Υπάρχουν περίπου 75,000 επιστημονικά αναγνωρισμένα είδη μυκήτων, με τους επιστήμονες να πιστεύουν ότι μπορεί να υπάρχουν έως και ένα εκατομμύριο είδη μυκήτων ακόμα άγνωστα. Καθώς τα διαφορετικά είδη μπορεί να φαίνονται το ίδιο επιφανειακά, η ακριβής ταξινόμηση τους είναι δύσκολη και συνήθως απαιτεί την εφαρμογή μοριακών εργαλείων όπως η αλληλουχία DNA. Καθώς η αλληλουχία DNA εξακολουθεί να είναι σχετικά ακριβή, ακόμη και για μύκητες με γονιδιώματα πολύ μικρότερα από τα θηλαστικά, πιθανότατα θα περάσουν πολλές δεκαετίες πριν η πλειοψηφία ταξινομηθεί με βεβαιότητα.
Οι συνηθισμένοι τύποι περιλαμβάνουν μούχλα — τα οποία αναπτύσσονται σε κλώνους που ονομάζονται υφές, μανιτάρια — καρποφόρα σώματα αποικιών μυκήτων και ζυμομύκητες — το όνομα οποιουδήποτε μονοκύτταρου μύκητα. Ωστόσο, αυτοί είναι γενικοί όροι και τα καλούπια, οι ζύμες και τα μανιτάρια μπορούν να βρεθούν σε διάφορες ταξινομικές κατηγορίες. Η ταξινόμηση των μυκήτων σε επίπεδο φυλών είναι περίπλοκη και συνεχώς ανακατασκευάζεται. Οι μύκητες αρχικά ταξινομήθηκαν λάθος ως φυτά, αλλά οι μεταγενέστερες έρευνες διαπίστωσαν ότι στην πραγματικότητα έχουν περισσότερα κοινά με τα ζώα. Όπως τα φυτά και τα ζώα, είναι ευκαρυώτες.
Φυλογενετικά, υπάρχουν επτά φυλές μυκήτων. Το πρώτο είναι το Chytridiomycota, ή chytrids, η πιο πρωτόγονη μορφή, με περίπου 1,000 αναγνωρισμένα είδη. Αυτά παράγουν σπόρια με μαστίγια (ζωοσπόρια) και κυνηγούν αμφίβια, καλαμπόκι, μηδική, πατάτες και άλλους ευάλωτους οργανισμούς. Αυτοί είναι πιο αντιπροσωπευτικοί των τύπων που έζησαν σε όλη την Παλαιοζωική εποχή, όντας κυρίως υδρόβιοι.
Το Blastocladiomycota είναι η δεύτερη φλύα, που δημιουργήθηκε ως ξεχωριστή κατηγορία μόλις το 2007. Όπως τα χυτρίδια, χρησιμοποιούν ζωοσπόρια για την αναπαραγωγή και παρασιτικά όλων των μεγάλων ευκαρυωτικών ομάδων. Η τρίτη φυλή, Neocallimastigomycota, είναι αναερόβιοι μύκητες που καταλαμβάνουν κυρίως τα στομάχια των μηρυκαστικών. Το όνομά τους περιέχει το ελληνικό επίθημα που αναφέρεται στα μαστίγια, -mastix, για τα πολυάριθμα μαστίγια τους. Η δεύτερη και η τρίτη φυλή είχαν αρχικά ταξινομηθεί εσφαλμένα ως χυτρίδια.
Τα τέταρτα φυτά είναι τα πιο γνωστά Zygomycota, που ονομάστηκαν για τα ανθεκτικά σφαιρικά σπόρια που παράγουν. Αν δείτε έναν μύκητα με μικροσκοπικές κουκκίδες στις άκρες των υφών (νημάτια), αυτό είναι το Zygomycota. Υπάρχουν πάνω από 600 είδη αυτού του γένους, και περιλαμβάνει μούχλα μαύρου ψωμιού, ένα από τα πιο συχνά ορατά από τον άνθρωπο. Ένα άλλο είναι το Pilobolus, το οποίο είναι ικανό να εκτοξεύει σπόρια αρκετά μέτρα μέσω του αέρα.
Η πέμπτη φυλή είναι οι μύκητες Glomeromycota, γνωστοί ως Arbuscular mycorrhizae (AM). Βασικά, αυτός ο όρος σημαίνει «μύκητες δέντρων». Μπορούν να βρεθούν σε μεγάλους αριθμούς στις ρίζες πάνω από το 80% των οικογενειών αγγειακών φυτών. Αυτή η σχέση είναι συμβιωτική και αρχαία, και εκτείνεται πριν από τουλάχιστον 460 εκατομμύρια χρόνια, μέχρι την αρχή της ζωής των φυτών στη γη.
Η έκτη φυλή είναι τα Ascomycota, γνωστά ως μύκητες σάκου. Αυτά κάνουν διακριτούς σφαιρικούς σάκους για να συγκρατούν τα σπόρια τους και περιέχουν τα περισσότερα είδη από όλα τα είδη. Παραδείγματα περιλαμβάνουν το Penicillium, τις μορέλες, τις τρούφες, τη μαγιά Baker’s, τους λειχήνες, το ωίδιο και πολλά άλλα. Πολλά από αυτά τα φυτά είναι παθογόνα για τα φυτά.
Η έβδομη φυλή είναι οι Basidiomycota, ή οι μύκητες του κλαμπ. Αυτή η ομάδα περιέχει τα πιο κοινά μανιτάρια. Διακρίνεται από την παρουσία μιας δομής παραγωγής σπορίων που ονομάζεται βασίδιο, ευρύτερα γνωστή ως καπάκι. Μαζί με το Ascomycota, είναι γνωστοί ως Ανώτεροι Μύκητες.