Pełnoziarniste babeczki obejmują różnorodne produkty pełnoziarniste, takie jak pszenica lub owies, a jednocześnie zawierają dodatki takie jak owoce, puree z dyni, czekolada lub rodzynki. Babeczki śniadaniowe zrobione z pełnych ziaren zwykle zawierają płatki owsiane i trochę tłuczonych owoców, takich jak banany lub truskawki. Różne rodzaje używanych pełnych ziaren to żyto, jęczmień i sorgo, a także gryka, komosa ryżowa i inne bezglutenowe odmiany pełnego ziarna. Ponieważ babeczki pełnoziarniste są zwykle uważane za zdrowszą alternatywę dla ich odpowiedników z białej mąki, wiele babeczek zrobionych z pełnych ziaren jest promowanych przez dietetyków i lekarzy ze względu na zawartość błonnika.
Muffinki z pełnego ziarna często wykorzystują mąkę pełnoziarnistą jako główny składnik bazowy, dodając różne składniki, takie jak suszone lub świeże owoce i przyprawy. Pełnoziarniste babeczki dyniowe są zwykle przygotowywane z mąki pszennej, a także puree z dyni, cynamonu i imbiru i często są przygotowywane w miesiącach jesiennych. Bezglutenowe wersje babeczek dyniowych mogą nadal używać pełnych ziaren, zastępując mąkę pszenną bezglutenową mąką lub mąką pełnoziarnistą. Mąka z komosy ryżowej i mąka z sorgo to dwa przykłady mąki pełnoziarnistej, które można łatwo wykorzystać w dowolnym przepisie na bezglutenową pełnoziarnistą muffinę.
Popularne są również pełnoziarniste babeczki jabłkowe, zwykle zawierające plasterki świeżych jabłek, cynamon i gałkę muszkatołową, a także posypkę z kruszonką z brązowego cukru. Muffinkę można podawać do kawy lub herbaty, a także jest popularnym wypiekiem spożywanym podczas śniadania lub między posiłkami na przekąskę. Muffinki z orzechami bananowymi są zwykle przygotowywane z pełnych ziaren, takich jak płatki owsiane i pełnoziarnista mąka, i są bardzo popularne jako babeczki śniadaniowe o słodkiej i sycącej konsystencji. Najczęściej muffinki pełnoziarniste nie zawierają lukru jak babeczki i są gęstsze, co czyni je idealnymi jako zamiennik posiłku.
Muffinki jagodowe wykonane z pełnego ziarna zazwyczaj zawierają całą mąkę pełnoziarnistą lub pełnoziarnistą mąkę bezglutenową, wraz z ciemnobrązowym cukrem i świeżymi lub mrożonymi jagodami. Tego typu babeczki są popularne jako przekąski i są powszechnie przygotowywane w ciepłych, letnich miesiącach. Ponieważ pełne ziarna zawierają znaczną ilość błonnika i innych składników odżywczych, większość dietetyków zaleca babeczki pełnoziarniste zamiast ich odpowiedników z białej mąki. Chociaż są uważane za zdrowsze, babeczki zrobione z pełnych ziaren mogą nadal zawierać dużą ilość cukru, dlatego ważne jest obserwowanie zawartości cukru i spożywanie go z umiarem.