Οι χελώνες, οι σαύρες, οι κροκόδειλοι και τα φίδια θεωρούνται όλα ερπετά. Τα ερπετά σε καθένα από αυτά τα είδη μπορούν να βρεθούν στον κατάλογο των ερπετών υπό εξαφάνιση, πράγμα που σημαίνει ότι υπάρχει μεγάλη πιθανότητα να εξαφανιστεί. Διάφοροι παράγοντες που μπορούν να οδηγήσουν στην εξαφάνιση περιλαμβάνουν την κλιματική αλλαγή, την αλλαγή της αναλογίας των αρπακτικών προς τα θηράματα, την απώλεια του οικοτόπου και την ανθρώπινη δραστηριότητα. Η απώλεια οικοτόπου είναι η πιο κοινή αιτία που ένα είδος κινδυνεύει.
Αρκετοί τύποι θαλάσσιων χελωνών είναι ερπετά υπό εξαφάνιση. Αυτές περιλαμβάνουν την καρέτα καρέτα, το δερμάτινο, το γεράκι και τις πράσινες θαλάσσιες χελώνες. Πολλοί παράγοντες έχουν προκαλέσει τον κίνδυνο να εξαφανιστούν οι θαλάσσιες χελώνες.
Οι θαλάσσιες χελώνες μπορούν να ζυγίσουν έως και 300 λίβρες (136.08 κιλά). Γεννούν τα αυγά τους στη στεριά όπου τα θηλυκά είναι ευάλωτα στα αρπακτικά επειδή το μεγάλο βάρος τους κάνει να κινούνται αργά όταν βρίσκονται έξω από το υδάτινο περιβάλλον τους. Οι λαθροθήρες είναι μια άλλη απειλή για τη θηλυκή χελώνα στη στεριά.
Ορισμένοι πολιτισμοί θεωρούν τα αυγά χελώνας λιχουδιά. Η σούπα χελώνας είναι επίσης δημοφιλής σε ορισμένα μέρη, οπότε τμήματα ζωντανών θαλάσσιων χελωνών αφαιρούνται για να φτιάξουν σούπα χελώνας. Οι ανθρώπινες εγκαταστάσεις και οι ψυχαγωγικές δραστηριότητες έχουν μειώσει το έδαφος που είναι κατάλληλο για τα θηλυκά να γεννήσουν τα αυγά τους, γεγονός που μερικές φορές προκαλεί το θηλυκό είτε να γεννά τα αυγά του σε ένα περιβάλλον που δεν είναι κατάλληλο για φωλιά, είτε να αποβάλλει εντελώς.
Ο δράκος Komodo είναι η μεγαλύτερη σαύρα στον κόσμο και είναι ικανός να φτάσει σε μήκος τα 12 πόδια (3.66 μέτρα). Η κύρια αιτία του κινδύνου είναι η απώλεια των οικοτόπων λόγω της ανθρώπινης ανάπτυξης. Το παράνομο κυνήγι έχει αποδεκατίσει περαιτέρω τον αριθμό αυτών των ερπετών υπό εξαφάνιση.
Ο σιαμαίος κροκόδειλος είναι στη λίστα των ερπετών που κινδυνεύουν. Η απώλεια των οικοτόπων συνέβαλε στη μείωση του αριθμού του κροκόδειλου. Οι αγρότες στην Καμπότζη και την Ταϊλάνδη έχουν αδειάσει μεγάλο μέρος του ελώδους εδάφους του κροκόδειλου προκειμένου να αυξήσουν την έκταση της γεωργικής γης. Το δέρμα του κροκόδειλου είναι πολύτιμο, έτσι οι λαθροθήρες έχουν βοηθήσει να μειωθεί ακόμη περισσότερο ο αριθμός των κροκοδείλων. Πιστεύεται ότι η υπερθέρμανση του πλανήτη συνέβαλε επίσης στο θάνατο πολλών σιαμαίων κροκοδείλων.
Τα φίδια που είναι ερπετά υπό εξαφάνιση περιλαμβάνουν το καλυμμένο φίδι του Σαν Φρανσίσκο και το ανατολικό λουλάκι. Η αυξημένη ανάπτυξη έχει μειώσει τον βιότοπο του καλυμμένου φιδιού του Σαν Φρανσίσκο και η ρύπανση συνέβαλε στη μείωση του αριθμού του. Η ανάπτυξη μεγάλων ποσοτήτων γης στο νότιο τμήμα των Ηνωμένων Πολιτειών είναι ο πρωταρχικός λόγος για τον οποίο το ανατολικό indigo βρίσκεται στη λίστα των ερπετών υπό εξαφάνιση.