Chociaż babeczki pełnoziarniste przypominają wyglądem małe ciasteczka, mają konsystencję chleba. Babeczki pełnoziarniste powstają z mąki pełnoziarnistej zamiast białej mąki. Muffinki są wykonane z ciasta, które przed pieczeniem umieszcza się w pojedynczych, wygiętych w łuk filiżankach do muffinek, pokrytych nieprzywierającym sprayem do gotowania. Większość ludzi woli masło pełnoziarniste babeczki, chociaż na wierzchu można również posmarować dżem, galaretkę lub konfitury. Wiele odmian muffinek pełnoziarnistych można stworzyć, dodając również inne składniki, zazwyczaj owoce.
Aby zrobić muffinki pełnoziarniste, można łączyć mąkę uniwersalną i mąkę pełnoziarnistą. Aby nadać muffinom słodki smak, wiele osób woli dodawać mocno zapakowany brązowy cukier. Osoby na diecie o ograniczonej zawartości cukru mogą preferować stosowanie substytutu cukru. Olej roślinny i jajka to składniki niezbędne do uformowania ciasta i zwilżenia muffinek. Proszek do pieczenia pomoże babeczkom prawidłowo wyrosnąć podczas pieczenia.
Różne rodzaje domowych babeczek pszennych obejmują babeczki obiadowe lub babeczki deserowe. Babeczki deserowe są zazwyczaj podawane z dżemem lub masłem. Jednak jako deser dodane składniki mogą nadać pełnoziarnistym muffinom bogatszego i słodszego smaku. Babeczki deserowe są zazwyczaj przygotowywane z takich składników, jak świeże owoce, a nawet półsłodkie chipsy czekoladowe.
Popularne wśród dzieci są pełnoziarniste babeczki z kawałkami czekolady. Muffinki te mogą być podawane jako deser, przekąska lub dodatek do lunchboxa. Pełnoziarniste muffinki z kawałkami czekolady mogą być wykonane z półsłodkich kawałków czekolady piekarniczej lub kawałków czekolady mlecznej. Oprócz jajek, proszku do pieczenia i oleju roślinnego można dodać inne składniki, takie jak cukier granulowany i ekstrakt waniliowy.
Pszenne babeczki jabłkowo-cynamonowe są popularnym wyborem na przekąski i desery. Oprócz tradycyjnych składników używanych do przygotowania muffinek pszennych, ten przepis wymaga mielonego cynamonu i świeżych jabłek, które zostały obrane i pokrojone w kostkę. Opcjonalne składniki preferowane przez wielu piekarzy to posiekane orzechy włoskie lub posiekany kokos.
Babeczki pełnoziarniste można zapiekać z większością owoców. Świeże jagody to kolejny popularny wybór do dodawania do babeczek pszennych. Mieszane jagodowe babeczki pszenicy są zdrowe, gdy ze świeżych jagód, truskawek, i malin. Inną odmianą są pełnoziarniste babeczki z brzoskwiniami, przygotowane z pokrojonymi w kostkę świeżymi brzoskwiniami.
Niektórzy wolą piec babeczki w kuchence mikrofalowej, aby zaoszczędzić czas. Tradycyjną metodą jest jednak pieczenie babeczek w konwencjonalnym piekarniku. Chociaż piekarniki mogą się różnić, pieczenie babeczek w temperaturze 350° Fahrenheita (176° Celsjusza) przez około 25 minut jest ogólnie wystarczające.