Το στομάχι και το λεπτό και παχύ έντερο είναι τα κύρια πεπτικά όργανα, αλλά δεν θα λειτουργούσαν χωρίς τη βοήθεια άλλων οργάνων και αδένων. Τα βοηθητικά όργανα του πεπτικού συστήματος είναι εκείνα που βοηθούν την πέψη με κάποιο τρόπο, συμπεριλαμβανομένης της παραγωγής και έκκρισης πεπτικών ενζύμων. Αυτά τα όργανα περιλαμβάνουν το πάγκρεας, το συκώτι και τη χοληδόχο κύστη, καθώς και αρκετούς διαφορετικούς αδένες.
Χωρίς τη βοήθεια των βοηθητικών οργάνων του πεπτικού συστήματος, η πέψη δεν θα γινόταν στο στομάχι ή στο λεπτό έντερο. Κάθε όργανο και αδένας παίζει έναν πολύ συγκεκριμένο ρόλο στο σύστημα. Με αυτόν τον τρόπο, είναι τόσο απαραίτητα για τη διαδικασία όσο και τα κύρια όργανα όπου λαμβάνει χώρα η πέψη.
Το πάγκρεας παράγει παγκρεατικούς χυμούς, οι οποίοι περιέχουν πολλά διαφορετικά πεπτικά ένζυμα. Αυτό το όργανο βρίσκεται ακριβώς κάτω από το στομάχι και εκκρίνει τους παγκρεατικούς χυμούς απευθείας στο δωδεκαδάκτυλο του λεπτού εντέρου. Διαφορετικά ένζυμα στους παγκρεατικούς χυμούς είναι υπεύθυνα για την πέψη των πρωτεϊνών. λιπίδια ή λίπη · και οι υδατάνθρακες στις μικρότερες μονάδες τους, ώστε να μπορούν να απορροφηθούν στο σώμα. Οι παγκρεατικοί χυμοί περιέχουν επίσης όξινο ανθρακικό νάτριο, το οποίο βοηθά στην εξουδετέρωση του οξέος από το στομάχι, έτσι ώστε τα ένζυμα να μην διασπώνται.
Το ήπαρ είναι το μεγαλύτερο όργανο στο σώμα και έχει διάφορους ρόλους για τη διατήρηση της υγείας και τη σταθερή κατάσταση. Ως ένα από τα βοηθητικά όργανα του πεπτικού συστήματος, συμμετέχει στην πέψη των λιπών που βρίσκονται στα τρόφιμα. Για να γίνει αυτό, παράγει ένα πράσινο, υδαρές υγρό που ονομάζεται χολή. Το πράσινο χρώμα της χολής προέρχεται από μια χρωστική που ονομάζεται χολερυθρίνη. Αυτό παράγεται όταν παλιά ή κατεστραμμένα ερυθρά αιμοσφαίρια διασπώνται στο ήπαρ.
Η χολή παράγεται συνεχώς από το ήπαρ και αποθηκεύεται στη χοληδόχο κύστη. Όταν απαιτείται για την πέψη, αδειάζει από τη χοληδόχο κύστη στο δωδεκαδάκτυλο μέσω του χοληφόρου πόρου. Παρόλο που δεν υπάρχουν ένζυμα στη χολή, περιέχει χολικά άλατα που είναι απαραίτητα για την πέψη των λιπών και των λιπιδίων.
Τα χολικά άλατα γαλακτωματοποιούν τα λίπη, πράγμα που σημαίνει ότι τα χωρίζουν σε μικρότερα σταγονίδια παρόμοια με αυτά που παρατηρούνται όταν προστίθεται απορρυπαντικό σε λίπη και νερό. Η λιπάση, η οποία παράγεται από το πάγκρεας, είναι το ένζυμο που πραγματοποιεί την πέψη των λιπιδίων σε λιπαρά οξέα. Τα μικρότερα σταγονίδια λίπους που έχουν παραχθεί μέσω της δράσης των χολικών αλάτων καθιστά την πέψη από τη λιπάση πολύ πιο εύκολη και πιο αποτελεσματική.