Οι ιστορικοί συμφωνούν ότι η ιστορία του Pied Piper of Hamelin, που καταγράφηκε τον 19ο αιώνα από τους Jakob και Wilhelm Grimm, βασίζεται σε ένα πραγματικό γεγονός το 1284 κατά το οποίο τα περισσότερα από τα παιδιά στο Hamelin εξαφανίστηκαν. Ωστόσο, κανείς δεν γνωρίζει με βεβαιότητα τον ακριβή λόγο της εξαφάνισης. Πολλά σενάρια έχουν υποτεθεί, μερικά πιο πιθανά από άλλα.
Η ιστορία του Pied Piper απεικονίστηκε για πρώτη φορά σε ένα βιτρό το 1300 περίπου. Η παλαιότερη γραπτή αναφορά χρονολογείται από τα μέσα του 15ου αιώνα. Η εκδοχή των αδελφών Γκριμ από το 1800 είναι αυτή που γνωρίζουν οι περισσότεροι και οι λαογράφοι άντλησαν 11 διαφορετικές πηγές για την ιστορία τους.
Στην έκδοση Grimm της ιστορίας, ο Pied Piper, γνωστός και ως Rattenfaenger, ή αρουραίος αρουραίος, εμφανίζεται στην πόλη Hamelin εν μέσω μιας προσβολής από αρουραίους και προσφέρεται να απαλλάξει την πόλη από τα παράσιτα. Χρησιμοποιεί έναν μαγεμένο σωλήνα για να παρασύρει τους αρουραίους σε ένα ποτάμι, όπου πνίγονται όλοι, αλλά οι κάτοικοι της πόλης αρνούνται να του πληρώσουν ένα σελίνι ανά αρουραίο, όπως είχε υποσχεθεί. Φεύγει από το Hamelin, αλλά επιστρέφει λίγες εβδομάδες αργότερα για να εκδικηθεί. Στη δεύτερη επίσκεψή του στο Hamelin, ο Pied Piper χρησιμοποιεί τον μαγικό του σωλήνα στα παιδιά της πόλης, οδηγώντας τα σε μια τρύπα σε ένα βουνό στην άκρη της πόλης και σφραγίζοντας τα μέσα. Μόνο δύο παιδιά παραμένουν στην πόλη, ένα τυφλό και ένα κουτσό, γιατί δεν μπορούσαν να ακολουθήσουν τον αυλητή.
Κάποιοι υποστηρίζουν ότι η αιτία της εξαφάνισης των παιδιών ήταν ένα ατύχημα μιας επιδημίας. Αυτές οι θεωρίες δίνουν νόημα σε ορισμένα από τα στοιχεία της εκδοχής των αδερφών Γκριμ, καθώς το να είναι σφραγισμένο μέσα σε ένα βουνό θα μπορούσε να αναφέρεται σε μια μεγάλη κατολίσθηση ή οι αρουραίοι θα μπορούσαν να είναι αναφορά σε πανώλη. Ωστόσο, η ευρωπαϊκή επιδημία του μαύρου θανάτου ξεκίνησε μόλις τον 14ο αιώνα και οι αρουραίοι δεν εμφανίζονται σε εκδόσεις της ιστορίας του Pied Piper πριν από τα τέλη του 16ου αιώνα, επομένως η θεωρία της πανώλης είναι απίθανη.
Ένας άλλος κλάδος της θεωρίας της επιδημίας υποστηρίζει ότι τα παιδιά έπεσαν θύματα κάποιου είδους ασθένειας που τα έκανε να χορεύουν, όπως η νόσος του Χάντινγκτον ή μια άλλη μορφή χορείας. Καθώς η νόσος του Huntington είναι μια γενετική διαταραχή, ωστόσο, δεν είναι πιθανό ότι όλα τα παιδιά στην πόλη θα είχαν επηρεαστεί. Έχει επίσης προταθεί ότι ο χορός στην ιστορία του Pied Piper είναι ένα παράδειγμα του ευρέως διαδεδομένου μεσαιωνικού θέματος του Danse Macabre, ή του Χορού του Θανάτου, με τον αυλητή ως Θάνατο, στο προβάδισμα. Ο θάνατος συχνά απεικονιζόταν με πολύχρωμα ή παρδαλά ρούχα στο Μεσαίωνα.
Μια άλλη θεωρία υποστηρίζει ότι τα παιδιά έφυγαν ως μέρος μιας στρατιωτικής εκστρατείας ή μιας Παιδικής Σταυροφορίας, στην οποία περίπτωση ο Pied Piper αντιπροσωπεύει τον αρχηγό ή τον στρατολόγο τους. Αυτή ήταν η πιο ευρέως αποδεκτή εξήγηση μέχρι τη δεκαετία του 1950. Σήμερα, οι περισσότεροι ιστορικοί πιστεύουν ότι είναι πολύ πιθανό τα παιδιά του Hamelin να έφυγαν σε μεγάλους αριθμούς για να ιδρύσουν τις δικές τους αποικίες στην Ανατολική Ευρώπη, πάλι με έναν ηγέτη που προσωποποιούνταν από τον Pied Piper. Ωστόσο, εξακολουθεί να υπάρχει κάποια διαφωνία σχετικά με το πού ακριβώς εγκαταστάθηκαν.
Η ιστορία των αδερφών Γκριμ, καθώς και το ποίημα του Ρόμπερτ Μπράουνινγκ το 1842 για το θέμα, αναφέρει ότι τα παιδιά του Χάμελιν έγιναν οι ιδρυτές της Τρανσυλβανίας. Πιο πρόσφατοι ιστορικοί έχουν προτείνει ότι τα παιδιά σχημάτισαν αποικίες στο Maehren, Oelmutz ή Ueckermark στην Ανατολική Ευρώπη. Τοπωνύμια σε περιοχές ανατολικά του Χάμελιν, καθώς και η τεκμηρίωση πολλών πόλεων που ιδρύθηκαν αυτήν την εποχή, επιβεβαιώνουν αυτή τη θεωρία.
Ακριβώς αυτό που συνέβη στο Hamelin το 1284 είναι πιθανότατα χαμένο για πάντα στην ιστορία, αλλά ό,τι κι αν ήταν, φαίνεται ότι ήταν αρκετά τραυματικό ώστε οι μάρτυρες του να ξεχάσουν πρόθυμα τις λεπτομέρειες. Οι διάφοροι θρύλοι που εμπνεύστηκαν από το γεγονός είναι το μόνο συγκεκριμένο αρχείο που πιθανότατα θα έχουμε ποτέ.