Τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα παρασκευάζονται από φυτά ή ζώα στα οποία έχει αλλάξει το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (DNA) με τρόπο που δεν συμβαίνει φυσικά. Συχνά, μεμονωμένα γονίδια μεταφέρονται από έναν οργανισμό στον άλλο, ακόμη και όταν οι οργανισμοί δεν σχετίζονται. Οι επιστήμονες χειραγωγούν τα γονίδια για να δημιουργήσουν δύο είδη γενετικά τροποποιημένων τροφίμων: αυτά που δίνουν πλεονέκτημα στον παραγωγό και εκείνα που δίνουν πλεονέκτημα στον καταναλωτή. Χαρακτηριστικά που ωφελούν τον παραγωγό είναι η αντοχή στα έντομα, η αντίσταση στους ιούς, η αυξημένη απόδοση ή ο μειωμένος χρόνος που απαιτείται για την ωρίμανση. Τα τρόφιμα μπορούν να τροποποιηθούν για να γίνουν πιο ελκυστικά για τους πελάτες, κάνοντάς τα να παραμείνουν φρέσκα περισσότερο ή να έχουν μεγαλύτερη θρεπτική ή φαρμακευτική αξία.
Μια κοινή τροποποίηση που γίνεται στα φυτά είναι να τους δοθεί η ικανότητα να ανέχονται ένα ζιζανιοκτόνο που σκοτώνει οποιοδήποτε άλλο φυτό. Αυτό επιτρέπει στη γενετικά τροποποιημένη καλλιέργεια να αναπτυχθεί χωρίς να χρειάζεται να ανταγωνίζεται για χώρο, θρεπτικά συστατικά ή φως. Αυτή η τροποποίηση γίνεται συνήθως στη σόγια και την κανόλα. Το ανθεκτικό στα ζιζανιοκτόνα γονίδιο αφαιρείται από τα βακτήρια και προστίθεται στη γενετικά τροποποιημένη καλλιέργεια.
Μια άλλη κοινή αλλαγή είναι η μηχανική των καλλιεργειών ώστε να εκπέμπουν τοξίνες που σκοτώνουν τα παράσιτα. Το γλυκό καλαμπόκι είναι ένα τρόφιμο που κατασκευάζεται συνήθως με αυτόν τον τρόπο, πράγμα που σημαίνει ότι οι αγρότες δεν χρειάζεται να ψεκάζουν το γλυκό καλαμπόκι τους με εντομοκτόνα, καθώς το καλαμπόκι ανθίσταται στα έντομα λόγω των δανεικών γονιδίων του. Αυτή η γενετικά τροποποιημένη τροφή ονομάζεται καλαμπόκι Bt, επειδή το γονίδιο που σκοτώνει τα παράσιτα προέρχεται από το βακτήριο Bacillus thuringiensis. Οι πατάτες είναι ένα άλλο παράδειγμα γενετικά τροποποιημένων τροφίμων που παράγουν εντομοκτόνο.
Άλλα τρόφιμα έχουν τροποποιηθεί γενετικά προκειμένου να είναι πιο ελκυστικά στους καταναλωτές. Οι φράουλες, οι γλυκές πιπεριές, οι μπανάνες, οι ανανάδες και οι ντομάτες έχουν τροποποιηθεί για να παραμείνουν φρέσκες περισσότερο. Οι επιστήμονες έχουν επίσης εργαστεί στη μηχανική γενετικά τροποποιημένων τροφίμων για να τα κάνουν πιο θρεπτικά. Το χρυσό ρύζι είναι ένα παράδειγμα αυτού — το ρύζι έχει τροποποιηθεί για να προσθέσει βιταμίνη Α. Οι επιστήμονες έχουν εργαστεί για να παράγουν τρόφιμα που όχι μόνο έχουν πρόσθετη θρεπτική αξία αλλά έχουν και φαρμακευτική αξία, όπως οι εμβολιασμοί.
Η έννοια των γενετικά τροποποιημένων ζώων έχει συναντήσει μεγαλύτερη αντίσταση από αυτή των γενετικά τροποποιημένων φυτών. Πολλές χώρες έχουν εγκρίνει την παραγωγή και πώληση γενετικά τροποποιημένων φυτών, ενώ απαιτούν περισσότερη έρευνα σχετικά με τα γενετικά τροποποιημένα ζώα. Ένα γενετικά τροποποιημένο ζώο που έχει εξεταστεί για έγκριση στις Ηνωμένες Πολιτείες είναι ο γενετικά τροποποιημένος σολομός. Αυτοί οι σολομοί έχουν ένα επιπλέον γονίδιο αυξητικής ορμόνης, που τους επιτρέπει να αναπτύσσονται δύο φορές πιο γρήγορα από τον μη τροποποιημένο σολομό.
Τα σκληρά τυριά είναι ένα άλλο είδος τροφής που συνήθως χρησιμοποιεί γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς στην παραγωγή. Το τυρί παρασκευάζεται παραδοσιακά με πυτιά, ένα εκχύλισμα από το στομάχι αγελάδων. Τα ένζυμα που χρησιμοποιούνται για την παρασκευή τυριού μπορούν να παραχθούν από γενετικά τροποποιημένους μικροοργανισμούς. Στις βιομηχανικές χώρες, τα περισσότερα σκληρά τυριά χρησιμοποιούν ένζυμα από αυτούς τους γενετικά τροποποιημένους μικροοργανισμούς.