Hydrauliczne sterowanie silnikiem zaburtowym to opcja oferowana na łodziach motorowych. System ten wykorzystuje siłownik hydrauliczny przymocowany do silnika zaburtowego i umożliwia operatorowi sterowanie łodzią przy mniejszym wysiłku. Hydrauliczne sterowanie silnikiem zaburtowym wykorzystuje siłownik siłownika hydraulicznego do pchania i ciągnięcia silnika zaburtowego w połączeniu z obracaniem koła sterowego łodzi. Podobnie jak wspomaganie kierownicy w samochodzie, hydrauliczne sterowanie silnikiem zaburtowym sprawia, że obracanie silnika z boku na bok jest bardzo łatwym zadaniem. Moment obrotowy przykładany do sterowania łodzią motorową jest ogromny i bez hydraulicznego sterowania silnikiem zaburtowym skręcanie łodzią lub po prostu utrzymanie prostej linii byłoby prawie niemożliwe przy pełnym otwarciu przepustnicy.
Łodzie z małymi silnikami zaburtowymi o mocy poniżej 50 koni mechanicznych mogą działać bez hydraulicznego sterowania silnikiem zaburtowym. Wiele z tych łodzi jest nawet wyposażonych w sterownicę, co oznacza, że nie mają kierownicy. W przypadku silników zaburtowych o mocy powyżej 50 koni mechanicznych obowiązkowe jest hydrauliczne sterowanie silnikiem zaburtowym. Starsze łodzie wykorzystywały system lin i krążków, który pozwalał operatorowi na mechaniczną przewagę podczas obracania dużymi silnikami zaburtowymi. Nowoczesne łodzie wykorzystują układ hydrauliczny, który jest zwykle obsługiwany przez elektryczny silnik pompy hydraulicznej.
W podobny sposób hydrauliczne funkcje przechylania i trymowania zastąpiły systemy ręczne, hydrauliczne sterowanie silnikiem zaburtowym zastąpiło starszy system kół pasowych i kabli do obracania dużych silników zaburtowych. Nawet przy zastosowaniu dźwigni z użyciem kół pasowych i lin, mechanizm skrętu wspomagany cylindrem hydraulicznym umożliwia znacznie płynniejszy i łatwiejszy skręt. W wielu konfiguracjach zaburtowych hydrauliczne sterowanie silnikiem zaburtowym jest koniecznością. Sterowanie momentem obrotowym wytwarzane przez układy z dwoma silnikami zaburtowymi sprawia, że każdy rodzaj sterowania inny niż wspomagany hydraulicznie jest w najlepszym razie bezskuteczny.
W konfiguracji z dwoma silnikami zaburtowymi dwa silniki zaburtowe o jednakowej wielkości są ze sobą połączone, aby osiągnąć większy potencjał mocy. Podczas gdy ten typ konfiguracji zazwyczaj łączy silniki zaburtowe ze śmigłami obracającymi się w przeciwnych kierunkach, aby wyrównać kierowanie momentem obrotowym wytwarzanym przez silniki, hydrauliczne sterowanie zaburtowe pomaga operatorowi w skręcaniu dużych silników zaburtowych, gdy poruszają się po wodzie. Podobnie jak w przypadku konfiguracji z pojedynczym silnikiem zaburtowym, hydrauliczne sterowanie znacznie ułatwia utrzymanie łodzi na linii prostej.
Zastosowanie elektrycznej pompy hydraulicznej do napędzania hydraulicznego układu kierowniczego umożliwia obracanie silnika nożnego za pomocą kierownicy łodzi przy wyłączonym głównym silniku zaburtowym. Silnik typu kicker to mniejszy silnik zaburtowy używany głównie do trollingu na łodzi rybackiej. Te małe silniki zaburtowe mają zwykle moc 20 koni mechanicznych lub mniej i są zazwyczaj połączone z głównym silnikiem zaburtowym za pomocą drążka kierowniczego. Gdy duży silnik jest obracany, drążek kierowniczy działa jak drążek kierowniczy w samochodzie i obraca również silnik nożny.