Η διαφορά μεταξύ σύνταξης και μορφολογίας είναι ότι η σύνταξη ασχολείται με τη δομή των προτάσεων και η μορφολογία ασχολείται με τη δομή των λέξεων. Σε οποιαδήποτε γλώσσα, υπάρχουν κανόνες που καθοδηγούν τον τρόπο με τον οποίο συναρμολογούνται οι λέξεις. Αυτοί είναι οι κανόνες της σύνταξης. Μορφολογία είναι η μελέτη του πώς σχηματίζονται και κατανοούνται οι λέξεις μέσα σε μια γλώσσα. Τόσο η σύνταξη όσο και η μορφολογία σχετίζονται με το πώς παράγεται το νόημα με τη γλώσσα.
Η σύνταξη είναι μια έννοια που διέπει τη δομή των προτάσεων. Η σειρά με την οποία συναρμολογούνται οι λέξεις έχει σχέση με το νόημα μιας πρότασης στο σύνολό της. Πρέπει να τηρούνται συντακτικοί κανόνες προκειμένου μια πρόταση να είναι γραμματικά σωστή και να έχει νόημα στους ομιλητές μιας γλώσσας. Είναι αυτό που υπαγορεύει πράγματα όπως η σειρά του υποκειμένου και του ρήματος και πώς χρησιμοποιούνται τα επίθετα και τα επιρρήματα.
Μορφολογία είναι η μελέτη των μορφωμάτων, τα οποία είναι η μικρότερη μονάδα νοήματος σε μια γλώσσα. Ένα μόρφωμα μπορεί να είναι μια ολόκληρη λέξη ή ένα πρόθεμα ή επίθημα που εννοείται ότι αλλάζει τη σημασία της λέξης και ως εκ τούτου παίρνει νόημα από μόνη της. Η μορφολογία περιλαμβάνει τις έννοιες της κλίσης και της παραγωγής, που επιτρέπουν στις λέξεις να γίνονται πληθυντικός ή να αλλάζει ο χρόνος μιας λέξης. Η μελέτη της μορφολογίας επιχειρεί να κατανοήσει πώς οι άνθρωποι χρησιμοποιούν και κατανοούν τον τρόπο που λειτουργούν οι λέξεις, σε μια προσπάθεια να κατανοήσει τη διαφορά που κάνει ένα μορφικό σε πολλές λέξεις και πώς σχετίζονται οι λέξεις μεταξύ τους.
Η σύνταξη και η μορφολογία είναι και οι δύο σημαντικές για τον τρόπο με τον οποίο οι άνθρωποι αντλούν νόημα από τη γλώσσα, αλλά διαφέρουν στο ότι η σύνταξη αναφέρεται στη σειρά και τη χρήση των λέξεων και η μορφολογία αναφέρεται στα μέρη των λέξεων που δημιουργούν νόημα. Για παράδειγμα, είναι δυνατό να δημιουργηθεί μια πρόταση που είναι γραμματικά σωστή, αλλά δεν έχει νόημα για έναν ομιλητή της γλώσσας. Αυτό είναι δυνατό επειδή η σύνταξη διέπει μόνο τη σειρά μιας πρότασης και όχι τι σημαίνουν οι λέξεις σε αυτήν. Από την άλλη πλευρά, ένας συνδυασμός λέξεων μπορεί να έχει νόημα όταν χρησιμοποιούνται μαζί, αλλά χάνουν το νόημά τους όταν αναδιατάσσονται με τρόπο που παραβιάζει τους κανόνες της σύνταξης. Η σύνταξη και η μορφολογία είναι διαφορετικές αλλά εξαρτώνται η μία από την άλλη.