Το ψωμί μουχλιάζει επειδή παρέχει μια καλή πηγή τροφής για ορισμένους τύπους μυκήτων. Ο αέρας είναι συνήθως γεμάτος με μικροσκοπικά σπόρια μούχλας και κάτω από τις κατάλληλες συνθήκες, μπορούν να εγκατασταθούν σε σχεδόν οποιαδήποτε οργανική ουσία και να αρχίσουν να την αφομοιώνουν. Στο ψωμί, αυτά τα ένζυμα διασπούν τα κυτταρικά τοιχώματα του οργανικού υλικού που αποτελείται από το καρβέλι, απελευθερώνοντας εύκολα εύπεπτες, μοριακά απλές ενώσεις. Έτσι μουχλιάζει το ψωμί.
Η μούχλα, που βρίσκεται σε παλιό ή χωρίς ψυγείο ψωμί, προέρχεται από μύκητες, μια από τις πιο πανταχού παρούσες και επιτυχημένες μορφές ζωής στον πλανήτη. Υπάρχουν δεκάδες χιλιάδες είδη, τα οποία μπορούν να βρεθούν σχεδόν παντού. Οι επιστήμονες που μελετούν μύκητες, που ονομάζονται μυκητολόγοι, λένε ότι περίπου ένα στα 20 ζωντανά είδη είναι μια μορφή μύκητα.
Οι μύκητες δεν μπορούν να λάβουν ενέργεια απευθείας από τον ήλιο επειδή δεν έχουν χλωροφύλλη, και επομένως πρέπει να ζουν από άλλα φυτά και ζώα. Μερικοί μύκητες είναι παράσιτα, που επιτίθενται ενεργά σε έναν ξενιστή για θρεπτικά συστατικά. Οι περισσότεροι, ωστόσο, είναι οδοκαθαριστές, μετατρέποντας την οργανική ύλη σε χώμα. Χωρίς μύκητες, πολλά φυτά θα πέθαιναν, γιατί χρειάζονται πλούσιο έδαφος για να ευδοκιμήσουν.
Οι περισσότεροι μύκητες τείνουν να είναι ευέλικτοι ως προς τις διατροφικές τους επιλογές. Τρέφονται με μεγάλη ποικιλία οργανικών μορίων και η ευελιξία τους είναι σε μεγάλο βαθμό υπεύθυνη για την πανταχού παρουσία τους. Οι μύκητες παράγουν δεκάδες πεπτικά ένζυμα και οξέα, τα οποία εκκρίνουν σε ένα υλικό καθώς αναπτύσσονται από πάνω του.
Σε αντίθεση με τους ανθρώπους, η μούχλα αφομοιώνεται πρώτα και μετά τρώει και όχι το αντίστροφο. Υπό τις κατάλληλες συνθήκες, υπάρχουν μορφές μυκήτων που τρώνε σχεδόν οτιδήποτε άλλο εκτός από μέταλλο. Ειδικοί μύκητες που παράγονται μέσω επιλεκτικής αναπαραγωγής χρησιμοποιούνται μερικές φορές ως παράγοντες για τη στόχευση συγκεκριμένων ενώσεων για καθαρισμό.
Οι μύκητες αναπαράγονται εκθετικά μέχρι να εξαντληθούν όλα τα διαθέσιμα θρεπτικά συστατικά. Ορισμένες μορφές μούχλας μπορούν να διπλασιάσουν τη μάζα τους κάθε ώρα. Αναπαράγονται μέσω σπορίων, μικροσκοπικών φορέων που παράγονται από τον μύκητα μαζικά. Τα σπόρια είναι εξαιρετικά μικρά και πολυάριθμα — πιθανώς υπάρχουν εκατομμύρια σπόρια μυκήτων σε οποιοδήποτε δωμάτιο ταυτόχρονα.
Ευτυχώς, αυτά τα σπόρια μπορούν να καταστραφούν με το μαγείρεμα, γι’ αυτό και το ψωμί δεν μολύνεται αμέσως με μούχλα. Με την πάροδο του χρόνου, ωστόσο, τα αερομεταφερόμενα σπόρια βρίσκουν το δρόμο τους στην πλούσια σε θρεπτικά συστατικά επιφάνεια του ψωμιού και αρχίζουν να πολλαπλασιάζονται — ακόμη και στις ψυχρές συνθήκες του ψυγείου. Στο σημείο πήξης, οι μύκητες αδρανούν. Εάν εκτεθούν ξανά στη θερμότητα, μπορούν να αναβιώσουν και να συνεχίσουν να αναπτύσσονται.