Υπάρχουν πολλά είδη ενδημικά στην Ινδονησία, ένα θερμό σημείο τροπικής βιοποικιλότητας. Η Ινδονησία είναι μια τεράστια περιοχή και χώρα στα βόρεια της Αυστραλίας και νοτιοανατολικά της Νοτιοανατολικής Ασίας. Αποτελείται από 17,508 νησιά διατεταγμένα σε αρχιπέλαγος, το μεγαλύτερο είναι η Νέα Γουινέα, το Βόρνεο, η Σουμάτρα, το Σουλαουέσι, η Φλόρες και το Τιμόρ. Η Νέα Γουινέα, το Βόρνεο και η Σουμάτρα είναι το δεύτερο, το τρίτο και το έκτο μεγαλύτερο νησί στον κόσμο αντίστοιχα, συνολικά που καλύπτουν περισσότερα από 800,000 τετραγωνικά μίλια. Η απομόνωση των πολυάριθμων νησιών της Ινδονησίας συμβάλλει στη βιοποικιλότητά τους, με διαφορετικά είδη να διαφοροποιούνται σε κάθε νησί και να απομονώνονται από τα ηπειρωτικά αρπακτικά.
Υπάρχουν δύο κύριες ζωογραφικές ζώνες στην Ινδονησία: το Sundaland στα δυτικά και το Wallacea στα ανατολικά. Αυτά χωρίζονται από τη γραμμή Wallace, μια φανταστική γραμμή που τρέχει μεταξύ Βόρνεο και Σουλαουέσι. Δυτικά της γραμμής βρίσκονται κυρίως είδη που σχετίζονται με την Ασία, στα ανατολικά, αυστραλιανά είδη. Συνολικά, περίπου η μισή Ινδονησία είναι ακατοίκητη, κυρίως καταλαμβάνεται από τροπικά δάση.
Στο Sundaland, υπάρχουν 381 γηγενή είδη θηλαστικών, με 173 ενδημικά. Κατά τη διάρκεια των παλαιότερων εποχών, η στάθμη της θάλασσας στην περιοχή ήταν αρκετά χαμηλή ώστε τα ζώα να μπορούν να ταξιδέψουν από την ηπειρωτική Ασία στα νησιά. Έτσι, εδώ θα βρείτε τίγρη, ρινόκερο, ελέφαντα και λεοπάρδαλη. Το πιο διάσημο είδος ενδημικό της Ινδονησίας, ο ουρακοτάγκος, μπορεί να βρεθεί στο Βόρνεο και τη Σουμάτρα, όπου αποτελούν δύο ξεχωριστά είδη. Αυτοί οι πορτοκαλί μεγάλοι πίθηκοι είναι εξαιρετικά έξυπνοι χρήστες εργαλείων, αλλά κινδυνεύουν από την ανθρώπινη δραστηριότητα και την καταστροφή των οικοτόπων. Η όμορφη τίγρη της Σουμάτρας, το μικρότερο είδος τίγρης, μπορεί να βρεθεί σε σημεία ιόντων πάνω από το νησί, όπου αριθμεί μόνο 500 άτομα.
Δύο άλλα είδη ενδημικά στην Ινδονησία είναι ο ρινόκερος της Σουμάτρας και της Ιάβας, δύο από τα πιο σπάνια και απειλούμενα με εξαφάνιση μεγάλα είδη θηλαστικών στον κόσμο. Έχουν από καιρό κυνηγηθεί για τα κέρατά τους, τα οποία έχουν αξία στην κινεζική ιατρική. Υπάρχουν μόνο περίπου 300 ρινόκεροι Σουμάτρα και μόλις 60 ρινόκεροι Ιάβας. Θα χρειαστεί ουσιαστική προσπάθεια διατήρησης για να διασφαλιστεί ότι αυτά τα είδη θα ανακτήσουν τους πληθυσμούς τους. Η διαδικασία μπορεί να διαρκέσει αιώνες.
Άλλα είδη ενδημικά της Ινδονησίας βρίσκονται στο Wallacea, την περιοχή ανατολικά της γραμμής Wallace. Η Wallacea έχει 126 ενδημικά είδη, συμπεριλαμβανομένων επτά ειδών μαϊμού μακάκου, πέντε ειδών ταρσιέ, της ανοάς, ενός σπάνιου υπογόνου βουβάλι και του μπαμπιρούσα, ενός ζώου που μοιάζει με γουρούνι με δύο σετ καμπύλων κέρατων. Στο νησί της Νέας Γουινέας υπάρχουν είδη ενδημικά της Ινδονησίας, όπως το περίεργο καγκουρό του Goodfellow, πολλά είδη τρωκτικών, μερικά πόδια μακριά, το όμορφο Papuan Hornbill και ο διάσημος δράκος Komodo, η μεγαλύτερη ζωντανή σαύρα. Δεδομένου ότι τα μόνα εγγενή θηλαστικά του πλακούντα είναι οι νυχτερίδες και τα ποντίκια, άλλα είδη, όπως ο δράκος του Κομόντο, έχουν υιοθετήσει τις θέσεις που διαφορετικά θα είχαν υιοθετηθεί από μεγάλους πλακούντες.