Το σώμα εκκρίνει τις γυναικείες ορμόνες οιστρογόνα και προγεστερόνη ως τρόπος ρύθμισης των διαφόρων λειτουργιών των ιστών. Αυτές οι ουσίες παράγονται κυρίως από τις ωοθήκες και τα επινεφρίδια στις γυναίκες, και στα επινεφρίδια και τους όρχεις στους άνδρες. Τα οιστρογόνα και η προγεστερόνη συνεργάζονται σε πολλά μέτωπα, συμπεριλαμβανομένου του ελέγχου του αναπαραγωγικού κύκλου και της προετοιμασίας του γυναικείου σώματος για την εγκυμοσύνη.
Τα οιστρογόνα εκκρίνονται από τις ωοθήκες για να προωθήσουν την ωορρηξία, η οποία είναι η απελευθέρωση ενός ώριμου ωαρίου που μπορεί να γονιμοποιηθεί. Αυτός ο χρόνος κατά τη διάρκεια του κύκλου είναι γνωστός ως ωοθυλακική φάση. Το σώμα εκκρίνει οιστρογόνα κατά τη διάρκεια της ωοθυλακικής φάσης για να αναπτύξει το βλεννογόνο της μήτρας, σε περίπτωση που η εγκυμοσύνη συμβεί μετά την ωορρηξία. Η πυκνή επένδυση της μήτρας προάγει την εμφύτευση γονιμοποιημένου ωαρίου.
Η φάση που ακολουθεί την ωοθυλακική φάση είναι γνωστή ως ωχρινική φάση και σε αυτή τη φάση το σώμα αρχίζει να εκκρίνει περισσότερη προγεστερόνη. Αυτή η ορμόνη λειτουργεί επίσης για να αυξήσει την ανάπτυξη των αιμοφόρων αγγείων στη μήτρα, αυξάνοντας και πυκνώνοντας την επένδυση της μήτρας. Κατά τη διάρκεια της ωχρινικής φάσης, τόσο τα οιστρογόνα όσο και η προγεστερόνη εκκρίνονται από το ωχρό σωμάτιο, το υπόλοιπο κέλυφος του ωοθυλακίου που παραμένει μετά την απελευθέρωση του ωαρίου.
Εάν εμφανιστεί εγκυμοσύνη, η προγεστερόνη είναι απαραίτητη για να σχηματίσει τον πλακούντα. Η προγεστερόνη δρα επίσης για την πρόληψη των συσπάσεων της μήτρας κατά την εγκυμοσύνη, η οποία προστατεύει το αναπτυσσόμενο μωρό. Μετά από περίπου τρεις μήνες εγκυμοσύνης, ο αναπτυσσόμενος πλακούντας αναλαμβάνει την παραγωγή οιστρογόνων και προγεστερόνης από το ωχρό σωμάτιο.
Κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, η προγεστερόνη και τα οιστρογόνα προετοιμάζουν το στήθος μιας γυναίκας για τη γαλουχία και την ικανότητα να θηλάσουν ένα μωρό μετά τον τοκετό. Η προγεστερόνη αυξάνει την ανάπτυξη κυττάρων που παράγουν μητρικό γάλα, ενώ τα οιστρογόνα προάγουν την ανάπτυξη των γαλακτοφόρων αγωγών. Τα οιστρογόνα αυξάνουν επίσης την παραγωγή προλακτίνης στο σώμα, μια ορμόνη που υποστηρίζει την παραγωγή μητρικού γάλακτος.
Εάν η εγκυμοσύνη δεν συμβεί μετά την ωχρινική φάση, τα επίπεδα οιστρογόνων και προγεστερόνης μειώνονται. Η ροή αίματος προγεστερόνη είχε προωθηθεί αρχικά μέσω της μείωσης της ανάπτυξης των αιμοφόρων αγγείων. Έρχεται η εμμηνόρροια, η οποία συμβαίνει όταν το σώμα αποβάλλει την επένδυση της μήτρας που οιστρογόνα και προγεστερόνη δούλευαν για να χτιστούν. Μετά την εμμηνόρροια, ο ωοθυλακικός κύκλος ξεκινά ξανά. Ολόκληρος ο κύκλος, από την 1η ημέρα της εμμήνου ρύσεως έως την ημέρα που τελειώνει η ωχρινική φάση λίγο πριν από την έναρξη της επόμενης εμμήνου ρύσεως, συνήθως διαρκεί 28 ημέρες.
Ορισμένες γυναίκες λαμβάνουν τα οιστρογόνα ως μια μορφή ορμονικής θεραπείας υποκατάστασης για να μειώσουν τα δυσάρεστα συμπτώματα που σχετίζονται με την εμμηνόπαυση. Κατά την εμμηνόπαυση, οι ωοθήκες εκκρίνουν λιγότερα οιστρογόνα, προκαλώντας συμπτώματα όπως ξηροστομία, κολπική ξηρότητα, εξάψεις και μεταβολές της διάθεσης. Η αντικατάσταση οιστρογόνων μπορεί να χορηγηθεί για τη μείωση της συχνότητας των συμπτωμάτων και για την προστασία από την οστεοπόρωση. Η αντικατάσταση προγεστερόνης μπορεί να προστεθεί στη θεραπεία με οιστρογόνα για γυναίκες που δεν έχουν υποβληθεί σε υστερεκτομή για να βοηθήσει στον έλεγχο της υπερανάπτυξης του βλεννογόνου της μήτρας και της πιθανότητας καρκίνου της μήτρας.