Pacjent podejmie kroki przygotowawcze do endoskopii, które obejmują zdobycie wiedzy na temat i przygotowanie swojego ciała do zabiegu. Kroki te obejmują wszystko, od wizyty konsultacyjnej u lekarza po zaprzestanie jedzenia, leków i palenia tytoniu przed badaniem. Pacjenci będą musieli nawet wziąć pod uwagę odzież, którą noszą podczas zabiegu. Po dotarciu do szpitala on i jego personel medyczny będą kontynuować przygotowanie endoskopowe zaprojektowane tak, aby badanie przebiegło jak najsprawniej i najskuteczniej. Ze względu na charakter niektórych z tych preparatów, endoskopie na ogół wymagają, aby w drodze do domu pacjentowi towarzyszyli.
Jednym z pierwszych kroków do przygotowania endoskopii jest spotkanie lekarza z pacjentem. Podczas tej wizyty lekarz wyjaśni pacjentowi procedurę i przygotowanie endoskopowe oraz czynności pooperacyjne. Następnie odpowie na wszelkie pytania pacjenta.
Pacjent poinformuje lekarza o wszystkich swoich alergiach, a także ujawni wszystkie leki na receptę i bez recepty. Lekarz poinformuje go, czy musi odstawić leki przed endoskopią, a jeśli tak, to jakie leki musi odstawić i na jak długo. Ogólnie rzecz biorąc, lekarze zalecają pacjentom zaprzestanie przyjmowania leków zawierających aspirynę lub sukralfat. Te leki mogą dawać fałszywe odczyty testu. Przed zakończeniem wizyty lekarz poprosi pacjenta o podpisanie formularza zgody, w którym stwierdza, że rozumie etapy przygotowania endoskopii, zagrożenia związane z zabiegiem oraz wymagania dotyczące opieki pooperacyjnej.
Zazwyczaj endoskopy są zaplanowane w godzinach porannych, ponieważ pacjenci muszą przestać jeść i pić co najmniej osiem godzin przed zabiegiem. Niektórzy lekarze zalecą pacjentom zaprzestanie jedzenia 10 godzin przed badaniem. Na cztery godziny przed zabiegiem endoskopowym można pozwolić sobie na klarowne płyny, a pacjenci zwykle mają możliwość umycia zębów przed wyjazdem do szpitala. Jeśli lekarz stwierdzi, że pacjent może kontynuować przyjmowanie pewnych niezbędnych leków, zazwyczaj pacjent może je przyjąć na dwie godziny przed zabiegiem, popijając wodą. Zazwyczaj użytkownicy tytoniu powinni zaprzestać używania jakichkolwiek wyrobów tytoniowych co najmniej sześć godzin przed endoskopią.
Przygotowanie pacjenta do endoskopii będzie kontynuowane w szpitalu. Najprawdopodobniej jego lekarz lub pielęgniarka zapytają go, czy zastosował się do wszystkich pozostałych etapów przygotowania endoskopii. Pacjenci powinni nosić luźną odzież rano przed zabiegiem, bez zamków, fiszbin biustonosza i innych metali. Jeśli pacjent nosi protezy lub okulary, będzie musiał je usunąć przed endoskopią. Niektórzy lekarze mogą preferować, aby pacjenci usuwali również biżuterię, taką jak duże kolczyki i naszyjniki, a także piercing języka lub warg.
Zazwyczaj tuż przed badaniem endoskopowym pacjenci otrzymują znieczulenie miejscowe. To znieczula jamę ustną i gardło, aby zapobiec odruchom krztuszenia się. W zależności od lekarza i pacjenta pacjent może również otrzymać leki przeciwlękowe, znieczulenie lub jedno i drugie. Jeden lub oba te leki mogą być stosowane w celu rozluźnienia pacjenta i zapobiegania odruchom dławienia, sztywności i skurczu mięśni oraz złagodzenia odruchów. Zwykle pacjent, który właśnie przeszedł zabieg endoskopowy, nie może sam wracać do domu i musi opuścić szpital z członkiem rodziny, przyjacielem lub innym zaufanym znajomym.