Τα επιλεκτικά ζιζανιοκτόνα είναι ζιζανιοκτόνα που επιτίθενται σε συγκεκριμένα φυτά ή τύπους φυτών, ενώ αφήνουν αβλαβή τα επιθυμητά φυτά. Τα μη εκλεκτικά ζιζανιοκτόνα συνήθως σκοτώνουν όλη τη φυτική ζωή με την οποία έρχονται σε επαφή, ενώ ένα εκλεκτικό ζιζανιοκτόνο μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε περιοχές μεικτής ανάπτυξης, όπου τα επιθυμητά φυτά όπως οι καλλιέργειες δημητριακών αναπτύσσονται στην ίδια περιοχή με τα ζιζάνια που έχει σχεδιαστεί το ζιζανιοκτόνο να σκοτώσεις. Όσον αφορά τη χρήση, επιλεκτικά ζιζανιοκτόνα χρησιμοποιούνται συχνά σε κήπους, χλοοτάπητες και καλλιέργειες. Ένα μη εκλεκτικό ζιζανιοκτόνο είναι πιο πιθανό να χρησιμοποιηθεί για τον καθαρισμό περιοχών από άχρηστα εδάφη ή τοποθεσίες όπως οι σιδηρόδρομοι από όλη τη βλάστηση.
Η επιλεκτικότητα ενός ζιζανιοκτόνου συχνά εξαρτάται από τη χρήση της σωστής δοσολογίας και εφαρμογής. Πολλοί τύποι εκλεκτικών ζιζανιοκτόνων είναι επιλεκτικοί, επειδή μπορούν να σκοτώσουν τα στοχευόμενα ζιζάνια σε χαμηλότερη συγκέντρωση από το επιθυμητό φυτικό είδος ή φυτό. Εάν ένα τέτοιο εκλεκτικό ζιζανιοκτόνο εφαρμοστεί σε μεγαλύτερη συγκέντρωση από αυτή που συνιστάται, τότε τόσο τα ζιζάνια όσο και τα φυτά των καλλιεργειών μπορεί να θανατωθούν ή τουλάχιστον να καταστραφούν.
Μερικά από τα πιο κοινά ζιζανιοκτόνα αυτής της κατηγορίας είναι αυτά που σκοτώνουν τα πλατύφυλλα φυτά ενώ αφήνουν αβλαβή τα είδη χόρτου. Αυτά τα είδη επιλεκτικών ζιζανιοκτόνων είναι εξαιρετικά σημαντικά στην καλλιέργεια των καλλιεργειών και χρησιμοποιούνται επίσης για τη συντήρηση χλοοτάπητα και χλοοτάπητα. Ένα ευρέως χρησιμοποιούμενο παράδειγμα αυτού του τύπου ζιζανιοκτόνου είναι το 2,4-διχλωροφαινοξυοξικό οξύ (2,4-D). Είναι σε κοινή χρήση από τη δεκαετία του 1940 και εξακολουθεί να είναι σημαντικό στη γεωργία σήμερα. Ενώ το 2,4-D έχει καλή επιλεκτικότητα, τα φυτά των καλλιεργειών μπορεί να καταστραφούν από αυτό εάν εφαρμοστεί υπερβολική ποσότητα της χημικής ουσίας.
Τα εκλεκτικά ζιζανιοκτόνα χόρτου είναι ένας τύπος εκλεκτικού ζιζανιοκτόνου που σκοτώνει τα χόρτα, αλλά επιτρέπει τη συνεχή ανάπτυξη των πλατύφυλλων φυτών. Το Fluazifop είναι ένα παράδειγμα. Αυτοί οι τύποι ζιζανιοκτόνων είναι σημαντικοί για την καλλιέργεια πλατύφυλλων καλλιεργειών όπως ο αρακάς και η σόγια, καθώς και για τον έλεγχο της ανάπτυξης χόρτου σε οπωρώνες και αμπελώνες.
Τα επιλεκτικά ζιζανιοκτόνα έχουν μια σειρά από διαφορετικές μεθόδους θανάτωσης φυτών και ο μηχανισμός της τοξικότητας σχετίζεται άμεσα με το πόσο επιλεκτικό είναι το δηλητήριο. Τα ζιζανιοκτόνα που περιέχουν μια ουσία που ονομάζεται αναστολείς ACCase, για παράδειγμα, σκοτώνουν είδη χόρτου, επειδή εμποδίζουν το σχηματισμό λίπους σε αυτά τα φυτά. Οι αναστολείς στοχεύουν ειδικά τα ένζυμα που χρησιμοποιούνται από τα είδη χόρτου για το σχηματισμό λίπους και ως εκ τούτου την ανάπτυξη των κυττάρων. Τα πλατύφυλλα φυτά χρησιμοποιούν διαφορετικά ένζυμα για το σχηματισμό λίπους και ως εκ τούτου δεν βλάπτονται από αυτά τα ζιζανιοκτόνα. Άλλοι τύποι εκλεκτικών ζιζανιοκτόνων μιμούνται ορισμένες φυτικές ορμόνες και επομένως είναι επιλεκτικοί στο να επηρεάζουν μόνο τους τύπους φυτών που είναι ευαίσθητοι σε αυτά τα είδη ορμονών.