Τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα (ΓΤ) έχουν προκαλέσει διαμάχες μεταξύ επιστημόνων, περιβαλλοντολόγων και οικονομικών ακτιβιστών. Τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα καλλιεργούνται από φυτά των οποίων τα γονίδια έχουν κατασκευαστεί για να αλλάξουν τη χημεία ή τη βιολογία τους για αντοχή στην ξηρασία, την προσβολή από έντομα, τις ασθένειες και να κάνουν τα τρόφιμα που προκύπτουν πλούσια σε βιταμίνες και μέταλλα, μεγαλύτερα, πιο νόστιμα ή έχουν μεγαλύτερη διάρκεια ζωής.
Η βιοτεχνολογία των γενετικά τροποποιημένων τροφίμων είναι αμφιλεγόμενη για τους αντιπάλους που φοβούνται τις επιπτώσεις στην ανθρώπινη υγεία και το περιβάλλον. Για παράδειγμα, αναρωτιούνται τι σημαίνει να χρησιμοποιούνται γονίδια από ένα μη βρώσιμο ζώο ή φυτικό είδος σε ένα βρώσιμο ζώο ή φυτικό είδος, ακόμα κι αν αυτό το προκύπτον φαγητό έχει υψηλότερες ποσότητες βιταμινών ή μετάλλων και φαίνεται πιο υγιεινό. Αυτή είναι η κύρια διαφορά μεταξύ των γενετικά τροποποιημένων καλλιεργειών τροφίμων και των καλλιεργειών που έχουν εκτραφεί επιλεκτικά, όπως καλαμπόκι ή βοοειδή, για γεύση, ανθεκτικότητα ή ευκολία συντήρησης. Για παράδειγμα, μια χημική ουσία σε ορισμένα ψάρια που τους επιτρέπει να βουτήξουν βαθιά σε κρύο νερό τώρα βοηθά τα φυτά της φράουλας να αντέχουν τους ήπιους παγετούς. Η σημασία ή οι μακροπρόθεσμες επιπτώσεις της βιομηχανικής δεν έχουν αξιολογηθεί πλήρως, αν και μέχρι στιγμής δεν έχουν εντοπιστεί κίνδυνοι.
Δεύτερον, η καλλιέργεια γενετικά τροποποιημένων τροφίμων είναι αμφιλεγόμενη για τους γεωργούς που ανησυχούν ότι οι καλλιεργητές δεν μπορούν να κρατήσουν τη γύρη από διαγονιδιακά φυτά που παράγουν γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα από τη διάδοση και τη λίπανση άγριων ή μη διαγονιδιακών ομολόγων. Αυτοί οι αντίπαλοι εφιστούν την προσοχή στη ζημιά που θα μπορούσε να προκληθεί εάν στελέχη γενετικά τροποποιημένων ειδών διαρρεύσουν στη φύση και θέσουν σε κίνδυνο τη φυσική ισορροπία του φυτικού οικοσυστήματος. Τα υβριδικά είδη δεν θα άντεχαν πλέον ένα συγκεκριμένο είδος προσβολής επειδή είχαν κατασκευαστεί χωρίς δηλητήριο; Θα μπορούσαν να γίνουν ανίκανα για αναπαραγωγή; Οι βιομηχανικοί υποστηρίζουν ότι η διασταυρούμενη επικονίαση αποτελεί αμελητέο κίνδυνο επειδή η γύρη πρέπει να διανύσει μεγάλη απόσταση πάνω από «τάφρους» που κατασκευάζονται μεταξύ γενετικά τροποποιημένων καλλιεργειών και άλλων ειδών, και δεν έχουν συμβεί τέτοιες διαρροές.
Οι διεθνείς οικονομικές ανησυχίες έχουν προκαλέσει αμφιλεγόμενες αντιδράσεις μεταξύ των υποστηρικτών των οικονομιών των αναπτυσσόμενων χωρών. Όταν μια μεγάλη εταιρεία μπορεί να χειριστεί τις καλλιέργειες τροφίμων με ένα μεγάλο τμήμα έρευνας και ανάπτυξης, εξασφαλίζει φανταστικά επιτυχημένα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα. Κάποιοι λένε ότι αυτό τους δίνει ένα αθέμιτο πλεονέκτημα έναντι των παραδοσιακών μεθόδων καλλιέργειας των αγροτών, που με τη σειρά του δημιουργεί μια μακροπρόθεσμη εξάρτηση από την εταιρεία. Για παράδειγμα, μια εταιρεία κατασκεύασε το ρύζι με περισσότερες βιταμίνες, μεγαλύτερη ανθεκτικότητα και ευκολία ανάπτυξης. Πουλάνε σπόρους που δεν θα αυτοπολλαπλασιαστούν επειδή τα φυτά ήταν άγονα, πράγμα που σημαίνει ότι οι αγρότες πρέπει να αγοράζουν σπόρους κάθε εποχή. Ορισμένοι πιστεύουν ότι αυτό δημιουργεί μια περιττή εξάρτηση των αναπτυσσόμενων χωρών από μερικές γιγάντιες εταιρείες να παρέχουν όλους τους σπόρους και τα ζιζανιοκτόνα κάθε χρόνο για να καρπωθούν τα οφέλη των γενετικά τροποποιημένων τροφίμων. Άλλοι το βλέπουν ως φυσική επέκταση ενός διεθνούς καπιταλιστικού συστήματος που χρειάζεται προσεκτική ρύθμιση αλλά δεν έχει εγγενή προβλήματα.