Το φαγκότο και το όμποε είναι και τα δύο ξύλινα πνευστά με διπλό καλάμι, αλλά έχουν αρκετές σημαντικές διαφορές που τα ξεχωρίζουν το ένα από το άλλο. Μερικές από τις διαφορές που είναι αμέσως εμφανείς όταν κοιτάζετε τα δύο όργανα περιλαμβάνουν το μέγεθος, το σχήμα και τη θέση του επιστομίου. Το φαγκότο και το όμποε έχουν επίσης διαφορετικούς ήχους, με το φαγκότο να παίζει σε πολύ χαμηλότερο μητρώο από το όμποε. Αν και οι μαθητικές εκδόσεις και των δύο οργάνων είναι συχνά κατασκευασμένες από ανθεκτικό πλαστικό ρητίνης, μοντέλα υψηλότερης ποιότητας για έμπειρους μουσικούς είναι κατασκευασμένα από διαφορετικούς τύπους ξύλου. Τα συστήματα κλειδώματος είναι επίσης πολύ διαφορετικά μεταξύ των δύο οργάνων, μαζί με τον τρόπο που κρατούνται.
Όταν εξετάζεται το ένα δίπλα στο άλλο, πολλές διαφορές μεταξύ του φαγκότ και του όμποε είναι αμέσως εμφανείς. Η γενική εμφάνιση κάθε οργάνου είναι ξεχωριστή. Το φαγκότο είναι πολύ μεγαλύτερο από το όμποε και είναι φτιαγμένο από περίπου 7 έως 8 πόδια (περίπου 2.13 έως 2.44 μέτρα) από σωλήνες που είναι λυγισμένοι σε ανώμαλο σχήμα U. Η κοντύτερη, στενότερη πλευρά είναι εκεί που το γαντζωμένο επιστόμιο είναι προσαρτημένο στο μισό περίπου του μήκους του οργάνου. το άλλο άκρο είναι πολύ ευρύτερο και εκτείνεται πέρα από το επιστόμιο. Το όμποε είναι κατασκευασμένο από ένα ενιαίο μήκος σωλήνα που αναβοσβήνει σε ένα ελαφρύ σχήμα καμπάνας στο κάτω μέρος και έχει ένα επιστόμιο και καλάμι προσαρτημένα στην κορυφή.
Τόσο το φαγκότο όσο και το όμποε παράγουν ήχο όταν ο μουσικός φυσάει αέρα στο διπλό καλάμι, προκαλώντας κραδασμούς που αντηχούν στο εσωτερικό του σωλήνα. Κάθε όργανο έχει συγκεκριμένο ήχο και εμβέλεια. Το φαγκότο μπορεί να παίξει σε πολύ χαμηλό ηχογράφημα, με τον χαμηλότερο ήχο από την οικογένεια των ξύλινων ανέμων εκτός από το μεγαλύτερο κοντραμπάσο. Το όμποε μπορεί να παίξει υψηλότερες νότες και ο ήχος του έχει συγκριθεί με αυτόν της πάπιας, με πολύ σαφή τόνο που διακρίνεται εύκολα μεταξύ των άλλων οργάνων της ορχήστρας. Και τα δύο όργανα διακρίνονται για την εκφραστικότητά τους.
Οι μαθητικές εκδόσεις και των δύο οργάνων είναι συνήθως κατασκευασμένες από πλαστικό ρητίνης επειδή είναι ανθεκτικό. Ένα όργανο υψηλότερης ποιότητας επιλέγεται συνήθως από πιο έμπειρους μουσικούς. Το φαγκότο και το όμποε είναι συνήθως κατασκευασμένα από διαφορετικά είδη ξύλου. Το φαγκότο είναι συχνά κατασκευασμένο από σφενδάμι, αν και μπορεί να κατασκευαστεί από άλλα είδη ξύλου με μεσαίο επίπεδο σκληρότητας. Το όμποε είναι πιο συχνά κατασκευασμένο από ξύλο γνωστό ως African Blackwood, ή γρεναδίλα.
Κάθε όργανο έχει διαφορετικό σύστημα κλειδώματος. Τα πλήκτρα χρησιμοποιούνται μαζί με τα δάχτυλα για την κάλυψη των οπών στη σωλήνωση του οργάνου για την παραγωγή συγκεκριμένων σημειώσεων. Το φαγκότο έχει λιγότερα κλειδιά, ενώ το όμποε έχει σχετικά μεγάλο αριθμό με περίπου 45 περίπλοκα κομμάτια κλειδιού.
Το φαγκότο και το όμποε κρατούνται επίσης διαφορετικά. Λόγω του μεγέθους του, το φαγκότο κρατιέται στο πλάι του μουσικού, συχνά με πρόσθετη υποστήριξη, όπως καρέκλα ή ιμάντα λαιμού. Ο μουσικός είναι συνήθως σε θέση να κρατήσει το όμποε μπροστά από το σώμα του, αφού είναι πολύ μικρότερο.