Υπάρχουν διάφοροι τύποι ενζύμων του πεπτικού συστήματος, καθένα από τα οποία έχει σχεδιαστεί για να διασπάσει διαφορετικά μέρη της τροφής, τα οποία μπορούν να βρεθούν σε διαφορετικά σημεία του πεπτικού συστήματος. Οι κύριες κατηγορίες ενζύμων είναι η αμυλάση, η λιπάση, η πρωτεάση και η νουκλεάση. Οι αδένες στο στόμα, το στομάχι, το λεπτό έντερο και το πάγκρεας εκκρίνουν μερικά ή όλα αυτά καθώς η τροφή περνά κατά μήκος της πεπτικής οδού, έτσι ώστε να διασπάται και να χρησιμοποιείται από το σώμα. Η πλειοψηφία των πεπτικών ενζύμων βρίσκονται στον παγκρεατικό χυμό, αν και υπάρχουν επίσης στο σάλιο και τους γαστρικούς πεπτικούς χυμούς.
Ένα από τα πρώτα ένζυμα που ξεκίνησαν τη διαδικασία της πέψης είναι η αμυλάση. Αυτός ο τύπος ενζύμου έχει σχεδιαστεί για να διασπά τους υδατάνθρακες σε απλά σάκχαρα που το σώμα μπορεί να επεξεργαστεί. Αρχικά εκκρίνεται στο στόμα από τους σιελογόνους αδένες, όπου αρχίζει να χωνεύει τροφές όπως φρούτα, λαχανικά και φασόλια. Στη συνέχεια παράγεται περισσότερη αμυλάση από το πάγκρεας και αποστέλλεται στο λεπτό έντερο, όπου συνεχίζει να βοηθά στη διάσπαση των υδατανθράκων. Υπάρχουν αρκετές υποκατηγορίες αμυλάσης, καθεμία σχεδιασμένη για την επεξεργασία ορισμένων τύπων υδατανθράκων. Για παράδειγμα, η λακτάση διασπά τα σάκχαρα του γάλακτος και η σακράση διασπά σύνθετα άμυλα και σάκχαρα.
Η πρωτεάση είναι η ομάδα των ενζύμων του πεπτικού συστήματος που διασπά τις πρωτεΐνες που περιέχονται στο κρέας, τους ξηρούς καρπούς και τα τυριά. Το στομάχι και το πάγκρεας δημιουργούν πρωτεάση, οπότε η επεξεργασία των πρωτεϊνών ξεκινά περαιτέρω στο πεπτικό σύστημα από τους υδατάνθρακες. Η πρωτεΐνη πρέπει να διασπαστεί σε αμινοξέα, τα οποία είναι κρίσιμα για τη λειτουργία όλων των κυττάρων. Οι κύριοι τύποι πρωτεάσης που βρίσκονται στο ανθρώπινο σώμα είναι η πεψίνη και η πεπτιδάση.
Ένα άλλο από τα ένζυμα του πεπτικού συστήματος είναι η λιπάση. Η λειτουργία της λιπάσης είναι να διασπά τα λίπη, όπως αυτά που βρίσκονται στα έλαια, στο κρέας και στα γαλακτοκομικά. Κάποια λιπάση παράγεται στο στόμα και στο στομάχι, αλλά το μεγαλύτερο μέρος της προέρχεται από το πάγκρεας και κάνει τη δουλειά της στο λεπτό έντερο. Εδώ λειτουργεί με τη χολή, που παράγεται από το ήπαρ, που γαλακτωματοποιεί τα μεγάλα μόρια λίπους, καθιστώντας τα μικρότερα, ώστε η λιπάση να μπορεί στη συνέχεια να τη διασπάσει περαιτέρω σε γλυκερίνη και λιπαρά οξέα.
Το πάγκρεας παράγει επίσης το τελικό ένζυμο του πεπτικού συστήματος, τη νουκλεάση. Αυτό το ένζυμο είναι φτιαγμένο για να διασπά τα νουκλεϊκά οξέα όπως το DNA και το RNA. Δρα για να διαχωρίσει τους δεσμούς μεταξύ των νουκλεοτιδίων, τα οποία στη συνέχεια απελευθερώνουν άζωτο και απλά σάκχαρα.