Ένας επίτοπος είναι το μέρος μιας πρωτεΐνης που αναγνωρίζεται από το ανοσοποιητικό σύστημα. Αναγνωρίζονται από συγκεκριμένα Τ κύτταρα, Β κύτταρα και το αντίσωμα που παράγεται από Β κύτταρα. Όταν αυτά τα κύτταρα αναγνωρίζουν και ενεργοποιούνται από συγκεκριμένους επίτοπους, αρχίζουν να δημιουργούν μια ανοσολογική απόκριση. Οι περισσότεροι επίτοποι προέρχονται από πρωτεΐνες που το ανοσοποιητικό σύστημα ταξινομεί ως μη εαυτού, που σημαίνει ότι οι πρωτεΐνες αποτελούν μέρος ενός ξένου οργανισμού όπως ένας ιός ή ένα βακτήριο.
Τα Τ κύτταρα και τα Β κύτταρα ανταποκρίνονται σε διαφορετικούς τύπους επιτόπων. Και οι δύο τύποι κυττάρων μπορούν να ανταποκριθούν σε επίτοπους από τον ίδιο οργανισμό, αλλά δεν ανταποκρίνονται ακριβώς στον ίδιο επίτοπο. Αυτό συμβαίνει επειδή κάθε τύπος κυττάρου ανταποκρίνεται σε επιτόπους διαφορετικών μεγεθών και σχημάτων. Γενικά, τα Τ κύτταρα αντιδρούν σε επιτόπους που είναι πολύ μικρότεροι από εκείνους που αναγνωρίζονται από τα Β κύτταρα και τα αντισώματα.
Για τα Τ κύτταρα, ο ενεργοποιητικός επίτοπος είναι ένα θραύσμα μιας πρωτεΐνης. Οι επίτοποι που ενεργοποιούν τα κύτταρα Τ είναι εκείνοι που έχουν υποστεί επεξεργασία από κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος που ονομάζονται κύτταρα που παρουσιάζουν αντιγόνο ή APC. Όταν ένα APC επεξεργάζεται επιτόπους, το κάνει καταπίνοντας βακτήρια ή ιούς και διασπώντας αυτούς τους οργανισμούς στις πρωτεΐνες και σε άλλα μακρομόρια που αποτελούν τα συστατικά τους. Στη συνέχεια, τα APC εμφανίζουν θραύσματα πρωτεΐνης, τα οποία μπορεί να έχουν μέγεθος έως και οκτώ αμινοξέων, στις επιφάνειές τους. Όταν ένα Τ κύτταρο αναγνωρίζει έναν επίτοπο και λαμβάνει άλλα απαραίτητα διεγερτικά σήματα, το Τ κύτταρο γίνεται ενεργό μέρος της ανοσολογικής απόκρισης.
Αντίθετα, τα Β κύτταρα και τα αντισώματα που παράγουν ενεργοποιούνται από πολύ μεγαλύτερους επιτόπους. Οι επίτοποι Β κυττάρων και αντισωμάτων εξακολουθούν να είναι στις κανονικές τρισδιάστατες διαμορφώσεις τους. Αυτή η διαφορά στους τύπους επιτόπων που αναγνωρίζονται από τα Τ κύτταρα και τα Β κύτταρα επιτρέπει σε κάθε κυτταρικό τύπο να εκτελεί διαφορετικές ανοσολογικές λειτουργίες.
Τα αντισώματα αναγνωρίζουν επιτόπους σε φυσικές πρωτεΐνες, οι οποίες συχνά εμφανίζονται στην επιφάνεια του συγκεκριμένου μολυντικού οργανισμού. Το βακτήριο ή ο ιός τελικά επικαλύπτεται με αντίσωμα, καθιστώντας τον ευάλωτο σε φαγοκυτταρική θανάτωση. Αντίθετα, τα Τ κύτταρα αναγνωρίζουν βραχύτερους επιτόπους και αρχίζουν για διαφορετικές λειτουργίες, όπως η παραγωγή κυτοκίνης. Είναι επίσης αποτελεσματικά στη θανάτωση κυττάρων που έχουν μολυνθεί με ιούς ή ενδοκυτταρικά βακτήρια και αναγνωρίζουν τα μολυσμένα κύτταρα επειδή η μόλυνση προκαλεί στα κύτταρα να εμφανίζουν ξένους επίτοπους στις επιφάνειές τους.
Η ισχυρή σημασία των επιτόπων στο ανοσοποιητικό σύστημα έχει οδηγήσει στην ανάπτυξη της χαρτογράφησης επιτόπων. Αυτή η τεχνική έχει αναπτυχθεί για να προσπαθήσει να εντοπίσει στοιχεία ανθρώπινων παθογόνων που είναι πιθανό να αναγνωριστούν ως επίτοποι από Τ κύτταρα και Β κύτταρα. Οι επίτοποι που αναγνωρίζονται ως τέτοιοι μπορούν στη συνέχεια να χρησιμοποιηθούν ως στόχοι για εμβόλια και μπορούν επίσης να αποτελέσουν τη βάση διαγνωστικών δοκιμών.