Amigdala, numită așa pentru că seamănă cu o migdale, este un set de nuclee din creier situate aproape unul de celălalt și, prin urmare, grupați sub același nume. Printre cele mai proeminente sunt complexul bazolateral, nucleul centromedial și nucleul cortical. Amigdala face parte din sistemul limbic, responsabil de reglarea emoțiilor. Cel mai frecvent este asociat cu emoțiile de frică și anxietate, iar dimensiunea sa este corelată pozitiv cu nivelul de agresivitate la o anumită specie. De asemenea, este asociată cu emoția plăcerii, deși în principal într-un sens negativ, adică plăcerea uneori inerentă agresivității.
Există două amigdale, dispuse simetric în apropierea centrului creierului, chiar deasupra hipotalamusului. Fiecare dintre ele are aproximativ 1 inch (2.54 cm) lungime. Această structură a primit multă atenție în ultimele decenii și a fost în centrul multor proiecte de cercetare.
Amigdala joacă un rol cheie în ceea ce a fost numit „rețeaua de control al răspunsului de apărare cu scop general” și reacționează ca răspuns la vederi, senzații sau mirosuri neplăcute. Furia, evitarea și apărarea sunt emoții activate în mare parte de această parte a creierului. Originile sale evolutive se află în primii pești și are legături directe cu una dintre cele mai vechi zone senzoriale, bulbul olfactiv. Amigdala este responsabilă pentru activarea semnelor ancestrale de suferință, cum ar fi „gura încordată” și posturi defensive, cum ar fi ghemuirea.
La fel ca multe părți ale sistemului limbic, funcționarea amigdalei nu este asociată pur cu nicio emoție. Funcționarea slabă a amigdalice a fost asociată cu anxietate, autism, depresie, narcolepsie, tulburare de stres post-traumatic, fobii și schizofrenie. Studiile leziunilor cu maimuțe au arătat că atunci când această structură este afectată înainte de vârsta de șase luni, indivizii au dificultăți de adaptare la viața socială. Acest lucru se datorează faptului că amigdala este necesară nu doar pentru a experimenta emoții precum frica, ci și pentru modelarea și recunoașterea rapidă a prezenței acestor emoții în ceilalți. Astfel, unul deteriorat a devenit asociat cu starea de autism sau orbire socială.
La om, amigdala este structura creierului care variază cel mai mult între sexe. Când masculii sunt castrați, dimensiunea acestuia se micșorează cu 30%. Depresia a fost asociată cu dimensiunile asimetrice ale amigdalei.