακτήρια που κανονικά δεν προκαλούν ασθένεια, αλλά θα το κάνουν εάν ένας ασθενής έχει υποβαθμισμένο ανοσοποιητικό σύστημα.
Πολλοί άνθρωποι πραγματικά φιλοξενούν μεγάλο αριθμό βακτηρίων ανά πάσα στιγμή. Αυτά τα βακτήρια είναι γνωστά ως κοινά ή «καλά» βακτήρια, επειδή εκτελούν ορισμένες ζωτικές και χρήσιμες λειτουργίες στο ανθρώπινο σώμα. Τα κοινά βακτήρια στο έντερο, για παράδειγμα, βοηθούν στη διάσπαση και την πέψη των τροφών.
Τα παθογόνα βακτήρια μπορούν να εξαπλωθούν μέσω ενός ανθρώπινου πληθυσμού με διάφορους τρόπους. Ο αέρας, το νερό και το έδαφος είναι όλοι κοινοί φορείς και οι άνθρωποι μπορούν επίσης να περάσουν βακτήρια απευθείας ο ένας στον άλλο μέσω σωματικής επαφής. Μερικά βακτήρια είναι πολύ ικανά να αποικίζουν τοποθεσίες όπως πόμολα πόρτας και ιατρικός εξοπλισμός, επιτρέποντάς τους να μετακινούνται από άτομο σε άτομο με ευκολία, ενώ άλλα είναι πολύ λιγότερο λοιμώδη και θα πεθάνουν εάν βρίσκονται μακριά από έναν άνθρωπο για πολύ καιρό.
Η φυματίωση είναι ένας από τους κορυφαίους θανάτους παγκοσμίως, καθιστώντας την ένα παθογόνο βακτήριο με ιδιαίτερο ενδιαφέρον. Τα παθογόνα βακτήρια είναι επίσης υπεύθυνα για εντερικά προβλήματα όπως η χρόνια διάρροια και μπορούν να προκαλέσουν λοιμώξεις σε πολλά μέρη του σώματος. Μερικά είναι θανατηφόρα, όπως το βακτήριο Legionella, ενώ άλλα είναι σχετικά καλοήθη, ειδικά εάν είναι δυνατή η πρόσβαση στη θεραπεία. Ένα από τα μεγαλύτερα προβλήματα στον αναπτυσσόμενο κόσμο είναι ο πολλαπλασιασμός θεραπεύσιμων βακτηριακών λοιμώξεων που διατρέχουν ανεξέλεγκτα τους πληθυσμούς λόγω της έλλειψης πρόσβασης σε φάρμακα και ιατρική θεραπεία.
Η θεραπεία μιας λοίμωξης από ένα παθογόνο βακτήριο περιλαμβάνει τη χρήση αντιβιοτικών, φαρμάκων που έχουν σχεδιαστεί ειδικά για να σκοτώνουν τα βακτήρια. Ορισμένα βακτήρια έχουν αναπτύξει ανθεκτικότητα στα αντιβιοτικά, πράγμα που σημαίνει ότι μπορεί να μην ανταποκρίνονται σε πολλά κοινά αντιβιοτικά. Αυτό αναγκάζει τις φαρμακευτικές εταιρείες να ερευνήσουν νέα αντιβιοτικά, ώστε να μπορούν να παραμείνουν μπροστά από τις βακτηριακές μεταλλάξεις.