Ο όρος ψηφιακό μικροσκόπιο μπορεί να αναφέρεται σε δύο διαφορετικές ρυθμίσεις. Μπορεί να είναι είτε οπτικό μικροσκόπιο με βιντεοκάμερα ή ψηφιακή φωτογραφική μηχανή συνδεδεμένη είτε μικροσκόπιο με ενσωματωμένη κάμερα. Και στις δύο περιπτώσεις, είναι σε θέση να παράγει την προβολή αυτού που υπάρχει στη σκηνή ως ψηφιακή εικόνα, και σε κάθε περίπτωση, η κάμερα μπορεί να αναφέρεται ως κάμερα ψηφιακού μικροσκοπίου. Μια φωτογραφική μηχανή ψηφιακού μικροσκοπίου που είναι προσαρτημένη σε οπτικό μικροσκόπιο έχει το μειονέκτημα ότι οι φακοί είναι σχεδιασμένοι για το ανθρώπινο μάτι και όχι για την κάμερα, επομένως η εικόνα μπορεί να είναι χαμηλότερης ποιότητας από αυτή που λαμβάνεται με ένα ενσωματωμένο μοντέλο. Από την άλλη πλευρά, ορισμένα ενσωματωμένα μοντέλα δεν διαθέτουν προσοφθάλμιο φακό και εξαρτώνται από τη μεγέθυνση από την οθόνη.
Μια κάμερα με ψηφιακό μικροσκόπιο επιτρέπει μια σειρά από δυνατότητες που δεν είναι διαθέσιμες με ένα μικροσκόπιο που δεν διαθέτει τέτοια κάμερα. Επιτρέπει την αποθήκευση εικόνων για τήρηση αρχείων, τη μετάδοση μέσω Διαδικτύου ή την ενσωμάτωση σε έγγραφα. Μια προβαλλόμενη εικόνα επιτρέπει τη μελέτη μακριά από το μικροσκόπιο και την κοινή χρήση της εικόνας με άλλους — για παράδειγμα, μια ομάδα μαθητών ή συναδέλφων, και η μεγέθυνση μπορεί επίσης να οδηγήσει σε καλύτερη κατανόηση των δεδομένων. Με μια βιντεοκάμερα, προστίθεται η δυνατότητα εγγραφής και κοινής χρήσης της άποψης ενός φαινομένου ή πειράματος με την πάροδο του χρόνου.
Υπάρχουν μονόφθαλμα οπτικά μικροσκόπια και τριόφθαλμα μικροσκόπια που έχουν σχεδιαστεί για να διευκολύνουν την προσάρτηση κάμερας ψηφιακού μικροσκοπίου ή βιντεοκάμερας. Στην περίπτωση του μονόφθαλμου μικροσκοπίου, η ψηφιακή κάμερα προσαρμόζεται πάνω από το ένα προσοφθάλμιο. Με ένα τριόφθαλμο μικροσκόπιο, η κάμερα προσαρμόζεται στον τρίτο προσοφθάλμιο φακό, ο οποίος είναι ειδικά σχεδιασμένος για αυτή τη χρήση. Όταν προσθέτετε μια κάμερα ψηφιακού μικροσκοπίου σε ένα μικροσκόπιο, ο προσαρμογέας μικροσκοπίου C-mount είναι ο συνηθισμένος σύνδεσμος.
Το πρώτο ψηφιακό μικροσκόπιο κατασκευάστηκε από την Hirox® το 1986. Το USB και το FireWire επιτρέπουν πλέον απευθείας συνδέσεις μεταξύ της κάμερας ψηφιακού μικροσκοπίου και του υπολογιστή. Άλλες σημαντικές διαφορές στις ρυθμίσεις του ψηφιακού μικροσκοπίου περιλαμβάνουν την ποιότητα των οπτικών, τη διαθεσιμότητα προσοφθάλμιου φακού, τον αριθμό των megapixel που έχει η κάμερα, το λογισμικό εικόνας που χρησιμοποιείται, εάν το μικροσκόπιο βρίσκεται σε βάση ή στο χέρι και το κόστος .