Η διαφορά μεταξύ της νανοτεχνολογίας και της μοριακής νανοτεχνολογίας (MNT) είναι ότι η πρώτη χρησιμοποιείται πλέον για να αναφέρεται σε οποιαδήποτε επιστήμη που ασχολείται με σωματίδια νανοκλίμακας από 1 έως 100 νανόμετρα, ενώ η δεύτερη αναφέρεται συγκεκριμένα σε θεωρίες μηχανών νανοκλίμακας ικανές να κατασκευάζουν προϊόντα από το άτομο. επάνω, που ονομάζεται επίσης μοριακή κατασκευή (MM).
Ένα νανόμετρο, που είναι ένα εκατομμυριοστό του χιλιοστού ή ένα δισεκατομμυριοστό του μέτρου, είναι ένα απίστευτα μικρό μέτρο μήκους μόνο πέντε έως επτά ατόμων σε μέγεθος. Ο γενικός όρος «νανοτεχνολογία» αναφέρεται σε δομές που μετρώνται σε νανόμετρα. Ένα βακτήριο συγκριτικά είναι πολύ μεγαλύτερο. Τα φουλερένια ή οι νανοσωλήνες άνθρακα, ωστόσο, όπως ανακαλύφθηκε από τον Richard Smalley του Πανεπιστημίου Rice, εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της νανοτεχνολογίας.
Ο όρος «νανοτεχνολογία» δεν χρησιμοποιήθηκε πάντα τόσο ευρέως. Επινοήθηκε από τον K. Eric Drexler στο βιβλίο του το 1986, Engines of Creation για να αναφερθεί στις θεωρίες του για τη μοριακή κατασκευή, ακολουθώντας τις οραματικές ιδέες που παρουσιάστηκαν 27 χρόνια νωρίτερα από τον διάσημο φυσικό, Richard Feynman. Καθώς οι δυνατότητες της μοριακής νανοτεχνολογίας αυξάνονταν και ο ενθουσιασμός χτίστηκε στην επιστημονική κοινότητα (μια κατάσταση που συχνά οδηγεί σε πιθανές επιχορηγήσεις και άλλες μορφές χρηματοδότησης), πολλοί ερευνητές άρχισαν να χρησιμοποιούν τον όρο για τις δικές τους προσπάθειες σε νανοκλίμακα, άσχετες με τη μοριακή κατασκευή.
Επιδεινώνοντας την πιθανή σύγχυση στον δημόσιο τομέα, υπάρχουν πιθανά οφέλη και επίσης πιθανοί κίνδυνοι που σχετίζονται τόσο με τη νανοτεχνολογία όσο και με τη μοριακή κατασκευή, αν και διαφέρουν. Ως εκ τούτου, ο Drexler επέλεξε τελικά να αποκτήσει περαιτέρω τα προσόντα στον τομέα της επιστήμης του για να τον ξεχωρίσει.
Μια άλλη διαφορά μεταξύ των δύο κλάδων είναι ότι η νανοτεχνολογία είναι μια καθιερωμένη επιστήμη στο βαθμό που τα νανοσωματίδια διατίθενται ήδη στην αγορά σε προϊόντα. αν και ορισμένοι επικριτές ισχυρίζονται ότι η έρευνα σχετικά με τους πιθανούς κινδύνους των νανοσωματιδίων δεν έχει συμβαδίσει με το μάρκετινγκ.
Η μοριακή νανοτεχνολογία (MNT/MM) αντίθετα, εξακολουθεί να είναι θεωρητική. Όταν υλοποιηθεί, είναι έτοιμο να φέρει μαζί του μια νέα τεχνολογική επανάσταση. Η νανοϊατρική, ένας ειδικός κλάδος της MNT, θα μπορούσε ενδεχομένως να παρατείνει ακόμη και τη διάρκεια ζωής του ανθρώπου εξαλείφοντας ασθένειες. Η ΜΝΤ έχει επίσης πιθανούς κινδύνους και τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματά της μελετώνται ευρέως.