Το κόστος της αιθανόλης μπορεί να καθοριστεί αναλύοντας τα προϊόντα και τις υπηρεσίες που χρησιμοποιούνται για την κατασκευή αυτού του εναλλακτικού καυσίμου. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η δημιουργία αιθανόλης ποιότητας καυσίμου απαιτεί πηγή αμύλου, εγκαταστάσεις παραγωγής και πρόσθετα για τη μετατροπή του αμύλου σε ζάχαρη και την αφαίρεση του νερού από την αιθανόλη. Άλλοι παράγοντες που συμβάλλουν στο κόστος της αιθανόλης μπορεί να περιλαμβάνουν τη μεταφορά καυσίμων και τη συντήρηση της εγκατάστασης παραγωγής αιθανόλης.
Η πιο κοινή πηγή αμύλου που χρησιμοποιείται για την παραγωγή αιθανόλης είναι το καλαμπόκι. Το καλαμπόκι μπορεί να καλλιεργηθεί με μοναδικό σκοπό την παραγωγή αιθανόλης ή τόσο για αιθανόλη όσο και για ανθρώπινη κατανάλωση. Δεν υπάρχει διαφορά μεταξύ του καλαμποκιού ποιότητας αιθανόλης και του καλαμποκιού που έχει εγκριθεί για χρήση ως πηγή τροφής. Το κόστος της αιθανόλης θα ποικίλλει ανάλογα με την τρέχουσα τιμή αγοράς του καλαμποκιού ή οποιαδήποτε άλλη μορφή αμύλου χρησιμοποιείται για την παραγωγή καυσίμου αιθανόλης.
Οι εγκαταστάσεις παραγωγής απαιτούνται για τη μετατροπή του αμύλου, από καλαμπόκι ή άλλη πηγή, σε αιθανόλη. Αυτές οι εγκαταστάσεις μπορούν να εξοπλιστούν με αποστακτήρια, δοχεία ζύμωσης και δοχεία που χρησιμοποιούνται για ανάμειξη. Η επιθυμητή απόδοση ενός τέτοιου βιοδιυλιστηρίου μπορεί να επηρεάσει το μέγεθος του εξοπλισμού που χρησιμοποιείται για την παραγωγή αιθανόλης. Αυτοί οι παράγοντες πρέπει να λαμβάνονται υπόψη κατά τον προσδιορισμό του κόστους αιθανόλης.
Για να μετατραπούν τα άμυλα που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή αιθανόλης σε καθαρή αλκοόλη, χρειάζονται ένζυμα και πρόσθετα. Από το 2005, ένα από τα νεότερα ένζυμα που χρησιμοποιήθηκαν για τη μετατροπή του αμύλου αραβοσίτου σε ζάχαρη ήταν το ένζυμο άλφα-αμυλάση. Άλλα πρόσθετα που χρειάζονται μπορεί να περιλαμβάνουν μικροοργανισμούς για τη μετατροπή της ζάχαρης σε αλκοόλη καθώς και απορροφητικά υλικά για την απομάκρυνση του νερού από την αιθανόλη στο τέλος της παραγωγής. Όλα αυτά τα υλικά μπορεί να συμβάλλουν στο συνολικό κόστος της αιθανόλης.
Μόλις παραχθεί η αιθανόλη, το βιοκαύσιμο μπορεί να χρειαστεί να μεταφερθεί σε μια εγκατάσταση αποθήκευσης ή σε μια εγκατάσταση που χρησιμοποιείται για την ανάμειξη της αιθανόλης με την παραδοσιακή βενζίνη. Πολλές πόλεις απαιτούν την ανάμειξη των καυσίμων σε αναλογία 10% αιθανόλης προς 90% βενζίνης προκειμένου να μειωθούν τα αέρια του θερμοκηπίου που εκπέμπονται από τα αυτοκίνητα που χρησιμοποιούν αυτό το καύσιμο. Η αιθανόλη μπορεί επίσης να αναμιχθεί σε αναλογία 85% αιθανόλης προς 15% βενζίνη, καταλήγοντας σε αυτό που ονομάζεται επίσης αιθανόλη Ε85. Τα έξοδα μεταφοράς μπορεί επίσης να αλλάξουν το κόστος της αιθανόλης.
Η παραγωγή αιθανόλης απαιτεί επίσης συντήρηση του βιοδιυλιστηρίου. Οι εργαζόμενοι συχνά εργάζονται για να παράγουν αιθανόλη και να διατηρήσουν το βιοδιυλιστήριο σε πλήρη δυναμικότητα. Η συντήρηση των μηχανημάτων που χρησιμοποιούνται σε κάθε στάδιο της παραγωγής αιθανόλης μπορεί να χρειάζεται συστηματικό καθαρισμό, επισκευή και ενημέρωση προκειμένου να συνεχίσει να λειτουργεί με ασφαλή και αποτελεσματικό τρόπο. Το κόστος αυτής της συντήρησης και οι μισθοί μπορούν επίσης να προστεθούν στο κόστος της αιθανόλης.