Τι είναι το Chromosome Walking;

Η βάδιση χρωμοσωμάτων είναι μια μέθοδος κλωνοποίησης θέσης που χρησιμοποιείται για την εύρεση, την απομόνωση και την κλωνοποίηση ενός συγκεκριμένου αλληλόμορφου σε μια βιβλιοθήκη γονιδίων. Ένα αλληλόμορφο είναι ένα γονίδιο για ένα συγκεκριμένο γενετικό χαρακτηριστικό που μεταδίδεται από τους ενήλικες στους απογόνους τους, όπως το αλληλόμορφο για τα καστανά μάτια σε ένα γονίδιο για το χρώμα των ματιών. Μερικές φορές, η κατά προσέγγιση θέση ενός μόνο αλληλόμορφου σε μια σειρά δεοξυριβονουκλεϊκού οξέος (DNA) μπορεί να είναι γνωστή. Για να απομονωθεί ένα συγκεκριμένο αλληλόμορφο για μια γενετικά μεταδιδόμενη ασθένεια, το χρωμοσωμικό περπάτημα μπορεί να χρειαστεί να εξερευνήσει το επιθυμητό δείγμα σε μια μη χαρτογραφημένη αλληλουχία DNA εκτός των προηγουμένως χαρτογραφημένων αλληλουχιών.

Για να εντοπιστεί ένα συγκεκριμένο γονίδιο ασθένειας, το περπάτημα ξεκινά από το πλησιέστερο γονίδιο που έχει ήδη αναγνωριστεί, γνωστό ως γονίδιο δείκτη. Κάθε διαδοχικό γονίδιο στην αλληλουχία ελέγχεται επανειλημμένα για όσα είναι γνωστά ως περιορισμοί επικάλυψης και χαρτογραφείται για την ακριβή θέση τους στην αλληλουχία. Τελικά, περπατώντας μέσα από τα γονίδια φτάνει στο μεταλλαγμένο γονίδιο σε μια μη χαρτογραφημένη αλληλουχία που συνδέεται με ένα θραύσμα ενός γονιδίου της συγκεκριμένης ασθένειας. Μόλις το γονίδιο κλωνοποιηθεί, η λειτουργία του μπορεί να εντοπιστεί πλήρως. Σε όλη αυτή τη διαδικασία, γίνονται δοκιμές για την πλήρη αναγνώριση των ιδιοτήτων κάθε διαδοχικού κλώνου, για τη χαρτογράφηση των τοποθεσιών τους για μελλοντική χρήση.

Υπάρχουν σχεδόν μισή ντουζίνα δοκιμές κλωνοποίησης θέσης που γίνονται πριν από έναν περίπατο χρωμοσωμάτων, για να περιορίσουν όσο το δυνατόν περισσότερο τις συγκεκριμένες γενετικές αλληλουχίες που μπορεί να περιέχουν το επιθυμητό μεταλλαγμένο γονίδιο για μια ασθένεια. Μόλις βρεθούν οι δείκτες και στις δύο πλευρές μιας μη χαρτογραφημένης πιθανής ακολουθίας, η πορεία του χρωμοσώματος μπορεί να ξεκινήσει από έναν από τους δείκτες. Η δοκιμή σε κάθε διαδοχικό κλώνο είναι πολύπλοκη, χρονοβόρα και ποικίλλει ανά είδος. Υπάρχουν διαφορετικές δοκιμές για γονίδια που σχετίζονται με φυτικές ασθένειες από ό,τι για γονίδια που εμπλέκονται σε μια βιβλιοθήκη ανθρώπινων γονιδίων.

Η κλωνοποίηση θέσης χρησιμοποιεί γενετικούς δείκτες που είναι γνωστό ότι κατοικούν στα χρωμοσώματα ατόμων που έχουν συγκεκριμένες ασθένειες. Αυτές οι βάσεις δεδομένων γνωστών κοινών χαρακτηριστικών επιτρέπουν δοκιμές που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό ατόμων που μπορεί να έχουν ή να μην έχουν ορισμένα υπολειπόμενα γονίδια για μια ασθένεια που δεν έχει παρουσιαστεί ακόμη. Το περπάτημα χρωμοσωμάτων, μαζί με όλες τις άλλες δοκιμές που γίνονται πριν από το περπάτημα των χρωμοσωμάτων, απαιτεί εξαιρετικά καλά εξοπλισμένα εργαστήρια εντός των οποίων να εκτελούνται όλες οι φάσεις κλωνοποίησης, οι εξετάσεις και η ανάλυση των μεταλλάξεων που βρέθηκαν.